润涛阎:如何证明葡萄糖载体的工作模型?

 

看下面的图。开口朝上到开口朝下的变形是关键所在。华盛顿大学的Mike Muecklerz教授,是第一个提出 Glut1 人体葡萄糖载体是由12个穿膜螺旋构成,1985年发表在《科学》上。他评价Yan/Maloney 的生化研究验证了载体动态模型,以前没有令人信服的生化数据证据,属于假说阶段:“Yan/Maloney的数据为仅仅基于动力学数据得出的载体模型提供了令人信服的无可置疑级别的证据。”英文原文照抄:“Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data. ”

 

说的就是证明开口朝里朝外变形的确发生的铁证。

为何颜宁仅靠结晶了的Glut1载体无法验证这“变形”是否真的会发生?

因为她结晶的Glut1载体蛋白,开口朝里,她在论文里介绍还没找到开口朝外的晶体。

在Yan/Maloney 之前,无法提供确凿数据证明这个变形会真发生,只能是假设。那时候结晶载体蛋白很难成功。而且后来多数情况下结晶出来的开口是朝一个方向。所以,同一载体,结晶出开口朝两个方向的载体条件不那么容易找到。

那么颜宁的论文为何就画出了图5?

她想到了一个非常简单的办法:她的人体葡萄糖载体的结晶状态是开口朝内的,她找到了开口朝外的另外一个载体:细菌木糖载体 xylE。这样,她就把两个图画在一起:上图左边开口朝外的是来自细菌木糖载体的结构图;右边开口朝里的是人体葡萄糖载体的结构图。

在真实世界里,这两个蛋白一辈子都不会碰面的,一个在细菌的膜上,一个在人体的细胞膜上。即使细菌感染了人体,比如红血球,那它们俩照样不会碰面。就是碰面,也是各干各的。

她这么把两个图一拼,就说葡萄糖载体的工作模型成了,就朝里朝外变形了?你可别说老阎你是在开玩笑吗?我跟你讲,这真的是颜宁图5的真实情况。她的题目是说人体葡萄糖载体,而图5则是由人体葡萄糖载体与细菌木糖载体的两个图拼在一起的,而且木糖载体的占比高。你也可以说它是细菌木糖载体的工作模型更合适些。反正在真实世界不会发生两个载体互相串门的事。

要想让文科生明白这个道理,就打个比方:把人体葡萄糖载体比作一头死驴的上唇,细菌的木糖载体比作一头死马的下巴。把二者图片放在一起,就说这个驴的嘴活着时是如何动的。这个比喻可能不太恰当,因为嘴唇不是朝上朝下的变形。

所以,只有开口朝单方向的结晶载体蛋白在发表论文时只能说“可能会发生变形”,因为以前认为的氯离子载体用活体CFTR蛋白的研究发现,氯离子一旦打开门,就不当即关死,后面的氯离子也跟着往里进去。这就是通道了。

就好比电影院开门,第一个人进去后,后面就跟着进。这就是通道;如果是在门口买票,一个人进去了,弹簧门自动关上,下一个人买了票后再推门进入,就是一次一个的进。这个就是载体。

因为她的人体葡萄糖载体结晶蛋白只是开口对着一个方向,没有开口朝另一方向的结晶体,就需要用其它方法证明开口变向会发生。

Yan/Maloney的“分子探针 + 半胱氨酸扫描 + 放射性底物的方法”就可以在活体载体蛋白上研究此难题,不论是在细菌的葡萄糖载体 Uhpt 还是人体葡萄糖载体 Glut1 上都得到了验证(Glut1 是华大的教授做的,我前文介绍过)。

在膜蛋白领域,不能不提Kaback教授,即使到了2006年,他把乳糖载体结晶后,把乳糖和质子氢的结合部位都确定了,但他在图9(相当于颜宁的图5)介绍说朝里朝外的变形可能发生: Possible change inward facing- outward- facing conformation” 后来,他也用半胱氨酸扫描加上与我们用过的不同的分子探针得出了乳糖载体的工作模型。Kaback 教授还找到了把开口的地方用半胱氨酸拉住锁上的方法证明了乳糖载体的朝里朝外变形的另外证据。

人体葡萄糖载体的不论是半胱氨酸扫描还是拉链锁上类似的“生化数据”,颜宁团队什么时候发表过?为何不给出参考文献?不管是不是用我们的方法无所谓,你给出就行。

有朋友私下里问我:如果颜宁在发表论文时就不提“published biochemical data”,你就不能指责人家不给出参考文献了啊?那她为何要说这么一句呢?

因为她清楚,她的图5是两个载体的图放在一起假设那就是一个载体的图。她必须告诉读者把两个不同的载体一个朝里一个朝外的图放在一起就成了葡萄糖载体又能朝里又能朝外的工作模型了。

问题就来了:一个结晶了的是开口朝里,跟令一个是开口朝外的两张图杂合在一起,就等于Glut1朝里朝外动起来了?读者会相信吗?可她要是说还有“发表过的生化数据”那读者就明白了。那就等于“两个生物的两个载体”的拼图就等于是示意图了,而不是人体葡萄糖载体真的发生变形的证据。真正的证据在“发表过的生化数据”里。这是她必须讲出“发表过的生化数据”的原因。否则,光靠拼图,那你把一头鹿跟一头马拼成一个图,那到底是鹿还是马呢?大家知道鹿和马有很多相像的地方,但不能简单就把鹿和马说成是一回事。可没找到她发表过半胱氨酸扫描研究其动态模型的论文。

拿她的图5说事的,说那就是证据证明了人体葡萄糖载体 Glut1 就是那样朝里朝外变形的,可她朝外的图是细菌木糖载体的结构图。如果万一是跟CFTR一样,一个分子打开门,后面的就跟着进,那可能性如何排除呢???可能性哪怕只有亿亿万分之一,那作为科学家你也得排除掉才行。你如果同一个Glut1蛋白分子结晶出来开口朝两个方向的都有了,那我就不会写这一大堆文章了。

帮她洗地的拿她的分辨率高说事,可开口朝里的人体葡萄糖载体分辨率再高还是朝里,是否真的发生变形的证据跟分辨率没半毛钱关系。到底是否发生了朝里朝外的变形?就把两个不同载体一个朝里一个朝外的图通过电脑画图放在一起就完事了,就不需要给出“生化数据”的来源了?那她自己都认为是说不过去的。

当然,她可以列出人家发表过的Glut1的生化数据。如果说 “Yan/Maloney 研究的Uhpt 和Kaback 研究的 LacY 都证明是同样的工作模型,由此推理出人体葡萄糖载体 GLUT1也应该是那样的,那你还发表它的工作模型干嘛?

小结:哪怕颜宁用结晶了的不动的蛋白,如果Glut1朝里和朝外的晶体结构都得到了,那就好多了。或者给出“发表过的生化数据”比如半胱氨酸扫描或类似的方法能证明朝里朝外的构型变化的确发生了。这两点她的论文里都没有。别拿人体葡萄糖载体和细菌木糖载体是同一个家族就可以把两个拼图放在一起说事,跟 LacY 同一家族的 Uhpt 的工作模型早就发表过了,人家Kaback照样把 LacY 的工作模型通过半胱氨酸扫描,一丝不苟地搞明白了,而不是把两个结晶的图片杂交在一起就说那是工作模型了。

大家去读她的图5,是不是人体葡萄糖载体开口朝外的图是来自于细菌木糖载体的结构图?二张图嫁接就成了人体葡萄糖载体朝里朝外变形的工作模型了?

最后说一句:润涛阎凭什么就肯定颜宁没发表过“生化数据”以证明她的论文 Glut1 从朝内转向朝外的变形?因为到目前为止都是用Yan/Maloney 的分子探针 + 半胱氨酸扫描方法,她没发表过这类文章。那她的“发表过的生化数据”就是他人的。不论谁的,她都应该给出参考文献,哪怕是她自己发表过的也应该给出,让读者清楚是不是半胱氨酸扫描的方法,还是她搞出了个新方法。道理简单不?我的要求合理吗?

她在论文里介绍人体葡萄糖载体开口朝外的还没结晶出来,英文原话:The outward-open structure remains to be captured. 更别说从朝里变成朝外的证据了。

细菌木糖载体从朝里到朝外的变形没有证据,英文原话:the conformational switch from
inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated.

把两个载体嫁接,不论多么合理,照样无法证明人体葡萄糖载体从朝里真的变成朝外了。没有证据,才在嫁接图下面表明:这是想象图predicted 从朝里变成朝外。而在文章里就变成了提出工作模型,靠的就是published biochemical data。没有参考文献。

由于没有Glut1 开口朝里变成朝外的证据,也没有xylE开口朝里变成朝外的证据,那即使拼图也无法间接利用细菌木糖载体的证据以证明Glut1的开口从朝里到朝外变形。

如果不需要证据,就根据载体的模型,那当初CFTR也是被认为是变形的。活体蛋白试验证明:变形并不会发生,因为CFTR是通道。

而且,如果不需要科学证据证明人体葡萄糖载体从朝里变成朝外,那她论文的“根据结构图与发表过的生化数据,我们提出人体葡萄糖载体的工作模型”不就是废话了?何不直接说不需要证据证明它就是变形的。那文章的意义何在?花时间精力研究它的变形不就是多余的了?根据推理就完事,那当年CFTR的结论永远都是变形的!

如果变形的证据不那么重要,那她为何在电视上只提变形的图?帮她洗地的说颜宁早就发表了人体葡萄糖载体从朝里到朝外的变形,如果在2014年发表论文之前就知道了,那她的图5“predicted” 的变形不是自欺欺人了?那是重复以前论文的结论了?还是否定已经证明了的她还在假设? 显然,她在2014年发表论文前自己并没有发表过人体葡萄糖载体从开口朝里变成开口朝外的生化数据。

 

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Nekono_882019-08-04 19:12:24回复悄悄话回复 ‘LuojiXue90’ 的评论 : 我在以前和狐狸的交流中,其表示看不到大阎1993年的全文。如果说相信这是真话而不是谎言的话,我的推理是其不在学术研究领域工作。是不是以前在大学里混过实验室,后来又在公司里混过,是不是一不小心,不知什么原因丢了工作。眼下闲赋在家,因此有大把的时间,通过这一通搅和,说不定让小颜看中。也祘是投名状吧,说不定很快去普林斯顿大学捧上饭碗,也未必不可。当然所有以上推理,全部基于其说的是真话的基础之上。如果是谎言的话,我向狐狸道歉,所有以上推理都不成立。
JessAB2019-08-04 19:01:11回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

对阎以下的问题之前已经给你回复了. 看来你不仅没看懂图5的英文也看不懂或不看中文的回复. 再次回复一下.

根据AAM, 需要4个构像来完成a transport cycle. 在2012 她有一个构像(文献28), 在2013 年有另一构像(文献29), 在2014年这篇文章她得到了又一个构像, 还有一个有待captured. 正如网友”老泉”给你的回复: 颜宁”此时提出a working model,顺理成章”.

因为在2012年她只拿到一个构像没有足够构像去propose GLUT1的工作模型. 你怎么会把这件事牵止到你的导师过世的时间去? 不可思议.

你提的一些问题证明你还是没有看懂图5的阐述. 请你还是自己先去搞懂吧. 在你没搞懂的情况下就诽謗别人”剽窃”, 这种行为很可耻.

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Quote from 阎 ”如果按你说的她在2012就得到了人体葡萄糖载体从开口朝内变成开口朝外的证据了,那她为何在2012年的论文没提出工作模型?”
山丘-2019-08-04 18:57:35回复悄悄话回复 ‘ft’ 的评论 : 最能看到他的人品的是他的态度 他在明确清楚得知了自然杂志有要实名评论的规定时 他说因为他认为自己不是无条件挺颜 所以他问心无愧 用假名没有一点不妥 理所当然视规则规定为无物 他还在这向一位网友发毒誓 说他肯定是中立的第三方… 他是中立的第三方?几个月来我从中坛就开始看他的表演 他绝对是一开始就立场坚定挺颜的 而且是杠杠的 能发毒誓说谎的哪有诚信可言
时不时来看看2019-08-04 18:56:42回复悄悄话> 回答一下; 我是谁,跟我说的话有没有说服力是没有关系的。

在Nature匿名留言是不行的,Nature明确说了,您要匿名就不能评论。它让你用笔名发帖是认为你用的真名。就像颜宁说她首先发现的机理一样让她发表文章。您的假名一旦被投诉,您的评论也就被咔嚓。

别再一幅我是Fox我怕谁的耍赖形象,别的不要,脸还是该要的。
ft2019-08-04 18:56:22回复悄悄话回复Swiperthefox,
你懂法规的作用吗? 比如某运动员一身高超技艺,众人称赞,但是他/她比赛用了兴奋剂,结局呢: 出局没商量。这就是法规迫使人们要有诚信,否则可想而知。

SwiperTheFox 发表评论于 2019-08-04 18:46:56
回复 ‘ft’ 的评论 :

回答一下; 我是谁,跟我说的话有没有说服力是没有关系的。

比如,象楼下老阎说的,我说的话,什么证据也没有,逻辑又不通,整天帮颜宁洗地, 所以没人会相信我。 也就是一点影响力没有。

我是SwiperTheFox也好, Superfox也好,张三也好,李四也好,王五也好,赵六也好,都是不讲事实,没有逻辑的。 所以我的名字是什么对这个讨论一点也没帮助。
SwiperTheFox2019-08-04 18:46:56回复悄悄话回复 ‘ft’ 的评论 :

回答一下; 我是谁,跟我说的话有没有说服力是没有关系的。

比如,象楼下老阎说的,我说的话,什么证据也没有,逻辑又不通,整天帮颜宁洗地, 所以没人会相信我。 也就是一点影响力没有。

我是SwiperTheFox也好, Superfox也好,张三也好,李四也好,王五也好,赵六也好,都是不讲事实,没有逻辑的。 所以我的名字是什么对这个讨论一点也没帮助。

LuojiXue902019-08-04 18:43:14回复悄悄话回复:SwiperTheFox
你胡搅那么多干吗呀?回答阎老师的几个基本问题才能够真正帮助你的小颜。你顾左右而言它的目的无非是充分利用这个机会炫耀你在这行里的知识而已,其作用与浪费他人时间甚至与图财害命差不多。
现在有个假设:假如你现在是博导或某著名刊物的主编,(我猜测你不是,因为你有大把时间。)有一位博士后发一篇论文让你过目,内容就是比小颜的研究有更深的发现和证明。用了类似小颜当年的图形,但略有改动。在整篇文章里不提小颜当年的成就,仅用“published biochemical data”一笔带过。文后也有五、六十个参考目录,但遍寻不着小颜的研究。
你阅后有何感想?
Nekono_882019-08-04 18:43:11回复悄悄话回复 ‘ft’ 的评论 : 同感,作为正常人就是无法理解狐狸的作为。我早就发现其没有诚信,整个感觉就是胡搅蛮缠。为了支持自己的说法,公然无视事实和说谎。但我揭穿其取把戏时,又换一付嘴脸,说什么是人都会犯错误。
ft2019-08-04 18:29:26回复悄悄话回复山丘,这也是我对Swiperthefox 一直纳闷的原因。此人在自然杂志上用假名的解释不能让任何人接受,不知此人在隐瞒什么。我很客气回了此人的帖子,不想再回了,但我对此人的诚信质疑是挥之不去的。此人用假名的做法完全违规,早该出局了。

山丘- 发表评论于 2019-08-04 18:01:41
回复 ‘Wtp003’ 的评论 : 狐狸是不可能挺阎的 他从一开始就有立场了 并且立场非常坚定全身心的斗志昂扬 他看文献找证据全是为了他的立场 这种全身心的投入很让我好奇 一直没想通这是为啥
山丘-2019-08-04 18:24:47回复悄悄话打错字了 是前辈
山丘-2019-08-04 18:18:39回复悄悄话说了好几次最后回我帖了 每次绕不过去了就来一次 呵呵!
己所不欲 勿施于人 我真没怎么着你 你都不乐意了 你怎么不想想你怎么对待老阎的 你好好看看你写的那些话 要多没礼貌就多没礼貌 有那么到人家后院里跟长辈说话的吗?实在看不下去你助纣为虐巴结权贵欺负人
润涛阎2019-08-04 18:12:06回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

再告诉你一遍:你不是高级黑就是缺乏最基本的逻辑思维:

她论文的关键是两个载体都没有开口从朝里变成朝外的证据。必须围绕这个核心来论证。

如果按你说的她在2012就得到了人体葡萄糖载体从开口朝内变成开口朝外的证据了,那她为何在2012年的论文没提出工作模型?

更可怕的是:她在2014年的论文里讲没有葡萄糖载体开口朝外的证据,也没有木糖载体从开口朝里变成开口朝外的证据,如果在2012年就有了生化证据,那她的图5嫁接想象图说是predicted开口从朝里变成朝外,那不是骗人了吗???

你读不懂这最基本的逻辑?

你本来是想帮她洗地说她没有剽窃而是她自己在2012年就搞出来了生化资料以证明葡萄糖载体开口朝里变成朝外了,你一下子就把她变成了在欺骗读者。

正因为她的论文堵死了帮她洗地的所有的路,你要么承认她利用了他人发表的论文不给出参考文献,那么就表明她的图5想象图嫁接predicted(假设)从开口朝里变成开口朝外–是在骗人,因为她早就证明了。

你先把这简单的逻辑搞清楚。
山丘-2019-08-04 18:01:41回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 : 狐狸是不可能挺阎的 他从一开始就有立场了 并且立场非常坚定全身心的斗志昂扬 他看文献找证据全是为了他的立场 这种全身心的投入很让我好奇 一直没想通这是为啥
SwiperTheFox2019-08-04 17:57:24回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 :

你要图,这里贴不了图,让你去有图的地方看,你又不去,人家怎么给你?

你就是不想睁开眼睛看事实罢了。 回你的最后一贴,句号。
山丘-2019-08-04 17:55:48回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 又来歪曲别人说的话 我让你别扯别的 就给我一个模型图 你就扯了一堆物理动力学的文章文献给我 好在这些文章上的title 上都写得清楚明白是物理动力学文献 然后你又让我去你博客里去找一篇73年的文章 估计你搏客有海量有关“科普”吧 我要找到哪一天才找得到呀 你直接告诉我文章名不就结了吗?不会是没时间打几个字吧
SwiperTheFox2019-08-04 17:37:48回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

诚恳地说: 这个没法做到了。 我读了这么多文章,看了太多太多的证据, 是不可能使劲挺阎的了。

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无立场就站在老闫的角度看问题,使劲挺闫看看是不是比挺颜更顺当更有说服力。
SwiperTheFox2019-08-04 17:34:57回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 :

我就知道是这个结果,每次你跟人要证据,人家给了你要么说别人给一堆文献不看,要么就明说“我就是不看”。 所以你以后在问,我也不用回答了,反正别人有理的你不看就是了。

对,动力学实验与生物化学实验证明的方法不一样,但是但是模型毕竟是别人的。 如果因方法可以否定前人的模型的这个逻辑成立的话,这个逻辑也可以用在晶体vs 生化实验上。 即:晶体能看到的就是比老阎的方法看得清看的完整, 记住:老阎只研究了12个跨膜区的一个。 颜宁是完整地看到了蛋白的。

申明:我不是支持上述逻辑的, 所以不能因老阎是用生化实验而否定前人动力学“获得”的模型。专利仍然不是老阎的。
Wtp0032019-08-04 17:18:21回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
对第一点原则上认同。后二点不认同。如
一开始小颜回了。告诉他66年经典,这都能用吗?真这样其它的好????也没必要。为什么又例出来。第三条要讨论起来又没完没了。周末也快过完了,这组织活动到此为止了。一个建议一个感想。
建议是若真是无立场就站在老闫的角度看问题,使劲挺闫看看是不是比挺颜更顺当更有说服力。
一个感想(不是什么真理越辩越明之类高大上,那是老话了)。给后半段的跟贴网友及言论一个赞。观点不同无所谓,有事说事。都说出门不易更何况身在海外。在wxc也没必要争的不愉快。
山丘-2019-08-04 17:07:46回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 你的博客我就不去了 原因是看了会觉得这个世界很黑暗 不想给自己添堵 你说出73年有糖转运载体的机理模型图的文献 我就跟你较真一次 明天上班查出来看看原文 但如果是物理动力学模型 请你诚实现在说出来 我也就不浪费时间了 呵呵 我可没那么多时间!
山丘-2019-08-04 16:59:27回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 你就扯吧 你列的那些全是物理动力学模型的 跟生物生化机理模型一样吗?别告诉我你不知道in vitro 和in vivo实验的不同
SwiperTheFox2019-08-04 16:57:37回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

谢谢你的部分承认,不能指望改变他人的观点。 回答一下你这两个问题:

1。 小颜照样回应一下问题不就解决了吗?事实上没有。
(1)不是“回应一下问题就能解决的”。 事实上,一个问题会接着另一个问题问的。 我从昨天晚上到今天早上就花了很多时间给老阎解释他看懂文章就该能回答的问题。

(2)一开始小颜回了。告诉他66年经典。 首先,这是文章里明确提的,并且在2014图5里有说明的。 作为一个有素质的科学家,有疑问至少先在文章里找答案。问这个问题,说明文章没看完或没看懂。
这时,*小颜应该是以为“回应一下不就完了”。 给了文献,老阎即使觉得不对,也该自己找点文献来看验证一下自己的感觉。 总不能把别人的时间认为理所当然地可以占有,自己不下点功夫吧? 他没有这么做,而是马上反驳了一篇。 换来了“碰瓷”。 当然小颜的修养需要提高,我觉得还是占用别人时间自己还是应该做足了自己的功课吧?

3。竟然小颜例出了那么多文献而且被你们二人证明足够了。为什么偏偏没例出老闫的?是简单忘记了?是因为例出的比老闫的工作更相关性强,更重要?对第二个问题答案多半是否定的而简单忘了似乎也说不通。

我觉得是小颜列的其他文献比老阎的从时间与内容上更相关。 比老阎相关性更强的Mueckler12篇(与小颜同一个蛋白)都没入列。 特别是Mueckler 2009年那篇也比老阎的完整,包含了整个蛋白的研究, 而老阎只有一个跨膜区的研究。
Wtp0032019-08-04 16:42:46回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
很不错。谢谢。
不过,这英文后面若是跟着”But”就都不是好话。开个玩笑。

说正经的,若要完全透彻明白二人的工作除非是这方面专家or at least actively working on this research area. 要不然(就算在已有生化及分子生物学基础上)再拿出搏学位的精力及功夫才行。我是肯定做不到,所以我在没有新的”突破”性进展下(如这次涉及Nature”, 这事对我来说就到此为止了。(我为止还专写一文算是记录下吧)。但我还是更多趋向于老闫,理由如下;
1。从老闫对你的回应及他的论点,感觉上更在点子上而且内在逻辑性也更强些(内在逻辑是很重要的,而不是什么花哨的东西,比如下面)
2。你和新近露面”老泉”的论点都看上去很专业,若事情真是所你们所述,小颜照样回应一下问题不就解决了吗?事实上没有。原因?千万不要说没时间,还认为是碰瓷不值得。逻辑上应另有隐情。同样逻辑推理下面一条。
3。竟然小颜例出了那么多文献而且被你们二人证明足够了。为什么偏偏没例出老闫的?是简单忘记了?是因为例出的比老闫的工作更相关性强,更重要?对第二个问题答案多半是否定的而简单忘了似乎也说不通。
SwiperTheFox2019-08-04 16:36:09回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 :

你没看我的博客, 文章里就有一个1973年的糖转运模型。

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要是有文章在阎之前画出糖转运机理模型图的请帖出来这个图 一个模型图即可 拜托别扯别的
SwiperTheFox2019-08-04 16:33:49回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 :

这个问题已经回答过很多遍了。 正好今天又有了新发现。 给过大阎高度评价的Mueckler在2009年没有引用大阎的文章。 而是引用了下面这三篇说明葡萄糖的模型, 都比老阎的早。

An alternating access model for glucose transport is supported by a large body of kinetic and biophysical data collected over the course of several decades (discussed in refs (10), (58), and (59)).

10. Lowe, AG.; Walmsley, AR. The kinetics and thermodynamics of glucose transport in human erythrocytes.. In: Agre, P.; Parker, JC., editors. Red Blood Cell Membranes. Marcel Dekker, Inc.; New York: 1989. p. 597-634.

58. Wheeler TJ, Whelan JD. Infinite-cis kinetics support the carrier model for erythrocyte glucose transport. Biochemistry 1988;27:1441–1450. [PubMed: 3365399]

59. Brahm J. Kinetics of glucose transport in human erythrocytes. J. Physiol 1983;339:339–354. [PubMed: 6887027]
Fanreninus2019-08-04 16:30:24回复悄悄话还有就是他自那以后他连你的工作提都不提了。不信就看看我介绍的他的这篇综述吧。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201905/24210.html
Fanreninus2019-08-04 16:24:52回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : “Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data.” 这句话的意思不是说你第一次提出的模型,只是说你为靠那些运输动力学得到的模型提供了更为物化的证据。 还有就是他们说那个话是1997年,在期间又有很多其它的资料充实各种糖转运体的模型,其中最可信的就是晶体结构资料。
山丘-2019-08-04 16:23:16回复悄悄话又给自己的博客作广告 呵呵 这么作广告一定很多人去看吧
又扯回去拿钠离子泵说事 66年钠离子泵说的是钠离子在膜上的转运 你还能从这篇文章中说出讲的是哪一个蛋白吗?更别说大分子糖转运机理了 难道66的这篇文章一出来就表明其适用于任何转运了吗?大分子糖与钠离子差那么多 不踏踏实实做实验 怎么能知道能发现原来糖转运机理是怎样的 没有阎及后来的科学家们包括颜的工作怎么能知道糖转运机理和离子泵相似?
阎是第一个发表糖转运工作机理模型的人 后面很多科学家继续探索完善 要是有文章在阎之前画出糖转运机理模型图的请帖出来这个图 一个模型图即可 拜托别扯别的
SwiperTheFox2019-08-04 15:59:13回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

给你个Perspective 比较容易理解。 这里有从1966后逐渐进步的机理图。 我相信,还有更多文章有这样的机理图,我时间精力有限,就先找这么多了。

转运蛋白模型一日游 (一)转运蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html
SwiperTheFox2019-08-04 15:48:07回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

第一, 小颜得出的模型和老闫的模型在本质上一样。 小颜与老阎的模型在本质上都与1966经典一样。 1966有专利。 小颜引了专利的。 至于葡萄糖转运的蛋白证明是该模型的证据,从1966到1993之间也很多。

第二,她又宣称她的模型是开创性,首次等等。

这需要找出她的原话来才好评论。 因为我一开始看到的传言,似乎与事实不符。 有些话不是她说的,被别人说成是她说的。 比如”50年来首次阐明糖蛋白机理“这句话就很有问题。
1。(至少)据报道不是她说的(而是老卡说的)。 我没有其他证据,但也没找到反驳的证据。
2。 原话也不是这样:原话是“人们终于首次成功解析了人源膜转运蛋白在原子分辨率水平上的晶体结构,这是50年以来的一项重大成就” 这应该是正确的。

还有回答这个问题有点主观:首次造一辆汽车有开创性;首次造一辆燃气的汽车也有开创性; 首次造一辆燃气但能跑500MPH的汽车,我不知道是不是该说有开创性。

我对她模型的评价:
1。符合1966经典。
2。符合2006到2013年很多包括糖转运蛋白文章里已经阐述的“四象图” (比经典和老阎的更细致)。
3。展现人体糖蛋白的结构是首次
4。阐述人体糖蛋白glut的内门, 特别是内门对机理的贡献是首次, 有一定的开创性。
5。阐述人体糖蛋白glut所属第一家族的机理是首次。
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在小颜得出的模型和老闫的模型在本质上一样而她又宣称她的模型是开创性,首次等等,那你同意/理解老闫的要求吗?
Wtp0032019-08-04 15:39:28回复悄悄话其实现在最最关键的就是大家原则上认同不认同老闫下面的这句话
若认同了下面才有的谈,若不认同那就将争论focus on在机制模型的异同上,在本质上是不是相同的。

小颜”用固定的晶体作为材料在高分辨率的条件下解构葡萄糖载体蛋白获得的机理模型跟1993年Yan&Maloney用在细胞膜上活体葡萄糖载体蛋白作为材料得出的葡萄糖转运机理一致。表明这个喇叭口模型是准确无误的。”
Wtp0032019-08-04 15:31:09回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
在小颜得出的模型和老闫的模型在本质上一样而她又宣称她的模型是开创性,首次等等,那你同意/理解老闫的要求吗?

SwiperTheFox说
”如果颜宁博士读过了我们的两篇文章,那她一定会在她的论文讨论部分或引言部分写上:“我们用固定的晶体作为材料在高分辨率的条件下解构葡萄糖载体蛋白获得的机理模型跟1993年Yan&Maloney用在细胞膜上活体葡萄糖载体蛋白作为材料得出的葡萄糖转运机理一致。表明这个喇叭口模型是准确无误的。”
Wtp0032019-08-04 15:31:09回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
在小颜得出的模型和老闫的模型在本质上一样而她又宣称她的模型是开创性,首次等等,那你同意/理解老闫的要求吗?

SwiperTheFox说
”如果颜宁博士读过了我们的两篇文章,那她一定会在她的论文讨论部分或引言部分写上:“我们用固定的晶体作为材料在高分辨率的条件下解构葡萄糖载体蛋白获得的机理模型跟1993年Yan&Maloney用在细胞膜上活体葡萄糖载体蛋白作为材料得出的葡萄糖转运机理一致。表明这个喇叭口模型是准确无误的。”
ft2019-08-04 15:18:45回复悄悄话回复Swiperthefox 的评论,
谢谢你的诚恳回复。在理解你坚持个人隐私的想法同时,我也想表达在美国生活也要遵从法规,学术界的从业人员更应如此。nature定的规则如果你不遵守就是对别人的不公平,意味着你躲在暗处和别人付出公布隐私的代价来参加同一个游戏,如果用政治正确的话说,同一场游戏对每个人的规则不一样这是不公平的。如果你不喜欢用一个规则想另搞一套,对不起,请退场。讲到此,我想已经明白到家了。
争辩到此,我仍然坚持我的立场即支持老阎的质疑,让历史和时间来说话。如果哪一天小颜能诚恳回应老阎,我会很高兴给小颜点赞。
基于有的网友包括你的诚挚提议,我也希望网友们不要积怨。文明和尖锐的争辩对人对社会都会有益无害,和稀泥反而会最终积累长成肿瘤。
祝你一切顺利。
***************
SwiperTheFox 发表评论于 2019-08-04 14:08:10
回复 ‘ft’ 的评论 :

关于这个问题, 我只回答这一次。 我在评论前不知道有非得实名这个guideline. 在美国各个网站发过帖子,还没见过要求实名制的。

我在Nature的网名是以前注册的时候就有的了。 所以发评论前,网站问是否用Superfox这个网名, 缺省就用了。

后来有人贴这个Guideline, 但是我不想放弃自己的隐私。 我问心无愧。 评论里都是有根有据有文献,所有人可以根据我引得文献一一核对我说的话对不对。 我没有说我是无条件觉得没有什么不妥。
山丘-2019-08-04 15:07:09回复悄悄话其实说到底 挺阎的和挺颜的分歧在于三观 一方崇信科学求真 讲人品讲诚信 一方崇拜强势 无视规则
SwiperTheFox2019-08-04 14:51:14回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

这个贴说的更直接吧:

“她当然没引用我的文章。这还有争论???她不小心在她引用了的文章里有一篇引用了我的文章”
https://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4007101.html
山丘-2019-08-04 14:49:11回复悄悄话一个有序有则的社会是由自觉尊守规则法则的人共同维系的 那个自然杂志的评论明晃晃的写着请写你的真名及联系方式 没看到可以原谅 别人反复告之了还以要保持隐私大言不惭的说这没什么不妥 那请问如果谁都象你 那这个规定不是形同虚没了吗?那自然杂志科学圣地的庄严和诚信如何维护?这就如同学术引文献时 为了一己之私该引不引同出一辙
真的拜托了 文明国家讲诚信讲信誉 你们这些为了一己之便的违规者们 别把我们这尚还有序纯净的学术界玩坏了
SwiperTheFox2019-08-04 14:41:43回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

阎在此事上的第一篇博文。

http://blog.wenxuecity.com/myblog/1666/201905/8695.html

如果颜宁博士读过了我们的两篇文章,那她一定会在她的论文讨论部分或引言部分写上:“我们用固定的晶体作为材料在高分辨率的条件下解构葡萄糖载体蛋白获得的机理模型跟1993年Yan&Maloney用在细胞膜上活体葡萄糖载体蛋白作为材料得出的葡萄糖转运机理一致。表明这个喇叭口模型是准确无误的。”
Stegy2232019-08-04 14:39:52回复悄悄话回复’嘎德’的评论 :
有嘎德大侠这样的负责做东事情可能总好办些。

辩论一大圈下来科学上的事探讨得大体有眉目了。这阎颜之争既己进了江湖,解决的方法也只有江湖之道。小颜送老阎一瓶好酒,老阎也给小颜继续攀登科学新高峰捧捧场,加个油…

此议会不会被指“捣浆糊?”
ans2019-08-04 14:39:21回复悄悄话回复 ‘嘎德’ 的评论 : 换我是小颜,理都不会理他,更不可能自降身份见他了。老闫是什么,wxc的一个网红,除此什么都不是。缺乏基本科研知识和素养也就罢了,从他挑起操纵此次套磁的手法看,心理阴暗,人品低下。我相信老闫自以为以前做的东西是了不得的开山立派的,谁知几十年没人赏识,自己也灰溜溜地淘汰出了学术界。他一开始看到小颜的成果,估计也就想套套磁,显摆一下我以前也做过。小颜对这种即缺乏专业知识又不是通过正规学术讨论渠道的套磁,自然不会搭理。从此惹得老闫老羞成怒,开始恶毒攻击小颜剽窃造假。这早就远远超出了科研讨论的范围,越过了学术底线,和做人的底线。在学术圈混的人如果被别人说剽窃造假,还能混吗?学术声誉就是学术生命,wxc的闫粉恐怕是不懂的。和解?做梦去吧。最好的结果,小颜大人大量,没工夫搭理他这种小学生水平的胡说八道。

嘎德 2019-08-04 13:00:54 回复 悄悄话 狐狸老兄/美女,老阎老兄,还有小颜美女,各位都是成功人士,冤家宜解不宜结,要不庭外和解了吧?我在纽约,各位方便的话来纽约聚聚,尽释前嫌。
Wtp0032019-08-04 14:35:51回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
你能用2-3句话概括说说争了这几个月争论的关键是什么吗?
我从第一天就说了浮浮而言一般没有引用文章根本不是什么大事。那为什么老闫这没完没了我这也一直跟着“添乱”(某一的话)呢?
估计你没这逻辑分析能力吧?要不试试?
SwiperTheFox2019-08-04 14:12:40回复悄悄话更正最后一句:我觉得没有什么不妥
SwiperTheFox2019-08-04 14:08:10回复悄悄话回复 ‘ft’ 的评论 :

关于这个问题, 我只回答这一次。 我在评论前不知道有非得实名这个guideline. 在美国各个网站发过帖子,还没见过要求实名制的。

我在Nature的网名是以前注册的时候就有的了。 所以发评论前,网站问是否用Superfox这个网名, 缺省就用了。

后来有人贴这个Guideline, 但是我不想放弃自己的隐私。 我问心无愧。 评论里都是有根有据有文献,所有人可以根据我引得文献一一核对我说的话对不对。 我没有说我是无条件觉得没有什么不妥。

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回复Swiperthefox, 你下面的要和解的帖子说得虽然诚恳,但让我大惑不解的是你为何对nature故意违规用假名。如果你真是一个有诚信的人,你应该对此有个交代;如此,别人才能对你尊重。
SwiperTheFox2019-08-04 13:58:51回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 :

谢谢您的信任。 我这篇博文特别是第一部分, 不需要多少生物专业知识,受过科学训练的人都不难follow。 所有文献都在文末。 您可以逐条验证。 如果发现错误,请明确指出来。 谢谢。

http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/2344.html
ft2019-08-04 13:53:51回复悄悄话回复Swiperthefox, 你下面的要和解的帖子说得虽然诚恳,但让我大惑不解的是你为何对nature故意违规用假名。如果你真是一个有诚信的人,你应该对此有个交代;如此,别人才能对你尊重。
SwiperTheFox2019-08-04 13:38:03回复悄悄话回复 ‘嘎德’ 的评论 :

你要是能请到颜宁,我一定去。 一开始看新闻,其实没什么感觉。 读了paper之后,佩服之至。
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狐狸老兄/美女,老阎老兄,还有小颜美女,各位都是成功人士,冤家宜解不宜结,要不庭外和解了吧?我在纽约,各位方便的话来纽约聚聚,尽释前嫌。

梁慎勤2019-08-04 13:12:13回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

谢谢你的声明。因为你声明你是独立的第三方,我会更加相信你的说明和解读的公正性。我知道有些人会昧着良心发虚假的声明,不过就目前而言,我还是选择相信你的声明。

我同意“应该把注意力集中在事实论据”,这是第一重要的。按理说,我应当尽量去好好理解相关的事实和论据,但是由于我自觉生物基础差,所以没有真的去做这方面的努力,这是不对的。不过留言者的身份也是重要的,否则Nature也不会要求留言者Be yourself:“If you have a personal connection to a story or topic, you should disclose your connection or, where appropriate, not comment at all.”

我同意在对一篇文章的一处内容提出一个质疑或者指控之前,首先要尽量准确地理解整篇文章的内容。而要做到这一点,往往需要去了解相应的领域,要读比较多的相关的文章。所以这并不是一件容易的事。我之所以支持润涛阎提出他的质疑和指控,除了支持言论自由这个原因之外,另一个原因就是我知道润涛阎长期从事生物方面的科研工作,所以我选择相信他对相应领域的了解和判断。

总而言之,我自己缺乏生物基础,很难形成我个人独立的判断,又没有足够的时间和精力通过学习去形成自己的独立判断。所以,我希望能看到更多的生物专业的独立人士能发表他们的看法。我之前说过如果阎颜事件相关的机制的确非常重要的话,历史对于此次阎颜事件就会给出一个实事求是的判断,这里的历史其实就是很多的独立的专业人士(独立陪审团),他们每个人的独立看法就是一票,最终阎的指控到底有几分道理就是看他长期而言(比如三五十年甚至是一百年)的得票的比例。虽然这个得票比例不一定就会收敛到1或者0,但是,一般而言,不是收敛到1就是收敛到0。也就是说,一种共识会形成。
山丘-2019-08-04 13:04:21回复悄悄话回复 ‘老泉’ 的评论 :
同意你说的有了结晶结构能更好的证实工作机理 我认为二者之间是相辅相成的关系 做结构的需要工作机理说明其结构是否具有生物意义的合理性 作机理研究的 结构可以作为参考辅助以及进一步的验证 小颜的结晶首创是很了不起的 但是她的工作机理模型图和博主二十年前的基本一样 所以她是进一步验证了博主的 别拿66年的经典来说事 66年的是钠离子泵机理模型 难道这不需要有人做实验来发现原来糖转运载体和钠离子泵是尊循相似的机制吗?糖转运机理在阎以前有谁发表了其模型图?如果有是谁?如果没有是否还是可以说是阎首次发现并发表了呢?
达姆TU2019-08-04 13:02:39回复悄悄话回复 ‘cowwoman’ 的评论 :
你最让我大跌眼镜的是同样颜宁单身这件事,你因为立场不同能说正反两套话。

开始你批颜宁的时候,说的是“不是看不惯独身。独身意味着和他人相处有困难。具体困难在哪里,很多种原因。是媒体在毁她,什么高颜值啊,破解世纪之谜。大家一看婚姻都解决不了,还解决世界之谜呢,自然胡说八道就来了。”这里你痛批颜宁单身。

后来你挺颜宁,批老阎的时候,又说“小颜到了科技进步的这个时间段了,就是靠新方法能够证实了这个机理模型。就是为了名誉不要家庭,不走偏路,一心一意奋斗十几年。” 又夸上颜宁单身了。

我真服你了。你是中国最常见到,也最可鄙的几类人之一。
嘎德2019-08-04 13:00:54回复悄悄话狐狸老兄/美女,老阎老兄,还有小颜美女,各位都是成功人士,冤家宜解不宜结,要不庭外和解了吧?我在纽约,各位方便的话来纽约聚聚,尽释前嫌。

到时候你们畅所欲言,我嘎德只负责请客,如有兴趣的话私聊我吧。

还有啦,cowwoman也欢迎加入。cowwoman说老阎“讨厌”,老阎你听好了,女人说你讨厌不外乎两种可能性,一个是你是油腻男真的很猥琐讨厌,另外一个可能性是美女特地穿得花枝招展想引起你注意却得不到关注。

到时候cowwoman也来聚餐的话,老阎你是聪明人知道该怎么办的。
润涛阎2019-08-04 12:47:01回复悄悄话回复 ‘达姆TU’ 的评论 :

因为她总拿颜宁的婚姻说事,她认为是在帮我打架?我劝她,还有可能其它回复得罪了她。她从此180度转弯,由喜欢到死一下子调转枪口:恨我恨到咬牙切齿、千刀万剐都不解气地步,常常骂骂咧咧。
润涛阎2019-08-04 12:39:00回复悄悄话华盛顿大学的Mike Muecklerz教授,是第一个提出 Glut1 人体葡萄糖载体是由12个穿膜螺旋构成,1985年发表在《科学》上。他评价Yan/Maloney 的生化研究验证了载体动态模型,以前没有令人信服的生化数据证据,属于假说阶段:“Yan/Maloney的数据为仅仅基于动力学数据得出的载体模型提供了令人信服的无可置疑级别的证据。”

英文原文照抄:“Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data. ”

以前的模型仅仅是基于kenetic transport data,没有无可撼动的证据。

上面的评价不是润涛阎自己讲的。Yan/Maloney 的 “探针 + 半胱氨酸扫描”被广泛利用,无一人提出质疑。
达姆TU2019-08-04 12:35:37回复悄悄话回复 ‘cowwoman’ 的评论 :
你这人性格非常变态。
在老阎才开始写颜宁这个话题的时候,你多次留言,但我看不出你是为科学本身讨公道。你大多数是针对颜宁的,纯粹的嫉妒心理,酸葡萄的意味非常浓厚,连颜宁单身你能都拿出来大说特说。
我给你留言回复过,告诉你“不是每个人都需要婚姻和家庭,也不是每个人都看重家庭和婚姻。希望还科学一个真相,还润涛阎一个公道,但这跟颜宁单身与否无关“。
你不知道后来发了什么疯,反过来针对润涛阎了,但语言仍然不是从真相上出发,仍然是莫名其妙。
cowwoman2019-08-04 12:21:20回复悄悄话论文这东西,就是你写你的,我写我的,有时候都需要建立在一定基础之上。颜宁的贡献不在于她发现了模型,在于她用新的手段再次证实了模型。就这么简单。说颜宁抄袭,那么老卡不也是抄袭?自己拿不到某些名利东西,就凭固有的歧视过国人观念去凭空捏造人家。都快入土的人,积点德好不好。别跟个卢瑟似的丢人现眼了!真够让人讨厌的。
老泉2019-08-04 12:20:19回复悄悄话有了新晶体及构象,就更有资格提议working model, 这样的model会比前一年的model更深入,更有内涵, 文章就有意义. 当然谁都可以提议working model,人家杂志受不受是另一回事。

AAM模型理论研究进展在那里(1966-2013年结果),颜宁二零一四文中图五就是按理论画的 (predicted)。为了propose a 2014 version working model, 就需要更多于2013的内容。向内开口构象已经被颜宁拍到 (2014年),无争论,向外开口构象,待定,但是小颜在2014文中讨论部分从结构方面作了很好的说明(由于TMD及ICH作用,没有底物时的最可能构象是向外开,底物结合及分离则促进二个构象转换。这种model讨论不需要其他数据)。至于AAM机理要求两个occluded 结构,则需要借助XyLE, 那也是现成的(文献28,29),也是小颜的,且已经有结晶及生化数据。因此她在2014文中说了our… biochemical data (有参考文献28,29)。没什么看不懂的吧。
既然2014拿到GluT1的结构(other worked on this for decades),此时提出a working model,顺理成章。与老阎老板无关. 66-92年,92-2013年之间AAM模型早在那,内含逐年增加, 与老阎九三年模型无关。至于老阎九三文章,那个示意图根本没谈机理,只是标出了三个区域而异。文章写道:although we can identify a residual within the translocation pathway of UhPT, we cannot yet comment on how this pathway may operate”. 对于这篇文章的贡献与局限性,可以作很多评论。

老阎九三文章 is about identifying a residue C265 and 3 domains. The famous graph he used in his blog is not about pathway mechanism, but about showing 3 domains with C265 in the core domain. As for pathway mechanism, Yan and Maloney did not know at the time and only suggested either mobile carrier (residual C265 as elevator to shuttle substrate in and out) or mobile barrier (gated pore) theory. These theories (mobile carrier or mobile barrier) are not related to outward open/inward open conformations Yan Nieng talked about in her graph (it is a simple graph used by many).
AAM theory is still just theory at this time (most viable per Mueckler in 2014 review) and more work is needed. Anyone can propose new techniques (crystal structure and x-ray or biochemical or both or other) or updated model for future research and development.
SwiperTheFox2019-08-04 12:19:35回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 :

请以阎润涛楼下三贴为例, 回答我的问题:)

我以后尽量少来了(戒瘾)。 我觉得凡人, Stegy和老泉的三个帖子,虽然不能完全回答阎润涛的问题,但是能回答个七七八八, 就不“再造轮子了”

凡人:http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/3304.html
Stegy:  http://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201908/2507.html?#comments

老泉:
: AAM模型理论研究进展在那里(1966-2013结果),颜宁二零一四文中图五就是按理论画的。为了提出2014working model, 就需要更多于2013内容。向内开口构象已经被拍到,无争论,向外开构象,待定,但是小颜在2014文中讨论部分从结构方面作了很好的说明(由于TMD及ICH作用,没有底物时的最可能构象是向外开,底物结合及分离则促进二个构象转换。这种讨论不需要其他数据)。至于AAM机理要求两个occluded 结构,则需要借助XyLE, 那也是现成的(文献28,29),也是小颜的,且已经有结晶及生化数据。因此她在2014文中说了our… biochemical data。没什么看不懂的吧。既然2014拿到GluT1的结构,此时提出working model,顺理成章。与老阎老板无关,66-92,92-2013之间AAM模型早在那,内含逐年增加。与老阎九三年模式无关。至于老阎九三文章,那个示意图根本没谈机理,只是标出了三个区域而异。文章写道:although we can identify a residual within the translocation pathway of UhPT, we can not yet comment on how this pathway may operate”. 对于这篇文章的贡献与局限性,可以作很多评论。
Yan’s paper in 1993 is about identifying a residue C265 and 3 domain. The famous graph he used is not about mechanism, but about 3 domain with C265 in the core domain. As for pathway mechanism, they did not know and suggested mobile carrier (c265 as elevator) and mobile barrier (gated pore) theories. They are not related to outward open/inward open conformation Yan Nieng talked about. So older Yan started with a lie. Shocking?
嘎德2019-08-04 12:17:40回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : “昨天不是说我英文是给老中看的吗? :) ”

哈哈哈哈,狐狸老兄/美女,老阎老兄,还有小颜美女,网上聊天费劲,各位都住在哪里呀?要不大家找个机会聚餐聊聊不就都讲清楚啦。
润涛阎2019-08-04 12:10:15回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

2006年老卡LacY的衍射结构图如此清晰,别说乳糖的结合点,就是质子氢的结合点都一清二楚,也提出如果发生变形那些离子会如何。可他在图9对朝里朝外变形的结论是:possible change

后来他用半胱氨酸扫描才确定了开口朝里朝外变形。

你说的都是老卡在LacY结晶里讲过的,但他依然不知道变形是否真的会发生。他才用半胱氨酸扫描活体载体蛋白以确定其变形。去给了你他的一篇论文,就是不需要结晶通过半胱氨酸扫描可以研究载体结构。你读不懂就算了。

你在把颜宁说成明明知道了人体葡萄糖载体的开口从朝里到朝外的变形证据了她还在假设会发生变形的嫁接图就是欺骗了。明明知道了如何变形了还在假设。她真的同意你把她说成她在玩弄欺骗?
润涛阎2019-08-04 11:56:04回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

你发誓有何意义?狐狸又不是你的名字,就是你讲天打五雷轰那也是轰狐狸,又不是你的真实姓名。玩这套小孩子的把戏有何意义?邓小平实名发誓永不翻案呢。当然,让你发誓的人没考虑到你发誓的是假名字,又无法验证。

你缺乏的是最基本的逻辑思维能力。按照你说的,认同葡萄糖载体从开口朝里到朝外的变形早在2014年发论文之前都搞明白了,那她还用嫁接假想图的方式解释从朝里到朝外的变形就是骗人的了。
润涛阎2019-08-04 11:48:14回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

你在胡搅蛮缠啊。如果在2014年发表论文之前就知道了人体葡萄糖载体从朝里到朝外的变形,那她的图5 “predicted” 的变形不是自欺欺人了?那是重复人家的论文结论了?还是否定人家已经证明了的她还在假设?

你连基本的逻辑都没搞清楚。
SwiperTheFox2019-08-04 11:41:18回复悄悄话回复 ‘originall’ 的评论 :

都回答过很多很多很多遍了。 所有的问题都读懂文章后都可以作答。 以后质问前,请先做好自己的功课。

一。生化数据:小颜神秘的生化实验 ; http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/14748.html

二 。Glut1的结晶的朝向:Schurmann, A. et al. Role of conserved arginine and glutamate residues on the
cytosolic surface of glucose transporters for transporter function. Biochemistry 36, 12897–12902 (1997).

三 。如何推理从内到外的变形。就在前不久的回帖里。

1。XylE是Glut1 homologue. UhpT不是。

2. 通过XylE的homology modeling 可以推测Glut1 的构象,是Glut1朝外的Proxy.

3。文章的结果与图表里标识得清清楚楚: Glut1 碱基在哪个位置,跟谁形成氢键。 XylE Glut1 碱基在哪个位置,跟谁形成氢键. 两个蛋白同一个位置, 哪些碱基一样, 哪些碱基不一样。 虽然用XylE并不完美, 但是有什么没有什么都清清楚楚写在文章里。 审稿人看的明明白白。  如果你不满意的话,去找老卡问吧。

4。 从里到外的构象变化理论在引文 颜2010和 Iancu2013里都有。 没引的还有很多,

见:
转运蛋白模型一日游 (一)转运蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html

5. 说实话,Cystine scanning只是“符合”AAM. 只是说在跨膜第7区可以看成三个区域, 一个只跟细胞外有接触, 一个只跟细胞内有接触,一个两面都可以接触。

**实际上也没给出从内到外的变化。 **

并没有排出其他可能性。 比如

1。如果一个(即使不是转运蛋白的)膜蛋白也可以有这样三个区。
2。比如跨膜区7被其他的跨膜区所掩盖(保护起来)。 比如如果是Channel, 7与10的在外膜形成gate, 关上时,两个盖缠在一起,互相保护起来,也可以起到不接触细胞内物质的作用。

再对学数理的重复这句话: 生命科学实验需要 Preponderance 的证据。 阎润涛提供的证据[在当时]很重要, 但并不是一次性证明了AAM.

===================================
Fox你如果是颜宁的人就拿出data证据回答老阎质疑,如果不是颜宁的人,你又如何知道颜宁team的细节来否定老阎?! 你绕着扯其他的毫无意义
SwiperTheFox2019-08-04 11:34:27回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 :

1。相信您是诚肯的, 那我也诚恳地发誓, 随您再能想出什么恶毒的誓言, 我都可以发:

我是独立的第三方,如有欺骗,愿接受来自上天以及一切其他神秘力量的一切惩罚

其实我有很多事做,也不想再花太多时间,但是研究这事有点上瘾,象打游戏一样, 希望这可以让您容易理解一些。

2。我在nature 网发了评论,除了老阎评论了一下答的是什么问题的,就没一个对内容评论的。 您不觉得大家应该把注意力集中在事实论据上, 而不是发言者的身份上吗? 我写的若干博客文章也包括有类似的情况。 只有少数几个人对内容进行了讨论。 特别是一个叫Stegy的网友,似乎不是生命科学专业的,读了我的博客的若干文章,又突击读了十天左右的论文,就有了自己的见解。 除一些细节我不敢苟同之外,其他大方向的理解都差不多。

3。 记得您说自己是做数理科研的,对于您的学科, 如果有人对论文的推理觉得理解不到,请问是
(1)再认真读论文及引文,看自己对哪方面的知识点与推理有遗漏。
(2)向生活中或网上的专业人士询问,讨论内容。讨论的方式是先说“我没看懂”“我不理解”,还是
(3)上来说“这篇文章这点做的不对", 没有引我的文章,剽窃? 在没有确凿证据之前,拿过世的老板或其他人来当枪使?

就第3点举个例子: 一开始时, 老阎就询问2014图5哪来的。 老阎或群众去问颜宁。 颜宁回答是1966经典。 其实这是文章里介绍就引得文章,而且在图5下游叙述。 去问这种问题就是自己没做好自己的功课。 现在大家都承认[至少]应该引1966经典。 但是阎润涛当时得到颜宁的答复后的第一反应是"这个回答不对“又去追问,才有的碰瓷一说。 其实当时如果自己好好做做自己的功课,搜几篇综述和文章下来,很容易理解引用1966经典是MFS转运蛋白研究的定式。   自己不做好自己的功课, 还老是觉得他人的时间可以随便拿来回应自己,而且询问的态度是“你是抄袭“。 请问这合不合乎科学讨论之道?

我诚恳地回答了您的问题,请您也诚恳地回应我第2与第3点里的问题。
润涛阎2019-08-04 11:20:04回复悄悄话她在论文里介绍人体葡萄糖载体开口朝外的还没结晶出来,英文原话:The outward-open structure remains to be captured. 更别说从朝里变成朝外的证据了。

细菌木糖载体从朝里到朝外的变形没有证据,英文原话:the conformational switch from
inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated.

把两个载体嫁接,不论多么合理,照样无法证明人体葡萄糖载体从朝里真的变成朝外了。没有证据,才在嫁接图下面表明:这是想象图predicted 从朝里变成朝外。而在文章里就变成了提出工作模型,靠的就是published biochemical data。没有参考文献。

如果不需要证据,就根据载体的模型,那当初CFTR也是被认为是变形的!活体蛋白试验证明:变形并不会发生,因为CFTR是通道。

如果不需要科学证据证明人体葡萄糖载体从朝里变成朝外,那她论文的 “根据结构图与发表过的生化数据,我们提出人体葡萄糖载体的工作模型”不就是废话了?何不直接说不需要证据证明它就是变形的。那文章的意义何在?花时间精力研究它的变形不就是多余的了?根据推理就完事,那当年CFTR的结论永远都是变形的!

如果变形的证据不那么重要,那她为何在电视上只提变形的图?

狡辩是经不起历史的检验的。这与润涛阎是否质疑无关。历史真相迟早会被揭穿。
originall2019-08-04 10:57:59回复悄悄话Fox你如果是颜宁的人就拿出data证据回答老阎质疑,如果不是颜宁的人,你又如何知道颜宁team的细节来否定老阎?! 你绕着扯其他的毫无意义
ft2019-08-04 10:49:26回复悄悄话回复枕慎勤的评论,认同你的观点。探索科学的前提是诚信。即使是和小颜一个团队甚至是论文作者之一都没有关系,仍然可以参加争辩。但是公然违背nature杂志的规则,用假名贴评论,这是在贬损nature杂志多年来形成的公认的权威性。你Swiperthefox 是谁啊,谁给你的权利去站在nature之上违规? 你最缺的就是德,你是在给小颜的声誉减分。
老泉2019-08-04 10:42:02回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 : AAM模型理论研究进展在那里(1966-2013结果),颜宁二零一四文中图五就是按理论画的。为了提出2014working model, 就需要更多于2013内容。向内开口构象颜宁已经被拍到,无争论,向外开构象,待定,但是小颜在2014文中讨论部分从结构方面作了很好的说明(由于TMD及ICH作用,没有底物时的最可能构象是向外开,底物结合及分离则促进二个构象转换。这种讨论不需要其他数据)。至于AAM机理要求两个occluded 结构,则需要借助XyLE, 那也是现成的(文献28,29),也是小颜的,且已经有结晶及生化数据。因此她在2014文中说了our… biochemical data (文献28,29)。没什么看不懂的吧。既然2014拿到GluT1的结构,此时提出working model,顺理成章。与老阎老板无关,66-92,92-2013之间AAM模型早在那,内含逐年增加。与老阎九三年模式无关。至于老阎九三文章,那个示意图根本没谈机理,只是标出了三个区域而异。文章写道:although we can identify a residual within the translocation pathway of UhPT, we can not yet comment on how this pathway may operate”. 对于这篇文章的贡献与局限性,可以作很多评论。
Yan’s paper in 1993 is about identifying a residue C265 and 3 domains. The famous graph he used in his blog is not about mechanism, but about 3 domain with C265 in the core domain. As for pathway mechanism, they did not know and suggested mobile carrier (c265 as elevator) and mobile barrier (gated pore) theories. They are not related to outward open/inward open conformation Yan Nieng talked about
润涛阎2019-08-04 10:41:26回复悄悄话颜宁在论文里,明明讲的是:the conformational switch from inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated.

翻译成中文:没证据证明细菌木糖载体从朝内到朝外的变形。
她在论文里讲了没有人体葡萄糖载体开口朝外的结晶体。

二者都没有从开口朝里变成开口朝外的证据。这是她自己在论文里白纸黑字讲出来的。

她也没介绍她什么时候证明过这两个载体从朝里变成朝外的试验。如果她做过,她就无法说the conformational switch from inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated,以及人体葡萄糖载体从朝里到朝外的变形的假想图就只能是predicted。

还辩护什么呢???
梁慎勤2019-08-04 10:31:35回复悄悄话关于Swiperthefox真实身份的分析。

第一种可能:他是颜系统的利益相关者,其论点论据都是来自颜团队。他只是一个发言人。颜觉得通过一个代言人与阎辩论,比起自己出面辩论,更有灵活性,也更有余地。对颜而言,这是一个比较高明的决策。
第二种可能:他是颜的高级黑,通过挺颜而损颜。他的目的是通过激烈的争论来刺激润涛阎,扩大影响,促使润涛阎采取更多更激进的措施来维护自己的科学发现权,最终让更多的人知道颜的学术不端行为,从而达到在最大程度上损颜的目的。
第三种可能:他是独立的第三方,生物专业,有能力有时间。他的确认为润涛阎对颜的指控没有道理,出于正义感而大力维护颜的名誉。

如果是前两种可能,Swiperthefox是一定不会公开自己的身份的。如果是第三种可能,公开自己的身份是一个选项。不过考虑到公开隐私后带来一些不便,选择不公开身份也是可以理解的。比如说,我在阎颜事件中属于独立第三方,但是让我公开真实身份,虽然也不是不可以,但是我觉得还是有点变扭,恐怕会引起关于我个人的讨论,所以也还是会选择不公开自己的身份。

所以,我也不期望Swiperthefox公开自己的身份。不过,我觉得Swiperthefox还是应当声明一下自己的类别:是颜系统的利益相关者,还是独立的第三方。(估计没有人会承认自己是高级黑的。)如果Swiperthefox连这样的声明都不提一下,那么他就一定是颜系统的利益相关者或者是高级黑,他的留言的可信度就要大大降低。真心诚意地声明自己是独立的第三方是很容易的一件事。比如说我就敢声明:我是独立的第三方,如有欺骗,愿接受来自上天以及一切其他神秘力量的一切惩罚。

其实就算是颜系统的利益相关者,只要讲的在理,我想读者还是会接受的。不会是因为你是利益相关者就不接受。润涛阎就是阎的最大利益相关者,如果他讲的有道理,读者还是会接受。比如说,他要求颜说明published biochemical data到底是什么数据以及相应的文献,我就觉得是合理的,所以会接受。

当然,这种分析和声明不仅仅适用于挺颜者,也适用于挺阎者。其实挺Yan本身没有错,但如果挺Yan者冒充第三方,那就是一种欺骗一种错了。
SwiperTheFox2019-08-04 10:29:56回复悄悄话还有你是给赞扬颜宁的大教授们写信了是吗?包括老卡吗?是电邮? 人家也该回了吧?
SwiperTheFox2019-08-04 10:26:32回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

老阎 这事想早点了結。 据凡人引用你的话, 自然杂志给你回信了。 是真的吗?

把信晒出来, 就不用再讨论了。 不是吗?
老泉2019-08-04 10:20:42回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 : AAM模型理论研究进展在那里(1966-2013结果),颜宁二零一四文中图五就是按理论画的。为了提出2014working model, 就需要更多于2013内容。向内开口构象已经被拍到,无争论,向外开构象,待定,但是小颜在2014文中讨论部分从结构方面作了很好的说明(由于TMD及ICH作用,没有底物时的最可能构象是向外开,底物结合及分离则促进二个构象转换。这种讨论不需要其他数据)。至于AAM机理要求两个occluded 结构,则需要借助XyLE, 那也是现成的(文献28,29),也是小颜的,且已经有结晶及生化数据。因此她在2014文中说了our… biochemical data。没什么看不懂的吧。既然2014拿到GluT1的结构,此时提出working model,顺理成章。与老阎老板无关,66-92,92-2013之间AAM模型早在那,内含逐年增加。与老阎九三年模式无关。至于老阎九三文章,那个示意图根本没谈机理,只是标出了三个区域而异。文章写道:although we can identify a residual within the translocation pathway of UhPT, we can not yet comment on how this pathway may operate”. 对于这篇文章的贡献与局限性,可以作很好评论。
润涛阎2019-08-04 10:04:03回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 :

因为回应不了才气急败坏的。

帮她洗地的花了无数时间在纠缠,就是介绍把找不到开口从朝里变成朝外的人体葡萄糖载体结构就嫁接细菌木糖载体开口朝外的结构其合理性。嫁接合理好啊,我没意见。

可问题来了:颜宁的论文承认两点:1. 没有人体葡萄糖载体开口从朝里变成朝外的结构证据。2. 没有细菌木糖载体开口从朝里变成朝外的结构证据。

也就是说,即使嫁接,也没办法用木糖载体间接证明人体葡萄糖载体开口从朝里变成朝外了,因为二者都没变成朝外的证据。

这是图5下面介绍的这电脑拼图是想象模型(predicted)开口可以从朝里变成朝外,而在文章里说成是“我们提出人体葡萄糖载体的工作模型”了,凭什么呢?凭的是“published biochemical data”,可她从来没搞出过人体葡萄糖载体或细菌木糖载体开口从朝里变成朝外的“生化数据”证明。那就是来自他人发表过的论文了。而又不给出参考文献!

白纸黑字,这如何辩护?
山丘-2019-08-04 09:53:25回复悄悄话回复 ‘ans’ 的评论 : 一个是二十多年前就在顶端一流杂志以第一作者发表论文的前靠在讨论自己论文的专业 一个是三个月前还不知道啥是膜转运蛋白的连自然杂志都没有access 的“大拿” 谁专业谁不专业?你拿你写的文章来讨论 你肯定比谁都最专业的有发言权!
润涛阎2019-08-04 09:44:37回复悄悄话帮颜宁洗地的路,都被颜宁的论文给堵死了。我下面的五条讲得清清楚楚。
就好比那个例子:医生偷了古董,在法庭上辩护律师滔滔不绝什么医生救死扶伤,捐款巨大云云,人家一句:别扯别的!

就把证明葡萄糖载体开口从朝里变成朝外的试验是哪里发表的说出来!或者把证明嫁接人体葡萄糖载体的细菌木糖载体从开口朝里变成开口朝外的试验证据拿出来!published biochemical data是从哪里来的交代清楚给出参考文献。其它的狡辩,毫无意义。
山丘-2019-08-04 09:43:02回复悄悄话搞科学的人最恨剽窃 剽窃的人最恨别人反剽窃
真理越辨越真 科学求真乐趣也存在于求的过程 没有剽窃就没什么好怕的 对于在同一领域前靠的质疑科学理性的回应是一个科学家的基本素养
润涛阎2019-08-04 09:39:31回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

自然杂志有明文规定,你公然违背规定骗自然杂志,是科学家能干得出来的?还好意思打着探索科学的幌子?

ans2019-08-04 09:35:08回复悄悄话试图从专业知识上说服闫与闫粉的各位可以歇歇了。还没看出来吗,老闫的专业水平之低下令人发指,根本没受过正规的科研训练。被学术界淘汰的一个渣子,连现在别人做的工作和专业上的进展已经是看不懂了。当然了,出于立此存照的目的,我可以理解继续在这里教育老闫的意义。
至于闫粉,擅长的就是wxc的胡说八道颠倒黑白偷换概念人身攻击。跟她们讲科研呵呵。
作为吃瓜群众,为什么不让他她们去出丑显眼呢,看热闹多好玩啊
SwiperTheFox2019-08-04 09:30:06回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

看文献看不出来为什么要用你的成果。

借用凡人的话回答为什么参与这件事

(三)“为何会有很多人披马甲在网上帮颜宁洗地?” 大阎说的这点完全是抹黑所有因为实事求是而和自己意见不同的参与讨论的博友,搞科学的人最恨的就是剽窃和无端地指控人家剽窃。小颜被无端指控剽窃是我和很多博友替小颜辩护的原因,我想作为长辈的大阎是应该能理解这一点的。这不是洗地,是大家看不惯大阎无端地指控一位比自己有成就的科学家。

 

SwiperTheFox2019-08-04 09:30:05回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

看文献看不出来为什么要用你的成果。

借用凡人的话回答为什么参与这件事

(三)“为何会有很多人披马甲在网上帮颜宁洗地?” 大阎说的这点完全是抹黑所有因为实事求是而和自己意见不同的参与讨论的博友,搞科学的人最恨的就是剽窃和无端地指控人家剽窃。小颜被无端指控剽窃是我和很多博友替小颜辩护的原因,我想作为长辈的大阎是应该能理解这一点的。这不是洗地,是大家看不惯大阎无端地指控一位比自己有成就的科学家。

 

润涛阎2019-08-04 09:24:11回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

你的智商堪忧啊。人家在套你,你的“回答第二个问题:用不到老阎的工作。”表明你想说的是连当初颜宁团队怎么干的你都清楚。你凭什么判断她的团队只看某论文而没看另外的论文?你是怎么知道的?人家团队工作内情你都清楚。我可没反驳你的观点。从心理学角度,你的言论已经验证了人家的猜测:你是颜宁团队而且应该是2014年论文的作者之一。当然,这与我无关。我只是告诉你心理学常识。
ft2019-08-04 09:17:33回复悄悄话回复Swiperthefox 的评论,科学本是就是实事求是。你连在nature这样探索科学的杂志上都敢公然违规用假名不诚实,你到底隐瞒了什么?
wibblypig02019-08-04 09:14:28回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 : 我在老阎另一片博文里说了,很容易理解为毛这个SwiperTheFox花费巨量(不是大量)时间(从发的评论数和时间点分布看他/她比老阎花在这事上的时间还多),他是小颜论文的 “利益攸关者” 阿,比“利益相关者” 理应更关注此事啊,所以其人的行为是可以理解的
润涛阎2019-08-04 09:13:17回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

那你为颜宁辩护为何不用真名实姓?莫非你不认为帮她辩护是伟大的光荣的值得骄傲的事儿?
SwiperTheFox2019-08-04 09:10:41回复悄悄话回复 ‘嘎德’ 的评论 :

不回答一句不礼貌。

感谢你的肯定。
昨天不是说我英文是给老中看的吗? :)

钱钟书说, 看见母鸡下的蛋, 不用去看下蛋的母鸡。

论文论科学, 重点看看事实推理吧,

SwiperTheFox2019-08-04 09:05:55回复悄悄话老阎: 不管是否科学界, 自己看不懂文章是怎么推理的, 第一反应是:我有哪点没看懂。 问问题时先说一句:“I don’t understand”, 而不是“你图5怎么来的, 是不是抄我的?”。 常理吧, 对不?
润涛阎2019-08-04 09:04:12回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

探索真理包括论文真相是伟大的事业、光荣的事业,你为何不用真名?在西方科学界,你能找到用假名谈论科学、交流科学知识的吗?你为何把探索真理当成特务间谍一样不敢用真名的黑暗勾当?你到底怕什么呢?人家怀疑你是颜宁团队的,可你说不是。那你就用真名实姓探索科学多好呢?人家猜测你是她论文的作者之一,你说不是他们就信了?你把真名实姓讲出来不就没有这样的猜测了吗?
SwiperTheFox2019-08-04 09:00:23回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

回答第二个问题:用不到老阎的工作。
她2014结晶时引的文献32就很说明问题。
SwiperTheFox2019-08-04 08:58:32回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

不是。
Wtp0032019-08-04 08:21:21回复悄悄话回复 ‘嘎德’ 的评论 :
”回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

Fox狐狸老兄你是 Chao Xu 还是 Mingxu Hu? 这俩位都是小颜文章的联名作者,名字中带有Hu(狐狸Fox),或超Chao(Swiper/super)。

狐狸也有可能是Sorgen PL文章的联名作者Hu Y, 都是瞎猜的,还是狐狸老兄你自己说吧!”

这也算是闫颜之争继Nature涉入(不是support那一方,免的缺逻辑思维的乱想)后又一新热点,期待honest 回应。受此启发问问狐狸老兄小颖工作组设计结晶实验时是不是应用了老闫的实验数据和结果?

答案很简单是或者不是,再不就是不知道。
特此TIA
山丘-2019-08-04 08:20:15回复悄悄话狐狸应该不是在生命科学领域里工作的 因为他最早在中坛为这事上窜下跳时说他看不了小颜在自然杂志的文章 为此他自掏腰包花钱买了自然杂志的access 试问谁在这行的单位会没有自然杂志的open access 呢?当然了 对于一个没有诚信的人 也不知哪一句真哪一句假 也可能是撒谎了
润涛阎2019-08-04 08:13:43回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

好建议。帮她洗地的,如果不是她的团队人员,会在未来后悔的。事实胜于雄辩。颜宁的论文把所有帮她洗地的路都堵死了。
润涛阎2019-08-04 08:11:57回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :

你承认她的论文剽窃了,剩下的是剽窃谁的。不论剽窃谁的,都是剽窃。

她的published biochemical data,从Glut1来说,只能是华大教授的论文,可她没给出参考文献。如果是华大教授的半胱氨酸扫描生化数据,那就是Yan/Maloney的方法啊。如果颜宁“引用”(引用是应该给出参考文献才算,否则就是知识产权剽窃)的不是华大教授的生化数据,那是不是半胱氨酸扫描方法得到的?如果不是,是什么新方法?这是我们需要问她的。

关键是你承认了她论文剽窃了的事实,然后再说是谁发表过的。她没给出任何线索。
Wtp0032019-08-04 08:09:27回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :
”帮她洗地的,必须承认基本事实,否则还谈什么?

基本事实是: 1, ,2, ….5.

这应该单发一文,简单明了。
嘎德2019-08-04 08:08:39回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

这位狐狸同学,大丈夫(也可能是大美女)敢作敢当,别不好意思说出真名了,我挺好奇的。

狐狸老兄(美女)你英文很棒,专业有攻,值得大家学习,说个真名也可以方便大家相互交流学习对吧。
JessAB2019-08-04 08:04:16回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

你现在还继续坚持指控Nieng”剽窃”你的吗?
润涛阎2019-08-04 07:59:14回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :

所有的构象都不能证明不论是人体葡萄糖载体Glut1还是细菌木糖载体xylE开口从朝里转向朝外。所以,她才拼图predicted想象图。她那些构象其实在她2014图5里都表明了出来。她没找到开口从朝里转向朝外的证据,不论是Glut1 还是xylE.她文章里也都承认了。这也有疑问???
嘎德2019-08-04 07:54:02回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

狐狸自称“二十多年前本科时学的了”,应该是40多岁,老阎你查一下Chao Xu,Mingxu Hu,Hu Y 这几位的年龄就猜个八九不理十了。

或者私下问问“挺颜的凡人,老泉,杨别青,脖子粗,Sensei”, 他们都是生化背景的,应该有人认识狐狸。
JessAB2019-08-04 07:41:45回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

要不然说你没有完全看懂. 根据AAM, 需要4个构像来完成a transport cycle. 在2012 她有一个构像(文献28), 在2013 年有另一构像(文献29), 在2014年这篇文章她得到了又一个构像, 还有一个有待captured.
润涛阎2019-08-04 07:32:13回复悄悄话回复 ‘嘎德’ 的评论 :

他不敢用真名,应该在颜宁团队里找。
Nekono_882019-08-04 07:30:15回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 狐狸口口声声要你去读颜三篇,可其到目前为止只读了你1993的摘要。其它的所以论据都是来自其的“哥的不好”猜想。不过这些猜想,有无诚信就难说了。
润涛阎2019-08-04 07:28:14回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :

用图表示工作模型,那不就是工作模型图???

如果她在2012年就证明了人体葡萄糖载体从朝里转向朝外的变形,那她为何没在2012年的论文里提出工作模型?为何到2014年还在拼图?

这是她的高级黑啊。

当然要抓住重点不放松。她把图5的拼图想象图开口从朝里到朝外的转换是“predicted”,变成文章里的“提出工作模型”就是靠的published biochemical data。她没做过证明葡萄糖载体从朝里变成朝外的证明试验。
嘎德2019-08-04 07:27:04回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

Fox狐狸老兄你是 Chao Xu 还是 Mingxu Hu? 这俩位都是小颜文章的联名作者,名字中带有Hu(狐狸Fox),或超Chao(Swiper/super)。

狐狸也有可能是Sorgen PL文章的联名作者Hu Y, 都是瞎猜的,还是狐狸老兄你自己说吧!
Nekono_882019-08-04 07:20:25回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 看出来了,原来你不用真名去自然杂志发言,是有难言的苦衷。很大可能被戳穿把戏,我深表同情,你继续。但是看客的同情和谅解,不代表自然杂志的规则可以无视。
JessAB2019-08-04 07:18:34回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

你犯了一个明显不严谨的错误: 在图5 ,Nieng没有像你错误的说她”提出人体葡萄糖工作模型图”, 而是一个GLUT1 的工作模型.

你还是没有完全理解图5里的解释. 请你仔仔细细去读Nieng2014和2012的Nature 的文章.

若是还纠结在”published biochemical data”的人有想看Nieng在2012年Nature 文章的图, 我可以贴到我博客上, 否则就算了, 不再说了.
润涛阎2019-08-04 07:07:59回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

而且你根本看不懂我的文章。根本就不是“跟细胞内接触”的事。那是分子探针与半胱氨酸扫描,用“跟细胞内接触”说事表明是搞结构的,对分子生物学知识一窍不通。否则不会有这样的笑话。
润涛阎2019-08-04 06:53:24回复悄悄话看看老卡的文章:

An approach to membrane protein structure without crystals.

Sorgen PL, Hu Y, Guan L, Kaback HR, Girvin ME. PNAS 99: 14037-40
润涛阎2019-08-04 06:45:28回复悄悄话你这在胡言乱语了。看这段:“比如跨膜区7被其他的跨膜区所掩盖(保护起来)。 比如如果是Channel, 7与10的在外膜形成gate, 关上时,两个盖缠在一起,互相保护起来,也可以起到不接触细胞内物质的作用。”

地球人有谁找到过如此的Channel?在哪里发表过的?给出链接!
SwiperTheFox2019-08-04 06:42:43回复悄悄话补充一句:

只是说在跨膜第7区可以看成三个区域, 一个只跟细胞外有接触, 一个只跟细胞内有接触,一个两面都可以接触。

所以说是 Topological Model
Nekono_882019-08-04 06:42:16回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 再问一句,让你心惊肉跳的问题,你有诚信吗?敢不敢回答?Yes or No, 简单吧。
润涛阎2019-08-04 06:41:52回复悄悄话帮她洗地的,必须承认基本事实,否则还谈什么?

基本事实是:

1. 颜宁在演讲时把人体葡萄糖载体的结构图与细菌木糖载体的结构图放在了一个细胞膜上。那这细胞膜是细菌的还是人体的?这如何能发生?

2. 所有的听众都以为那是人体葡萄糖载体的图。而不知道开口朝上的是细菌木糖载体的图,开口朝下的才是人体葡萄糖载体的图,听众不知道那是拼图。

3. 论文图5的下面介绍是(想象图)predicted人体葡萄糖载体开口从朝里变成朝外的结构,不是真正得到的结构。

4. 即使嫁接拼图“合理”,可事实上她没有找到人体葡萄糖载体从朝内转向朝外的证据,木糖载体开口从朝里转向朝外的证据也没有。这是她文章里承认的。所以,无法借助木糖结构图间接证明葡萄糖载体开口从朝里转向朝外,因为木糖的此转变证据也没有找到。

5. 在她论文里从图5下面的假设图就变成了“提出人体葡萄糖工作模型图”,靠的是“published biochemical data”,而她没给出参考文献。她自己从没做过证明葡萄糖载体从朝里转向朝外的生化试验,否则她就不需要开电脑拼图predicted的想象图了。
山丘-2019-08-04 06:40:03回复悄悄话回复 ‘ft’ 的评论 : Nature comment那里那么明确的规定一定要用真名是很有必要的 要保持科学圣地的严肃和诚信 就象法庭上作证人要宣誓一样 在文明国家没有诚信的人就不配得到别人的信任 无视nature 的规定 用假名去那丢人现眼的 本质上就是不尊守规矩 为了目的不择手段 就如同他为了他的立场 东拉西扯移花接木狡辩同出一辙 他所引的所谓证据全是胡搅蛮缠歪理神逻辑 跟这样的人讨论学术没有实际意义 看大家跟狐狸讲理我看着都累 整个一个鸡同鸭讲永远讲不清
SwiperTheFox2019-08-04 06:32:24回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

你既然说错了,造成自己的反复讲,能怪别人吗?

你 仍 然 是 没 看 完 看 懂 文 章。

1。XylE是Glut1 homologue. UhpT不是。

2. 通过XylE的homology modeling 可以推测Glut1 的构象,是Glut1朝外的Proxy.

3。文章的结果与图表里标识得清清楚楚: Glut1 碱基在哪个位置,跟谁形成氢键。 XylE Glut1 碱基在哪个位置,跟谁形成氢键. 两个蛋白同一个位置, 哪些碱基一样, 哪些碱基不一样。 虽然用XylE并不完美, 但是有什么没有什么都清清楚楚写在文章里。 审稿人看的明明白白。  如果你不满意的话,去找老卡问吧。

4。 从里到外的构象变化理论在引文 颜2010和 Iancu2013里都有。 没引的还有很多,

见:
转运蛋白模型一日游 (一)转运蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html

5. 说实话,Cystine scanning只是“符合”AAM. 只是说在跨膜第7区可以看成三个区域, 一个只跟细胞外有接触, 一个只跟细胞内有接触,一个两面都可以接触。

**实际上也没给出从内到外的变化。 **

并没有排出其他可能性。 比如

1。如果一个(即使不是转运蛋白的)膜蛋白也可以有这样三个区。
2。比如跨膜区7被其他的跨膜区所掩盖(保护起来)。 比如如果是Channel, 7与10的在外膜形成gate, 关上时,两个盖缠在一起,互相保护起来,也可以起到不接触细胞内物质的作用。

再对学数理的重复这句话: 生命科学实验需要 Preponderance 的证据。 阎润涛提供的证据[在当时]很重要, 但并不是一次性证明了AAM.

============================================================================
上面我说错了,我想说的是:既没有人体葡萄糖载体开口朝里转向开口朝外的证据,也没有木糖载体从开口朝里转向开口朝外的证据。

….这么简单的逻辑,还得反复讲。
润涛阎2019-08-04 06:24:26回复悄悄话别说人体葡萄糖载体与细菌木糖载体不是一个东西,木糖载体需要木糖与质子氢一起进入才能转运木糖。就算葡萄糖载体与木糖载体比亲哥俩都亲,他们也不是一个分子,干的也不是同一个活。这还不是最重要的,最重要的是:

不仅没有人体葡萄糖载体开口朝里变成开口朝外的证据,也没有木糖载体从开口朝里变成开口朝外的证据。即使把两个载体嫁接,也照样做不到开口朝里变成朝外的科学证据。唯一的证据来源是published biochemical data,是人家发表的,而不给出参考文献。白纸黑字,铁的事实。无法靠狡辩就能改变事实的。

那些废话毫无意义。别谈医生如何救死扶伤,如果捐款,就谈他把古董店的古董装入自己的提包不交钱就拿走的事,废话少说。
润涛阎2019-08-04 06:15:27回复悄悄话另外,狐狸昨天讲:如果把图5的人体葡萄糖载体与细菌木糖载体嫁接拼图是马身与驴头的嫁接,那uhpt 就是狗。

这句话我承认啊。我研究的狗,那可是从狗身子到狗头都是自然的一条狗,不是跟猫的嫁接。这比驴唇对马嘴强太多了,否则,图5就没必要说成是predicted了。

谢谢你提供这个比喻。太好了。
润涛阎2019-08-04 06:12:24回复悄悄话她的2014年的论文图5是电脑拼图。这个拼图不论多么合理,照样需要“published biochemical data”以证明葡萄糖载体朝里变成朝外的确发生。

细菌木糖载体从开口朝里到开口朝外的证据也没有啊。这是论文里承认的。我给出了论文的原话。两个载体即使拼图在一起,照样无法得知开口从朝里转向朝外的确发生。文章了没有证据,唯一给出的解释是predicted想象图,加上“发表了的生化数据”提出开口从朝里到朝外变形的工作模型。但她不给出在哪里发表的生化数据。

所有的辩护都无法回答我这两个关键疑问:

1. 拼图再合理,不论人体葡萄糖载体还是细菌木糖载体,都没有开口从朝里到朝外的变形证据。
2. 唯一的证据在“发表过的生化数据”里,可她不给出。
润涛阎2019-08-04 06:02:59回复悄悄话上面我说错了,我想说的是:既没有人体葡萄糖载体开口朝里转向开口朝外的证据,也没有木糖载体从开口朝里转向开口朝外的证据。

你们下面给的所谓的生化数据就是指把人体葡萄糖载体与细菌木糖载体拼图在一起的合理性。这不重要,重要的是:用什么方法证明了人体葡萄糖载体开口从朝里到朝外变形的?这是根本,是她论文里提到的“published biochemical data”的核心内容。她应该引用华盛顿大学教授的论文,可她清楚,那也是Yan/Maloney的方法。

如果她早就知道了人体葡萄糖载体从开口朝里转向开口朝外的生化证据,那她还用拼图predicted 的图5做什么?这么简单的逻辑,还得反复讲。
ft2019-08-04 05:58:54回复悄悄话Swiperthefox, 在西方社会,如果没有诚信和撒谎,就立即从公众视野中消失,这是一个知耻的社会。你懂吗。
ft2019-08-04 05:55:20回复悄悄话Swiperthefox, 网友指出你在nature上用假名贴评论,明确违法nature的规定。
你在把假名换上真名之前,你在这里的评论已经没有任何可信度了。nature是一个正规的科学杂志,你连真名都不敢贴,这是瞪着眼睛说瞎话撒谎,你懂吗。你难道有什么见不得人的相关利益冲突吗。如果有,先公示出来,然后再挺颜。作为一个从业人员,如果连这都不懂,你是没有资格挺颜的。
你如果还知撒谎是属于无耻范畴的,就先在nature上先换上真名,然后再继续你在wxc上的侃侃而言。
Nekono_882019-08-04 05:46:00回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 若是在法庭上,一方表现的毫不诚信,这案子如何了结,在美国的各位看官,应该是心知肚明吧。请继续。
SwiperTheFox2019-08-04 05:35:09回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

这事早就回答过了, 二十多年前本科时学的了。 告诉你:挺颜的凡人,老泉,杨别青,脖子粗,Sensei 都是生化背景的。

挺阎的CNG不知道是不是生化背景的。 其他人不知道了。

不过从讨论方式一般看的出来。
Wtp0032019-08-04 05:35:03回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :
有关膜蛋白不方便回答没关系,可否回答下要做小结上来就说
,”很可能阎没有”怎么怎么地有些不妥?之所以犯这种低级错误就因为先预设立场之故
Wtp0032019-08-04 05:30:39回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
若方便回答下这事之前听说过膜蛋白吗?不方便也没关系
Wtp0032019-08-04 05:28:41回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :
何必不断变化说法呢,回去读读自己的文章要不(不断章取义)贴在这,比较下你刚刚贴的小结怎么说法差别那么大呢?
有句俗语怎么说来的?
一计不成又生一计
Nekono_882019-08-04 05:28:01回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 : 你还忘记了一条很重要的总结,狐狸公然无视自然杂志要求真名实姓发表Comment规则,毫无诚信的用假名去撕扯真名实姓的大阎。这可是挂在网上,抹不去的记录。
SwiperTheFox2019-08-04 05:25:59回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

1。对于机理的认识是要引到正文的(上限50篇)。 难道要把老阎的Cystine Scanning引到方法论里? 但是小颜用的是晶体和其他生化实验啊。

2。在老阎前面还排着至少Mueckler等人的12篇更相关的。 老阎排不上号。

阎润涛没看懂paper, 昨晚问的都是看懂paper自己就能解答的问题。 让老阎自己静下心来好好读懂颜的文章再说,不管科学事实是怎样的, 无条件支持老阎的阎粉就别在这里添乱了。

Wtp0032019-08-04 05:23:47回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
您对其它几点挺颜方错错错的小结有不同看法吗?
JessAB2019-08-04 05:20:35回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

在我的博文和评论正是举几个例子要说明用不同结构的化后物作相似的机理, 根本不存在”剽窃”一说, 所以case closed.

你的回复理由1a不恰恰证明我的”不是剽窃”的说法吗?
Wtp0032019-08-04 05:18:31回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
不好意思您的老毛病又犯了,什么毛病?缺乏逻辑思维的毛病。您对我学雷锋帮你理解内在逻辑关系的贴子没回应,可以理解为默认?
这次因为你说的是我,就不学雷锋说说你理解不了的我论点的逻辑关系。
是的
”原文规定最多引50篇。 具体方法可以再引”
But so what? 对具体争论的为什么小颜没引用老闫的文章有一毛钱关系吗?exactly 小颜的文章就引用了超过60了。
您老还是静下心来平常玩玩脑子急转弯的游戏可能有帮助。
Wtp0032019-08-04 05:08:49回复悄悄话挺颜在这事之前都没听过”膜蛋白”(有不同意的吗?),所有的论点全不在点了上,要不逻辑混乱,要不错的离谱(如上面几条),要不就是自说自话鸡同鸭讲,要不就是挑英文的刺…
怎么这些都发生在挺颜的呢
SwiperTheFox2019-08-04 05:07:03回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :  https://www.nature.com/nature/for-authors/formatting-guide

又jump the gun. Nature 引文规定:

Articles
Articles are original reports whose conclusions represent a substantial advance in understanding of an important problem and have immediate, far-reaching implications. They do not normally exceed 5 pages of Nature and, as a guideline, allow up to 50 references. (One page of undiluted text is about 1,300 words.)

原文规定最多引50篇。 具体方法可以再引。

If further references are included in this section, the numbering should continue from the end of the last reference number in the rest of the paper and the list should accompany the additional Methods at the end of the paper.

重申:阎润涛与阎粉说花前请先做了自己的功课再来
Wtp0032019-08-04 04:58:18回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :
竟然做小结总要拿出些实打实的事说说也好让人信服,像这一开头”很可能阎没有下载Nieng2012和2014Naure 的文章”.很可能好像就是猜的意思吧?我试试用挺颜的也举手同意事实小结下怎么样?
1。第一个您常挂嘴边这次小结忘提的”二个蛋白不同,case closed”
错!
理由;a/用不同材料研究同一课题再常见不过. b/老闫指出小闫的关键点其实就是二个不同材料的混合物。 c/若就是这么直接了通怎么可能小颜Nature不一句话就打发了老闫?

2. 小颜不引用老闫文章因为有规定不能超过50篇
错!
理由;大家正看这篇巳引用超过60。

3。碰瓷
错!
理由;Nature会在与老闫交流过基础上让他在nature上碰瓷吗?其实估计这词几乎可以反过来给挺颜的用了。

4。小颜在号称其世界第一首创的成果在nature网站被质疑”copy”不回应,因为没时间。
错!
理由;有正确思维的人需要吗?

5,..
Stegy2232019-08-04 04:57:27回复悄悄话与此点相关想说的话在这豆腐干大的地方写不下。欢迎批评指正拙文
“三脚猫看阎颜之争 – 简评颜宁2014工作模型”
http://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201908/2507.html
樱叶2019-08-04 04:48:23回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :
你的可信度多高呢?
JessAB2019-08-04 04:11:24回复悄悄话对这一段时间对阎和顔的事的跟踪, 做个小结:

1. 很可能阎没有下载Nieng2012和2014Naure 的文章, 他没有完全仔细读懂她文章的内容(大概阎的英语能力有限).

2. 阎润涛没有做科研的应有态度应该通过自己首先去完全理解Nieng的文章,拿取第一手资料,反而是通过道听他人说,再段取他意, 再加上他基本没有独自亲笔和经过写能在科学杂志发表文章过程的亲身经历, 导致他非常门外汉和添油加醋去指责Nieng没有引用他20多年前的文章.

3. 即然一开始连指责Nieng不引用他的文章都不成立, 哪来Nieng的剽窃一说??

4. 但是阎非常自负, 人品低下, 转用纠结什么”published biological data”从哪来, 在他博文直接指控Nieng”剽窃”.

5. 因为阎的英语能力有限, 他没能很好理解(或者根本没有读完)Nieng的整篇文章, 他不能理解Nieng在图5里说什么, 居然说什么’不同的图拼凑出来’. 图5是Nieng用现有的资料proposed 一个GLUT1的工作模型. 图5显示了可预料的四种构像,根据AAM它们是一个完整的transport cycle所需要的. 其中的俩种构像来源于已经发表的文章(文献28,29).

6. 阎没有好好去读和理解Nieng的文章就和他的那些”unconditional support”的人在WXC一起抹黑和毁謗颜宁,这是非常可耻的行为.

7. 以后凡是阎写有关科学和需要事实依据的文章, 他已经没有什么可信度了.
SwiperTheFox2019-08-04 03:51:53回复悄悄话从昨晚到现在,我给阎润涛解释了:

1。XylE与Glut1的相似性与可比性, 特别是相对于阎润涛的蛋白UhpT。
2。为什么Glut1是朝里的构象。
3。为什么XylE是朝外的构象。

解释这些是要花不少时间的。 然而这些问题都是一个有生化背景的科学家仔细读文章应该自己可以解答的问题。

**颜宁来也不是几分钟一句两句就能给阎润涛解释清楚的。**

阎润涛:请你先把颜宁的三篇文章读透了,做了你自己的该做的功课再质疑。 在此之前最好是先把你对颜宁的各种指控撤了。 谢谢。
SwiperTheFox2019-08-04 02:57:25回复悄悄话得给吃瓜的解释清楚:这个 拓 扑 性 质 不是阎润涛发现的。  是在阎润涛之前就有了。 属于膜蛋白基本知识。

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N断 C端都是面向细胞内的,根据这一 [拓 扑 性 质]
SwiperTheFox2019-08-04 02:48:40回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

N断 C端都是面向细胞内的,根据这一 [拓 扑 性 质] 所以拿到了晶体结构就知道了是朝里还是朝外的。 如果还不明白的话,我在这里画了个图:

给阎润涛解释为什么XylE是朝外的:http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/2951.html

并同时解释了为什么颜2014要根据文献做个朝里的。 与拿到手的XylE互补的构象。

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再说了,你就算把glut1看出是马,XlyE是斑马,你有过证据证明XlyE开口朝里朝外变形的生化数据吗?glut1没有,XlyE 也没有啊。两个都没有,那你们把两个拼图放在一起就行了?
润涛阎2019-08-03 23:44:32回复悄悄话再说了,你就算把glut1看出是马,XlyE是斑马,你有过证据证明XlyE开口朝里朝外变形的生化数据吗?glut1没有,XlyE 也没有啊。两个都没有,那你们把两个拼图放在一起就行了?

在论文里,明明讲的是:the conformational switch from inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated.

翻译成中文:没证据证明细菌木糖载体朝内朝外的变形。

这是2014年的论文里讲的。就是说:既没有人体葡萄糖载体Glut1朝外的证据,也没有细菌木糖载体朝内的证据。两方面都没有。如果有一个有证据,那把两个图拼在一起的科学性就高很多。可事实上,二者都没有。到2014年发论文的时候,还没有任何生化证据证明人体葡萄糖载体Glut1细菌木糖载体xylE朝内朝外的变形。

你找出来试试看???
润涛阎2019-08-03 23:32:38回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

你这是讲生化数据吗?

老卡的生化数据是靠半胱氨酸扫描和链接得出来的LacY。那么多文章你不去读。

生化试验证明,bond与是否被转移是两码事。pCMBS 也可以结合Glut1,uhpT,但它背转移的Km是葡萄糖的1000倍。所以,它就不算被转移的底物。葡萄糖能结合xylE,XlyE 就跟葡萄糖载体是一个载体了?

老卡就是用半胱氨酸扫描证明了一个载体的工作模型,就是LacY,他什么时候用生化方法证明了Glut1的开口转向了???

如果XylE 跟Glut1是同一个东西,那为何她结晶的Glut1 开口是朝内的,而XlyE 开口是朝外的??

你就提供谁和哪篇生化数据的论文证明了Glut1 的开口朝外朝里变形的,就这。说别的都不是关键。就说怎么证明Glut1开口朝内朝外变形了的。
ans2019-08-03 21:00:49回复悄悄话回复 ‘老泉’ 的评论 : 我理解以老闫的科研水平已经看不懂这些工作的意义。
老泉2019-08-03 20:48:37回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : AAM模型理论研究进展在那里(1966-2013结果),图五就是按理论画的。为了2014working model, 就需要更多于2013内容。向内开口构象已经被拍到,无争论,向外开构象,待定,但是小颜在2014文中讨论部分从结构方面作了很好的说明。至于两个occluded 结构则需要借助XyLE, 那也是现成的(文献28,29),也是小颜的,有结晶及生化数据。因此她在2014文中说了our biochemical data。2014拿到GluT1的结构,此时提出working model机理,顺理成章。与老阎老板无关,66-92,92-2013之间AAM模型早在那,与老阎九三年模式(非常简单的示意图,比九二年相关文章少二个中间状态)无关。
SwiperTheFox2019-08-03 20:17:31回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

还是读Paper! Intro里有讲。

Notably, the structures of XylE bound to D-xylose or D-glucose enabled
homology-based modelling of GLUT1 (ref. 28)
SwiperTheFox2019-08-03 20:15:01回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

用图5legend里的话:
ligand-free,occluded one are predicted from two XylE structures in the outward facing, partly occluded and ligand bound state,…..

2014颜宁与老卡合作了一篇文章 (Madej 2014 文献45), 具体讲了怎么predict:

Homology Modeling. To draw functional conclusions with respect to the GLUTs, homology models of GLUT1, -5, and GlcPSe were generated based on the crystallographic coordinates of XylE

你要是觉得用XylE做Porxy有问题的话,去问老卡吧。
Nekono_882019-08-03 19:42:28回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 : 看到这只狐狸走火入魔的样子,我就在想在这桩公案之前,是不是其就在大阎这里,以前就曾经丢过很大的脸。否则就无法解释了。你可能不知道狐狸用假名去自然杂志发了Comment,公然无视杂志要求以真名实姓发言的规则。一点诚信都没有的人,你认为会真的为科学问题认真讨论吗?明摆着就是要无理搅三分来的。
山丘-2019-08-03 19:24:44回复悄悄话回复 ‘Nekono_88’ 的评论 : 就是的 本来人家博主没想怎样 人家一位老前辈 都已远离了学术界了 不为名不为利的 我想本来阎老是英雄惜英雄 不打算质疑小颜的 因为开始在第一篇科普里对小颜是盛赞有加的 要是小颜能解释一下 没有这帮添乱的高级黑 博主早就放下了
润涛阎2019-08-03 19:23:46回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

朝里的晶体我没说没有啊。我是说Glut1朝外的晶体她没有。你在说什么呢?
润涛阎2019-08-03 19:21:33回复悄悄话她在电视上讲的就是人体葡萄糖载体的工作模型图,没说那图是细菌木糖载体与人体葡萄糖载体的拼图。听者根本就不知道那个朝外的是木糖载体,朝里的是葡萄糖载体。她从来没找到过开口朝外的葡萄糖载体,就拿细菌的木糖载体朝外的图嫁接。这就是移花接木的玩法。
润涛阎2019-08-03 19:16:50回复悄悄话她在电视里专门讲的就是开口朝里朝外的重大发现,根本就不提木糖载体。在教科书引用她的论文,只提图5开口朝里朝外转换把葡萄糖带入细胞。其它什么都属于打酱油的,是掩人耳目的。她真正推销的就是葡萄糖载体的工作模型,其它的都是玩弄障眼法。她在电视上介绍的就是工作模型,介绍给教科书作者的也是只有工作模型图。事实胜于雄辩。
润涛阎2019-08-03 19:12:02回复悄悄话颜宁论文的结论用的仍然是开口朝上的木糖载体与开口朝下的人体葡萄糖载体的拼图想象图,根本就没有另外一个单独的人体葡萄糖载体的工作模型图。图5的下面讲的是predicted 开口转向。在文章里,她才用根据她的结构图与发表过的生化数据提出人体葡萄糖载体的工作模型(用的又是图5)。这样,看图,是假设的predicted的转向电脑合成图,而在文章里就提出是葡萄糖载体的工作模型了。这是偷梁换柱。把电脑合成的想象图变成了论文里边的“提出来的工作模型”而非“假设”的了,把发表过的生化数据不给出出处就暗示是她搞出来的了。她在玩弄三十六计的招数。
SwiperTheFox2019-08-03 19:07:53回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

朝里朝外早知道了,这在当时都是常识了。 但是知道朝里朝外就完了吗?

1。 知道哪个跨膜区跟哪个跨膜区相互作用吗?
2。 Default的状态是朝里还是朝外?
3。 有没有Extracellular gate? 如何实现?
4. Intraceullular gate 是怎么发现的。
5. uniporter 与symporter的分子水平的结构变化机理到底是怎样的?Proton Coupling到底怎么触发构象变化的?

你还是没看懂文章。

告诉你去看Introduction 有文献32这句话前后写了三遍。
山丘-2019-08-03 19:06:58回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 大家都早看出来了 狐狸是怎么回事 虽然善狡辨 但是尾巴都露出来多少回了 就那么几个三脚功夫 小学生水平装大拿 到处东扯西扯copy一堆文献跟你绕 呵呵 谁都没他时间多!
润涛阎2019-08-03 19:00:50回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

你是她论文的高级黑!她如果早就知道了Glut1从朝里转向到朝外的证据,她还用电脑拼图干什么呢?那些都是根据载体的动态模型提出的假设。生化论文证明转向是华大的教授干的。可她并没引用。华大教授搞了很多半胱氨酸扫描,但没完成系统的转换模型,因为他对此不敢兴趣。他感兴趣的是局部的构造。这才是颜宁提出Glut1 工作模型的原因。如果早就有了,她搞这论文干什么?她的图5被教科书引用,说的就是Glut1朝里朝外转向是颜宁搞出来的。其实,她没搞出来,只是示意图,就是把细菌木糖载体的朝外的结构跟朝里的Glut1拼图.论文里提到发表过的生化数据,可她没说来源。
Nekono_882019-08-03 18:58:35回复悄悄话回复 ‘山丘-‘ 的评论 : 这就是高级黑,粪不顾身,弄巧成拙。
SwiperTheFox2019-08-03 18:55:13回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

读Paper! 读Paper! 读Paper! 看来说了三遍是没用的。

教你这个学生真费劲, 告诉你读哪篇还不行,还得帮你贴过来。

颜宁引文32。1997年的 告诉你Glut 有朝里朝外的变化。 根据这个做了朝里的晶体。

Role of Conserved Arginine and Glutamate Residues on the Cytosolic Surface of Glucose Transporters for Transporter Function
Annette SchürmannHolger DoegeHartmut OhnimusVolker MonserAndreas BuchsHans-Georg Joost

It is concluded that the conserved arginine and glutamate residues at the cytoplasmic surface of the glucose transporter GLUT4 are essential for its appropriate conformation, and that it is the interaction of charged residues which mediates the oscillation between outward and inward facing states.
山丘-2019-08-03 18:53:37回复悄悄话哪来的狐狸这么没有礼貌?看他这么一天24小时七天不停的在这上窜下跳 大家有没有觉得奇怪 这世上竟有这样的人对一件事如此上心 不用上班不用生活了吗?他曾在中坛为这事几天发帖上千条!我看这里旺也有他的贡献哈 这是一种什么样的精神呢?不如大家探讨一下哈 哈哈哈
润涛阎2019-08-03 18:47:31回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

我们在谈论她的论文,开口朝里朝外的变形,是靠两个不同的载体拼图得到的想象图(predicted开口变形)。这与Glut1 跟xylE多么亲近无关,因为她没结晶出开口朝外的Glut1,就拿开口朝外的xylE的图拼在一起。它们不是同一个基因,也不是同一个蛋白,更不干同样的活。一个是需要质子氢,一个不需要。她不知道Glut1是否真的会发生变形,才说出与“发表过的生化数据”加在一起,表明它就真的动起来了。可她没做过证明Glut1真的发生开口转向的生化试验,那她就是用别人的结果成了她提出人体葡萄糖载体的工作模型的。你再怎么狡辩,都改不了她论文白纸黑字的事实。
SwiperTheFox2019-08-03 18:45:01回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

我什么时候说ICH能证明开口朝里朝外。 Biochemical data demonstrated the importance of ICH.

至于朝里朝外:

1。朝里朝外的基础模型在很多文章里有。 颜2010, Iancu2013都有。 这都是2014 引用的,没引用的还有Forrest2011综述

2。这个Glut1朝里的构象是1997年就确定了。 已经告诉你了:去看Introduction 引了 文献32 那句。

读Paper. 读Paper. 读Paper! 不知道说三遍有没有用。
润涛阎2019-08-03 18:39:41回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

ICH就能证明开口朝外了?是你读不懂还是我读不懂?她从来都没结晶出来过开口朝外Glut1的晶体,如何证明它就朝外了?她的哪个生化试验证明了开口转向的?是用的与半胱氨酸不同的方法吗?发表在哪里的?

她的整篇文章就是在说开口朝里的Glut1 和开口朝外的xylE,她在论证这两个载体结构很像,就暗示可以发生开口转向。这是她把两个载体的结构图拼在一起说事的基础,在图5说的是想象图。然后她在文章里她说根据结构图加上发表过的生化数据,提出工作模型。
SwiperTheFox2019-08-03 18:33:54回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :
我终于等到你这句话了:木糖载体是需要跟质子氢一起进入的。 你如果以此否定了与Glut1的可比性的话, 我提醒你: UhpT可是anitporter, 转运同时是要放出反向输出磷酸的。

如果XylE与Glut1没有可比性,UhpT与GLut1也没有可比性啊,你凭什么要说人家剽窃你的呀?

对于XylE与葡萄糖转运的关系,请看:2012 图3a。 这也是个[生 化 实 验]

你自己能不能把文章彻底读懂了再来啊??????????????

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细菌的木糖载体是需要跟质子氢一起进入,而人体葡萄糖载体单独进入载体,不需要质子氢。就好比斑马与马再近,那也得说斑马是斑马,马是马。她什么时候说过她做过Glut1的生化试验证明开口转向发生真的发生了?如果她证明了,那还拿细菌的木糖载体开口朝外跟人体葡萄糖载体开口朝里的两张图拼在一起暗示开口方向可以转向?
SwiperTheFox2019-08-03 18:25:26回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

生化实验证明了ICH的重要性。 2014图5的中的橘黄方块加一点你看不见啊?

至于朝内朝外: Introduction 里引用了文献32那句, 你先读懂了再说。

自己读不懂文章, 贸然说别人剽窃。

润涛阎2019-08-03 18:18:30回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

她的生化试验证明了人体葡萄糖载体从开口朝里变成开口朝外了???

她是怎么做的试验?

细菌的木糖载体是需要跟质子氢一起进入,而人体葡萄糖载体单独进入载体,不需要质子氢。就好比斑马与马再近,那也得说斑马是斑马,马是马。她什么时候说过她做过Glut1的生化试验证明开口转向发生真的发生了?如果她证明了,那还拿细菌的木糖载体开口朝外跟人体葡萄糖载体开口朝里的两张图拼在一起暗示开口方向可以转向?

她的结构图,一个是朝里的Glut1,一个是朝外的xylE,的电脑拼图。在文章里她才说:根据结构(Glut1 朝里,xylE 朝外)加上发表过的生化数据,提出人体葡萄糖载体的工作模型。

她是根据发表过的生化资料才能提出Glut1真的能开口发生转向。在解构图片上,她只能靠拼图。因为她没结晶到开口朝外的Glut1载体蛋白。

到你这里,她发表过证明开口朝里朝外转向的生化数据了?用的是公用的半胱氨酸扫描吗?否则她是怎么证明Glut1的开口发生转向了的?如果她已经证明了,那她还拼图假设它会转向干什么呢?

Wtp0032019-08-03 18:12:31回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :
“你这逻辑思维能力不适合搞研究,更别说辩论了”
人不错,是真心觉得自己对。可惜逻辑思维能力与读文章没关系。估计他现在文章都能背下来,说不定比你都熟。
SwiperTheFox2019-08-03 18:07:29回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

对了,还有一句话没说, 收不了手还有一个原因:你居然拿你过世的老板当枪使, 说什么颜宁等到你老板2012年去世才在2014公布机理图。 颜宁2010年就有类似的机理图。 Iancu 2013年也有类似的机理图。 你是不是也要去找Iancu算账?!

你没有证据的阴谋论, 瞎指控。 你老板在天之灵。。。。真是替他伤心。
Wtp0032019-08-03 18:03:13回复悄悄话回复 ‘Fanreninus’ 的评论 :
”图里说的是predicted,文中说的是propose? ”
怎么感觉你是英专毕业的,一天到晚拿着英文说事,能不能来点与大家说的专业有关的?不过对这之前连膜蛋白都没听说过过的是不是要求太高了?

OK, seriously, 你真的不觉得争论自己完全不????的东西,连别人讨论的实质都没整明白是个挺有意思的事吗?我看的都累.
SwiperTheFox2019-08-03 17:59:30回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

本来想收手了,你还在说人家在剽窃。 自己不仔细看文章或者看不懂,不知道人家做了生化实验,别人告诉你, 你自己捂着耳朵听不见。

至于XylE 与 Glut1 的相似性,自己去2012年的文章里找去。 颜宁在2012选XylE是有目的的。 表示蛋白质结构重合率的根方差自己到2014的文章里找去。 XylE与 Glut1的叠加图在Figure 3b. 两者有什么差别一清二楚。 读Paper还要手把手教。

退一万步, XylE 与 Glut1的差别,审稿人看不出来啊。 审了通过,就是推理是合理的, 你是看不起审稿人智商是吧? 全世界就你牛, 堪比严复。

别人剽窃没有实锤,你碰瓷是有实锤的。本来是不想贴过来的。

http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/2344.html

润涛阎2019-08-03 17:41:10回复悄悄话两张图用电脑拼图在一起,这与是马和驴甚至是马与斑马都没关系的,反正不是马与马,对不?只要她用电脑拼图,就表明她没发表过证明马头与马身子的全景图的生化数据,她才拼图的。这就证明了她利用他人发表过的生化数据作为自己论文的依据,那她就是剽窃实锤。
润涛阎2019-08-03 17:37:17回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

马驴猪狗都没关系啊。这是说:1. 她用马的身子驴的头两张图杂,等于她没发表过生化数据的论文啊。就是等于堵死了她的“发表过的生化数据”是她自己曾经发表的路,就是她无法反驳她剽窃他人发表过的“生化数据”的路。与我的文章没关系的。

2.在她剽窃实锤的基础上,我们再谈她剽窃了谁的。

明白不?你这逻辑思维能力不适合搞研究,更别说辩论了。
Fanreninus2019-08-03 17:19:03回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : “为何在图5下面写的是predicted,而在文章里就逐步变成了conclusion了? ”

你英文写的不怎么样,读应该没有问题吧?文里那里说是结论了?图里说的是predicted,文中说的是propose? 你又想转移焦点了?

像个男人好不好?别一会怪洗地的逼你写信,一会又怪洗地的不想认错。这事情从头到尾唯一错的是你自己。
SwiperTheFox2019-08-03 15:39:08回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

1。请你先说清楚, 如果Glut1马, XylE驴,那UphT就是条狗。 你说马和驴不能摆在一起, 那你为什么说马和狗是一会事,得出的结果是一样的?

2。结晶是门艺术,不是象突变那样有标准方法, 照着方法做就行了。 你以为你那时做突变做得多困难。 你到底看完了颜2014的文章了没,(你总嚷嚷说颜宁没做生化实验,人家是做了的, 都告诉你多少遍了!!!) 你连人家文章都没看全看懂, 就说人家抄你的,是不是太不负责任了?

2014 把介绍跟方法一块看:”Extensive cyrstallizatoin trails were performed for GLUT1 proteins purified in various detergents and in lipidic cubic phase. MOST OF THE EFFORTS FAILED TO YIELD CYRSTALS.

然后得找第一个突变体,思考研究, 再读文献, 再找第二个突变体, 但是又保持活性功能的。 最后才成功的。

不是像某博士说的就是个“批量生产”。 随便找朝外的不象你想象的那么简单,要不谁都做得出来了。

找个近似体相互比较,承认有缺陷,但是仍然可以得出Insight和有用的东西也是科学难的并分辨杰出与平凡的关卡之一。

你不也是把好几个半胱氨酸都突变了, 才scan的,按理说也不是原来的UhpT了。

你要是觉得这么做有问题,去找老卡问吧。老卡跟颜宁后来合作了好几篇了。 他要是觉得有问题,会跟她合作吗? 看除了粉丝,哪个圈子里的人理你。

润涛阎2019-08-03 15:33:34回复悄悄话回复 ‘达姆TU’ 的评论 :

她这人还是不错的。我们看到这事会越来越大,就是因为帮她洗地的还不想认输。
润涛阎2019-08-03 15:04:12回复悄悄话把两个不同的载体蛋白搞图像嫁接就可以证明开口朝下的就可以朝上了?那如果二者是如此接近,为何同一个实验室能结晶到开口朝外的细菌木糖载体,而结晶不了开口朝外的人体葡萄糖载体?所以,她说那嫁接的结果是predicted的,就是假设是那样子的。

既然是假设,那就需要证明。她唯一的证明就是published biochemical data。可她需要给出参考文献。因为她没发表过这样的文章记录。证明载体开口变形的生化方法非常有限,她没发表过用半胱氨酸扫描或半胱氨酸链接封口等论文。那就是他人的生化数据,她当成自己的论文结论依据,就不行。审稿人当然误以为是她发表过这样的论文,西方科学家建立的互信机制二百多年了,审稿人不会去查她是否发表过这样的论文,因为文责自负。
达姆TU2019-08-03 15:03:57回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 看一下颜宁几个小时前发的微博,人家也是讨厌虚假,吹虚的,所以老阎有理有据的质疑她,和她的信念是一致的。下边我把颜宁的微博贴出来。
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回答一个什么问题的时候,本着重要的事情说三遍的原则,我几乎是用喊的:“细节,细节,细节”。我经常跟学生说的是:当你能够考入某某大学的本科,进了某某实验室读博,其实智商估计没太大差别(印象里施老大也曾经说过智商是最不重要的素质,但他的演讲对象是清华学生,可别无条件引申[坏笑]),最后能够决定成败的在付出的力气上可能不过就是1%的差别。是否用心,是否关注细节,是否有精益求精的习惯,却能造成100和0截然不同的结果。

我喜欢看这一类讲背后死磕的故事,当各行各业的每个人都更有职业精神敬业态度,让作品、产品、成果等等都真正的以质取胜而不是靠虚假的吹嘘与营销,整个领域才会更强大,实现良性发展。
润涛阎2019-08-03 14:43:50回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

驴是驴,马是马。否则她为何要写上是predicted?你还是搞不清楚最基本的逻辑:如果她早就发表了Glut1 的生化数据证明了开口朝下朝上的变形,她有必要找另外的载体嫁接图像吗?这就否定了她自己发表过证明Glut1开口变形的生化数据。明白不?

为何在图5下面写的是predicted,而在文章里就逐步变成了conclusion了?
不就是因为她在文章里加上了“published biochemical data”吗?是谁发表的?你给出的那些大科学家们有一人曾经把他人发表过的生化数据当成自己结论的依据而不给出参考文献的吗???

别忘了,是她在论文里自己说的:“in the basis of our structural analisis and published biochemical data, we propose a Glut1 working model (Fig 5)”

白纸黑字啊。你这也能抵赖不成?

A + B = C
嘎德2019-08-03 13:18:11回复悄悄话回复 ‘Dalidali’ 的评论 : “哈哈哈哈哈!”

狐狸不但能用中文和中国人交流,用英文时也照顾到中国吃瓜群众的思维习惯,厉害呀……
SwiperTheFox2019-08-03 13:11:51回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

你是说颜宁和自然杂志审稿的逻辑有问题吗? 这不是我“发明的”, 是清清楚楚写在文章里的。

XylE在细菌蛋白里与Glut1同源性最高, 结构最接近, 保守序列差不多重合。 并且颜宁在该文里也讨论了XylE 与 Glut1 有差异的地方。

你的蛋白UhpT是第四家族的, XylE与Glut1都是第一家族的。 如果照你说到,XylE要是不能跟Glut1合起来做研究的话, 你凭什么说你们两个结果一样, 模型一样?

Dalidali2019-08-03 13:07:23回复悄悄话回复 ‘嘎德’ 的评论 :
哈哈哈哈哈!
怕得罪您, 我没敢哈哈! 您先哈哈了. 就让我哈哈个够吧.

确实, “SuperFox”在NATURE的评论的英文用词和写法更适合中国人看, 或者说, 我们这些讲中文的人知道SuperFox 为什么那样用英文表达. 🙂

 

润涛阎2019-08-03 12:57:13回复悄悄话回复 ‘Dalidali’ 的评论 :

他逻辑思维有问题。

比如:(1)如果颜宁早就发表生化数据证明了人体葡萄糖载体的开口朝向的变形,那她还会在图5把两个物种的两种载体的结构图用电脑嫁接在一起吗?就好比她结晶“拍照”的没头的马跟结晶“拍照”的一驴的头嫁接在一起说那是马,她如果早就得出了有头的马的生化数据,她还用得着借用驴的头安在马身上做想象图吗?

(2)为何图5在下面介绍的是“猜测的”或“假设的”(英文:predicted),而在论文里一步步变成结论(英文原文:conclusion)了?不就是在论文里加上了“published biochemical data”吗?参考文献在哪里?是用哪种已知生化技术搞出来的?还是自己发明创造出来的新技术?

回答不了这质疑,就想把一大堆搞衍射的科学家拉入。可人家什么时候用开口朝上的和开口朝下的两种物种不同的糖载体结晶图用电脑拼在一起说事的?那评论给他们的印象似乎是我们搞生化的跟他们搞结晶的过不去一样。玩这把戏就能反驳质疑?说说那些大科学家们哪个在发表论文时不给出参考文献就把人家的成果当成自己结论的证据?在当今还真极难找到这样的科学家。

再狡辩也没用。
嘎德2019-08-03 12:44:23回复悄悄话回复 ‘Dalidali’ 的评论 : “狐狸Fox”的英文用词更适合中国人看.”
哈哈那狐狸太有心了,写评论时还注意到中国观众的口味。
Dalidali2019-08-03 12:42:52回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

那个在NATURE文章下先写了”Test”, 又写了评论的”SuperFox”是您吗?

🙂
Dalidali2019-08-03 12:33:47回复悄悄话回复 ‘嘎德’ 的评论 : “但看上去狐狸Fox的英文写作水平要比老阎高。”
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您确定您不是在高级黑”狐狸Fox”吗?!
确实, “狐狸Fox”的英文用词更适合中国人看.
🙂
Wtp0032019-08-03 12:11:55回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
估计你要明白也难,我就学次雷锋解读一下(其内在逻辑关系)

“润涛阎”以实名写博克, 现在公开称”颜宁剽窃”!
这句话说完了!这里只有老闫一人称剽窃,

”现在已经有3位作者, 写了5条评论就在颜NATURE 2014年的文章下面. 以颜的个性, 还没有雇佣律师告阎? ”
这句话潜在含义及逻辑关系是都已经在nature被称剽窃了而且引起关注了,不是像二个月前只有老闫一人在那嚷嚷,影响极大极坏,按理应该有所反应才对,这不哼一声是?
嘎德2019-08-03 12:02:18回复悄悄话谁有道理咱不评论,但看上去狐狸Fox的英文写作水平要比老阎高。老阎你还是让女儿帮你把把英文关吧。
有兴趣的可以到自然杂志的评论区看看:http://disq.us/p/23h9586
Wtp0032019-08-03 12:01:58回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
”请问你看了那5条评论了吗? 都是说颜宁剽窃的?  ”

再读一遍别人说了什么,首先弄明白别人的意思就知道你的问题都……………
都根你的以前论点差不多。
Wtp0032019-08-03 11:56:31回复悄悄话回复 ‘Dalidali’ 的评论 :
下面话原因?(我猜猜,不对请指正)

“但一旦颜粉或阎黑把这事搞大,搞热闹了, 最终他/她们会成为颜的高级黑(润涛阎语)“.
帮的不在点子上越描越黑,连小颜没时间都算上了。

“搞大搞热闹当然是NATURE求之不得的事. “
这事难办,一边是单身离职讨说法一边是…..

“按理也是润涛阎求之不得的事! “. 真理越辩越明。

“润涛阎”以实名写博克, 现在公开称”颜宁剽窃”! 现在已经有3位作者, 写了5条评论就在颜NATURE 2014年的文章下面. 以颜的个性, 还没有雇佣律师告阎? ”
没时间?:)
SwiperTheFox2019-08-03 11:33:31回复悄悄话回复 ‘Dalidali’ 的评论 :

请问你看了那5条评论了吗? 都是说颜宁剽窃的?

说自己是阎粉, 无条件支持阎的算吗?

连test也算?  连回答阎润涛问题的也算?
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现在已经有3位作者, 写了5条评论就在颜NATURE 2014年的文章下面
Dalidali2019-08-03 11:00:23回复悄悄话以颜的个性, 还没有雇佣律师告阎? 但, 似乎将NATURE拉下神坛的”号角”已经由中国人吹响.

看到NATURE网站, 颜2014文章下面的评论, 让我想起不久前,有报道国内有人为了升职或评”士”,把在NATURE或SCIENCE的评论列入”发表的文章”目录里.

但不会象中国人把宋祖英等的”维也娜金色大厅”拉下神坛, 或把王立军等的”专利”拉下神坛那么快. 但如我前几天说过的, Nature , Science, 早晚会被中国人玩坏!

我仍然认为, “’blue6albion” 的评论 : “看好真相水落石出,大侠维权成功。” , 将是非常难, 非常难! 非常非常难! 除非颜以这项成果(或文章)获得大奖如诺贝尔奖! 否则, 做做学术报告,提提职称, 甚至评院士等等都很难引起轰动, 变成丑闻, 达到撤稿,道歉. 最大可能是不了了之.

但一旦颜粉或阎黑把这事搞大,搞热闹了, 最终他/她们会成为颜的高级黑(润涛阎语). 搞大搞热闹当然是NATURE求之不得的事. 按理也是润涛阎求之不得的事! 但搞大搞热闹到一定程度后, NATURE不得不出来干预.

“润涛阎”以实名写博克, 现在公开称”颜宁剽窃”! 现在已经有3位作者, 写了5条评论就在颜NATURE 2014年的文章下面. 以颜的个性, 还没有雇佣律师告阎?
润涛阎2019-08-03 10:17:37回复悄悄话David Baltimore,诺贝尔奖获得者,MIT校长,因为《细胞》论文造假是日裔女科学家干的,但他是署名的。那论文被审稿人通过的啊。

那故事非常精彩。日裔科学家跟他合作一起发表论文。有一篇发给了《细胞》,被审稿人接受登出来了。这事就麻烦大了。因为第一作者是个美国白人女孩举报老板日裔科学家造假。

故事过程是这样的:论文里有一段结论来自于一个试验的图表,这个第一作者是博士后,她搞不出来,老板也亲自搞,也搞不出来。但老板认为她推理出来的结果一定是那样的,只是还找不到办法得出结论而已。她就在论文里编造数据,提出结论发表了。发表前MIT校长读完认可了就投了《细胞》,审稿人当然接受了这么大的贡献。

这女博后认为这样的造假是对科学的亵渎,无法容忍。便说要告状。老板赶紧亲自做试验,最终找到了方法,得出的结论跟她预测的一模一样。可女博后认为这照样是作假无疑。万一结论不是这样的呢?她就状告到NIH,NIH派调查组调查。日裔教授的笔记本数据跟发表的一样,证明不是造假。女孩继续告,美国政府部门先后派了四个调查组,都是美国科学院院士级别的带头调查。都站在日裔老板一边。女孩需要找工作,因为老板要她走,她找MIT校长写推荐信,校长是诺贝尔奖得主,恨死她告状了,就拒绝写推荐信。这就彻底惹怒了女博后,她找到美国国会告状NIH调查组不讲公平,隐瞒造假。

国会派出调查组,这次就不同了,由法律方面的人调查。不管你科学结论是否对还是不对,就调查试验记录本和女博后、日裔老板、MIT校长的说法与表现。纯粹从司法程序调查。老板在发表论文前的笔记本的记录没留下空间就搞了别的试验。到后来补证据的笔记本就是造假的证据。司法调查跟科学家调查的重点不一样,不考虑结果是真是假,只专注于在发论文时是否试验结果都做出来了。最终日裔教授承认是发表论文后补的试验,就等于在发表论文时作假了。此时MIT校长依然拒绝撤稿,他的理由是结论是正确的。但他的校长就被开掉了。加理工大学就聘用他当校长,认为日裔教授造假他不知情,就是太固执了点。

国会调查组给日裔教授的条件很好:不欺骗国会调查组,就不追究法律责任。她就招供了,并提出撤稿。唯一的处罚是:N年内(记忆是5年)不许政府部门给她科研经费,女博后被该大学聘为教授。

此结论发生在大约1994年上下加减两年吧。那时美国各大报纸的科技版纷纷报道,还有日裔教授的照片和MIT校长的照片。我就是在报纸上没找到那女孩的照片。故事凭记忆大概如此。
润涛阎2019-08-03 09:43:19回复悄悄话Kaback教授有一篇论文,题目就是”不用结晶蛋白就可以研究载体的结构“。他的方法就是半胱氨酸扫描,因为他搞的是乳糖载体,用的分子探针跟我们用的不一样。他是又搞结晶衍射又搞生化研究的,二者都用。他的结晶论文是说开口可能变向:possible change。通过半胱氨酸扫描的论文证明了乳糖载体的工作模型。去读他那么多的论文。他还用半胱氨酸把开口处链接上以提供更多变形证据。

谁埋汰过结晶技术的贡献了?别枉顾左右而言他。

颜宁团队什么时候搞过半胱氨酸扫描等类似的生化数据?什么方法无所谓,只要证明了开口变形的方法即可。
JessAB2019-08-03 09:37:47回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

我不会被你绕着转. 不知你有没有亲笔独自写过写文章怎么引用文献,到发出文章,到response to reviewers’ comments, 最后到文章被结受发表的程序?
润涛阎2019-08-03 09:30:21回复悄悄话回复 ‘冥王天蝎’ 的评论 :

谢谢你的建议,我们不怕时间花费多少的。这事我们合作,一定能有个结果。
ft2019-08-03 09:27:23回复悄悄话回复fereninius, 我说你抓不住重点,是根据你的回应,这个读者有目共睹。我不再重复了。
你这次又跑题了,不要把焦点往别处转。
润涛阎2019-08-03 09:27:16回复悄悄话如果她在2012年的生化数据证明了葡萄糖载体的开口变形,那她为何在2012年的文章里没提出变形的模型?何必到2014年还用木糖载体的图嫁接?

而且,她2012年的论文作者群跟2014年的也不一样啊。那她的2014年的论文就对2012年论文的部分作者侵权了。明白不?她为何不把自己的作品标出参考文献?而且不占据参考文献总数,因为她已经引用了2012年的论文,就在论文里给出数字标号就好。她为何不给出?

她的论文把帮她洗地的路全部彻底堵死了。她为何干出这种事?你们去问她本人。
润涛阎2019-08-03 09:18:51回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :

2012年的文章为何没给出working model?

那文章提供了葡萄糖载体变形的生化数据了?是半胱氨酸扫描?还是半胱氨酸链接?
ft2019-08-03 09:16:52回复悄悄话回复jessab,老阎一直坚持质疑,一定有他的根据和自信。
你反反复复说哪天小颜要打官司,你这是又把小颜往阴沟里带。小颜的文章是在清华时发表的,你以为清华能替她打官司还是普林斯顿还是nature能替她打官司?官司一来,小颜的知名度就更高了,有些和你一样愤愤不平,另一些也会纳闷为何别人要质疑她。是因为酸? 那么比她名气大声望高成就辉煌的学者大把抓,为何没被质疑呢。你以为官司一打旧账一翻小颜会作为一个科学家教授从胜利走向胜利更加辉煌吗!老阎说过几次几次仅要一个道歉而已,不为别的道歉也要”碰瓷”一说道歉。这哪是一个科学家教授应该回应的。
所以我说小颜的粉丝们智商堪忧啊。因为这些粉丝的智商,我甚至都开始纳闷小颜究竟如何。
JessAB2019-08-03 09:03:49回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

你这一次又转到纠结在”published biochemical data” 从哪里来?

有没有仔细读Nieng2014 Nature 的文章, 在124页图5给出文献28, 查一下这文献28正是Nieng2012年Nature 文章. 你们这些这一次是纠结在”published biochemical data” 从哪里来的人有没有继续追踪读 Nieng 2012的文章, 在那发表在2012Nature文章中从Fig. 2到Fig. 5, 好好去看看有没有biochemical data.

摘段和图5从Nieng 2014 Nature paper在我的愽客里因为贴不上来.
Nekono_882019-08-03 08:52:19回复悄悄话回复 ‘时不时来看看’ 的评论 : 网友,我想狐狸网友在自然杂志,这神圣的科学殿堂之上,是不屑用假名来发Comment的,这种欺世盗名的勾当,决不会发生的。你如果偶尔看到,碰到,一定是统计学上的小概率事件,在正常的人群中一般是不会发生的。
Nekono_882019-08-03 08:36:20回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 你就告诉时不时来看看网友SuperFox是你的真名实姓,你没有违反自然杂志的规定发Comment,你是有诚信的人,根本就设有想要欺骗杂志和吃瓜群众的意思。看看其还有什么话好说。
润涛阎2019-08-03 08:28:43回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 :

只要她不给出她论文里的“published biochemical data”的来源,她就等于把他人的成果归于自己。即使是她的团队发表过的,除非她原来的作者跟2014年论文的作者100%一样,而且排名也必须一样,否则就是对以前的作者之一的知识产权的侵权。如果后来的论文作者没有在以前的论文里,那等于该作者对以前论文作者的侵权。这在法律上知识产权是这么规定的。何况她根本就没发表过证明人体葡萄糖载体开口变形的论文。即使发表过,也需要给出来源,因为发表过的论文是否已经足以的证明了人体葡萄糖载体变形的全部条件,读者需要了解。她从未发表过有关半胱氨酸扫描之类的生化数据,就把这作为她论文结论的主要依据,读者就误以为那是她已经发表过的论文。
JessAB2019-08-03 08:16:30回复悄悄话回复 ‘时不时来看看’ 的评论 :

你是在帮阎的倒忙, 你们写下的东西还是小心为好, 没准哪天他真收到起诉, 虽然我不愿意看到这样.
时不时来看看2019-08-03 08:04:28回复悄悄话Fox:

您在实名给Nature注册以前,您今后的发言甚至不如一片鸿毛重。
SwiperTheFox2019-08-03 08:04:26回复悄悄话回复 ‘时不时来看看’ 的评论 :

城里律师请留意.
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时不时来看看 2019-08-03 08:01:12 回复 悄悄话 JAB:
博主在任何公开场合说颜宁剽窃,他都必须对此负责,包括WXC, XYS甚至WB。我都有点糊涂了,您是怕博主说错出丑担责任吗?
时不时来看看2019-08-03 08:01:12回复悄悄话JAB:
博主在任何公开场合说颜宁剽窃,他都必须对此负责,包括WXC, XYS甚至WB。我都有点糊涂了,您是怕博主说错出丑担责任吗?
SwiperTheFox2019-08-03 08:00:20回复悄悄话回复 ‘时不时来看看’ 的评论 :

1. 就是因为阎润涛诽谤别人剽窃–这不是不同人有不同理解的问题, 我才非得把这事说清楚的.
2. 更有甚者, 老阎还拿他过世的老板当枪使. 这是不可以容忍的. 他非说颜宁等到2012年他老板过世以后才敢发表机理图, 颜宁2010年一文就有类似的机理图.

真为他过世的老板在天之灵悲哀!!!
时不时来看看2019-08-03 07:55:07回复悄悄话ans, fox:

博主给Nature的信有个”copied”你们看见了吗?你们真心该消停了,静等博主出大丑。博主明确说颜宁剽窃,无论在给Nature的信中,还是博文中,你们一直而且还在左顾言他。
JessAB2019-08-03 07:53:44回复悄悄话回复 ‘时不时来看看’ 的评论 :

Please don’t take thing out of context. What R. Yan wrote was “could have copied” not just “copied”. Don’t you know what does “could” mean? Did he officially accuse Nieng of “plagiarism” in Nature website?

If you are one of his fans like “unconditional support “, then that is your problem.
ans2019-08-03 07:47:20回复悄悄话回复 ‘时不时来看看’ 的评论 : 这个你可是冤枉我了。本着看热闹不嫌事大的原则,我是极力鼓励老闫靠状的。只是老闫表现的太业余了,科研圈子里办事的方式似乎一无所知。以为像wxc和微博里一样灌水就要人家回应,哈哈。再强调一次,建议老闫投稿不要羞羞答答地说什么没有引用他的文章。wodedongxi 已经讲了这样被送审的可能性无限接近0。一定要旗帜鲜明地说小颜剽窃我老闫的,才有可能引起关注。这些都是科研的abc,闫粉们不懂丢人显眼也就罢了,老闫也不懂,科研素养堪忧。
SwiperTheFox2019-08-03 07:45:11回复悄悄话回复 ‘时不时来看看’ 的评论 :

请问我有阻挡老阎写信吗? 老阎信已经写了, 看凡人的博客 http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/1675.html?#comment_2089 似乎老阎自爆 杂志高级编辑早也给他回信了. 看样子那是两个月以前的事了(如果相他说的那样他在杂志网站上的评论是编辑贴上去的话) .

老阎不是说真理越辩越明吗?
时不时来看看2019-08-03 07:44:00回复悄悄话我个人认为,Nature的comment已经很不错了。
如果考虑发文,任何有DOI的正式刊物估计都行,与刊物排几流关系不是太大。
SwiperTheFox2019-08-03 07:36:32回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

再看看你老板对晶体是什么态度: 你老板虽然不是通信作者, 毕竟得sign off吧.
“Until the recent arrival of high-resolution three-dimentional (3D) structures of the MFS, the field relied on indirect mothod, such as phylogeny and sequence analysis, as a guide to structure of functions.”

“The information provided by the 3D structure of GlpT (Figure 1a) has been invaluable to efforts to unravel general principles of substrate binding and protein architecture in the MFS. But when considered together with the structures of two other MFS antiporters – the O.formigenes oxalate/formate transporter OxlT (30, 32) and E. coli drug/H+ antiporter EmrD (83) – it is also possible to derive important clues as to the conformational change that MFS antiporters undergo during the transport cycle.”

Law, Maloney, Wang (2008) Ins and Outs of Major Facilitator Superfamily Antiporters
冥王天蝎2019-08-03 07:36:03回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :
也可考虑跟你找的一位(或者多位)合适的同行共署名写一篇。当然也可以自己写。wodedongxi说的就是发一篇正式Comment型文章(具有DOI)的基本过程。需要补充的是,被评论的文章作者一般要写一篇Response随后出版,也是具有DOI的。这样的Comment和Response的稿件一般还需要其他审稿人评审,所以都属于正式出版。现在的主要问题是timely这一条不太满足,说服编辑恐怕难度不小,看你怎么说服。

如果上述方式不行,建议写一篇该领域的综述性文章,例如介绍某一模型的背景知识、模型提出的历史、发展、研究现状、模型的重大意义、每个研究组所作的工作、研究展望等等,由此可以发挥你写作的功底,同时可专门拿出一个section或者一个段落来描述你们的模型与颜宁组所作相关工作的联系及来龙去脉。完成这样的工作需要搜集所有相关文献,一般需要半年左右的时间。亦可跟一个或几个同行合作,选投适合的杂志,亦可先跟某合适杂志约稿。

第一种方案简单,但成功率不高。第二种方案费时费力,但意义非凡。两种方案亦可同时进行,没有矛盾。关于插图的版权问题,综述文章都有标准做法,不难找到相关信息。
时不时来看看2019-08-03 07:35:33回复悄悄话ans, fox, JAB:

你们纯粹在浪费时间。博主言出必行,已经给Nature正式写信说颜宁“copied”,fox也匿名给Nature回复了.对那个回复我在他/她的博客提了些文字意见,希望他/她认真用实名注册后做做修改,稍微好看些。

博主已经准备进一步自己或请同行科学家写清楚这个事实正式发表,你们不顾一切反复阻挡能有用吗?这个问题本质上是个科学问题,你们也是一直希望博主动真格的呀。怎么还在纠结呢?颜宁剽窃就是核心问题嘛,绕不过去的。
SwiperTheFox2019-08-03 07:26:50回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

老阎,你就别埋汰晶体了. 别说是拍不同构象的晶体, 就是1953年,DNA 一个构象晶体获诺贝尔奖, 不光是因为拿到了结构. 光拿结构有什么意义? 意义在于揭示了DNA复制的机理.

这种基本知识, 不应该让我为你复习了.
ans2019-08-03 07:24:37回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :
难以想象老闫是搞过科研的人,连网页上的comments和认真投稿质疑的matters arising都不懂。贴几个任何人都可以贴的comments就要坐等小颜回复, 让人笑掉大牙。 真以为是在wxc胡扯惯了还是水军灌水吗,丢人显眼啊
SwiperTheFox2019-08-03 07:23:32回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

膜蛋白那是二十多年前的事了. 老泉,凡人, Sensei, 杨别青都是同行.

挺阎的有几个生化背景的? 更重要的是,有几个读了双方的论文?
JessAB2019-08-03 07:10:31回复悄悄话从五份月开就已经说了很多次是否引用文献是作者的自主权(偶尔reviewer 会推荐某个文献因为我自己就经历过), 但是阎就是纠结不下,现在还上升到指控颜宁”剽窃”. 不知道他是不是道听别人说,段章取其义,没有完全仔细去读懂Nieng在Nature 2012 和2014 的文章?

他这种在WXC 网上肆意对颜宁抹黑的作法很可耻. 请不要用追求“真理” 作晃子.
润涛阎2019-08-03 06:58:36回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

我很快会介绍当年苏联最伟大的最高产的科学家升为苏联科学院副院长的李森科是怎么搞科学的,是怎么把苏共中央从政治局到斯大林骗得跟傻子似的。故事非常有趣。现在的年轻人可能都不知道李森科的故事。一开始帮李森科洗地的,也是枉顾左右而言他,而且也是从两头入手的。很快就写出来。稍候!
Wtp0032019-08-03 06:54:02回复悄悄话请教一个问题;
若二个人争论一件专业的事,一个人研究了十年或更长另一个人也勍十天半个月却一定坚持自己正确,怎么办?
这里挺颜的有一个是这事之前听说过膜蛋白的吗?
wodedongxi2019-08-03 06:40:19回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 你如果投稿的话, 编辑部会让彦宁在读了你的comments后, 写个reply, 然后一并发表. 你仔细琢磨琢磨再说. 我早前说了, 引用完整有否是reviewer的责任, 不是编辑部的责任; 一个发现的credit归属科学community自有公论, 也不是编辑部能左右的. 所以你如果要写matters arrising, 要回避开这些理由, 提升到理论高度才有点希望. 另外说句实话, 你的英文写作不太灵光, 语法都是其次, 你的英文写作不够犀利有趣, 你要投稿可以找你家英文写作好的人给你改改再说.
Wtp0032019-08-03 06:27:13回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

所谓集思广议,真理越辩越明。本案可成经典啊。以后写大作又有素材。以前看你文章老是你经历了这又经历了那,还想有那么多稀奇古怪事都让你赶上了吗?
别说,不信还不行。:)
Wtp0032019-08-03 06:19:09回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
一方面希望别在Nature那看到我下面例出的,让人笑话(借用某人专利)
”一边是求真精神另一边就是糊搅;什么碰瓷,蛋白不一样,结晶技术多现进,60年代就有类似模型了等等等等,”
另一方面又觉得能证明我的预言也不错。

来美国有机会从台湾人那学了一词
鸡同鸭讲
So far 我所看到的所有挺颜的论点和老闫要争的根本不是一会事。各说各的
鸡同鸭讲
润涛阎2019-08-03 06:13:06回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :

有道理。如果我写一篇文章发表出来,把这问题讲清楚,是最简单的事。我想想是否写一篇,还是请在这个领域的另外的科学家写一篇。谢谢提醒。
润涛阎2019-08-03 06:09:07回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

X光衍射解构没问题。我百分之百赞成该技术的重要性。我没质疑过这一点。何况我根本就不在那个领域,从不谈文章贡献的事。

然而,任何一个外行人都要问:

如果一个人找到了一匹死马有身子没头,她又找到了一死驴的头,她就把两张照片拼图在一起,说那是马!

这跟X光衍射技术没关系,就好比照相机的像素多少与这结论毫无关系一样。你自己告诉大家那头是驴的,身子是马的。不是人家猜测的啊。你颜宁自己介绍的图5就是驴头与马身的拼图,然后说马就是那个样子的。至于马的头到底是什么样的,你可没结晶出来呢,你找不到这样的结晶体,就用驴头代替了。这本来作为示意图没关系,但你在文章里最后讲的是“结论”(英文:conclusion),等于马的头就是那样的。证据呢?证据在“published biochemical data”,不给出参考文献,自己又没发表过生化数据以证明人体葡萄糖载体的确发生开口朝外朝里的变形,那就等于是他人的结果被你剽窃了。帮她洗地的,你说这是不是明摆着的道理?别讲她的贡献,一码归一码。
Wtp0032019-08-03 06:04:22回复悄悄话回复 ‘Fanreninus’ 的评论 :
你的意思是什么要你像现在这样说出来大家才能明白。心里想的(我还是客观吧,没说你心里面想的是别的意思)和写出来不match让人误解,好像该道歉是你吧。
Anyway,你愽文也发了不止一篇了,期待着在Nature处看到你的professional 论点
wodedongxi2019-08-03 05:59:43回复悄悄话我还真的去彦宁的文章nature页面去看了看, 网页上的comments那是任何人可以在任何时间去贴的, 没有时限. 而我说的matters arising这种comments是nature 的一个文章类比, 需要投稿、送审、如果发表了是有DOI号的, 可以写入CV的, 那算正式的文章发表. 博主可以尝试写个matters arising然后投稿给nature, 我觉得送审的可能性无限度接近于零, 主要是nature编辑部不认为undercited是质疑一个文章的理由. 如果要写的话, 博主要somehow spin your story away from an accusation of undercitation. 然后说明自己这篇文章+彦宁的文章才能对当代生物学的理论建构起到巨大的作用. 以我对自然子刊的了解, 内部的操作是, 如果这篇comments足够有趣, 我们会立刻转给原作者, 先征求她的意见, 再作出是否送审的决定.
Wtp0032019-08-03 05:55:43回复悄悄话回复 ‘nightrider’ 的评论 :
看看他的论点
“Let me conclude with a quote from Forrest on the importance of crystal structure in elucidating the transport mechanism: …”
看看我下面专门例举可笑论点其中一个就是结晶的重要性。真是…..只能无语。让我想起你和仙人争论。现在回过头来看你能有更好的方法说服仙人吗?
樱叶2019-08-03 05:55:16回复悄悄话现在是坐等颜宁自己出来回复的时候了。下面是取自颜宁5月15日微博的内容:

任何人要是真有底气,正儿八经在学术期刊发篇评论,作者们自然正儿八经写回复,这叫做学术争论。否则给您做广告,让吃瓜群众免费看戏么?
Nekono_882019-08-03 05:54:03回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 我觉得只是在Super和Fox之间少了一个空格而已,还不至于公然欺骗杂志和吃瓜群众吧?生活在美国这样重视诚信的社会,这点最基本的党悟还是应该有的。否则如何安身立命,生活下去。
润涛阎2019-08-03 05:47:15回复悄悄话如果是颜宁论文的利益相关者,就不想用实名,这个可以理解。如果只是探索真理,那当然喜欢用实名。探索真理是伟大的事业,所以在西方发表科学论文探索真理辨别论文真相的都用实名,不用实名的到哪里去找?丢人丢到海外了。
Nekono_882019-08-03 05:23:11回复悄悄话回复 ‘时不时来看看’ 的评论 : 说不定,这只狐狸在改变国籍时就是用的现在挂在网上的全名。其没有理由用假名去欺骗自然杂志和吃瓜群众。我想其这点基本的诚信还是有的。当然,看到其的发言,可以推理其是能够理解杂志对发言者的第二条要求的。西方喜欢用狐狸作为个人、公司的名子的数不胜数,既然身在西方,入乡随俗也未必不可。就是颠三倒四,假充内行,令人百撕不得骑姐。
时不时来看看2019-08-03 04:25:28回复悄悄话博主:

狐狸先生/女士到Nature文章去回帖,他/她应该遵守以下规则,尤其第二条用实名。狐狸先生/女士明显没有使用实名。麻烦您替我举报给Nature,让他/她遵守这一规则,完成实名注册。

https://www.nature.com/info/community-guidelines
2. Be yourself
Use your real and full name when creating a profile and posting comments. Never impersonate another person. If you have a personal connection to a story or topic, you should disclose your connection or, where appropriate, not comment at all.
rickgg2019-08-03 03:29:38回复悄悄话很多人主张不要辩论,此事就此过去。 我觉得西方文化一个好的值得学习的就是议会,公司辩论。英国,以色列都在决定前辩论。 中国古时也是百家争鸣。 我希望看到双方的辩论。
SwiperTheFox2019-08-03 03:08:24回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :

你说: 颜宁的模型跟你的是一模一样的 (identical), 唯一的区别是左右上下的关系. 从此推论就是颜宁没有你没有的东西–> 颜宁没有自己独特的东西. 这句话不但在你的这篇Nature 评论里,还在你的若干博客的文章里. 写颜宁独特的贡献就反证了你这句话

The model she showed is identical to Yan & Maloney topological model as shown in Fig1 above. The only difference is the left-right direction vs up-down direction.”
Fanreninus2019-08-03 02:53:47回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 : 我的意思不是说英文不好,请别误解或者误导,我说的是professional一点,别动不动就assume and accuse!不过,英文好也不会hurt了。:)
Fanreninus2019-08-03 02:50:41回复悄悄话回复 ‘ft’ 的评论 : 首先,我这个留言并没有偏离主题。其次,我是想给大家看看如何把comment写的professional一点,别动不动就assume,譬如说导师在世的时候人家不敢提模型,这个在科学界是个大忌。
最后,老阎是被小颜的粉丝逼的不得已写质疑信给nature吗?俺有专文分析,请看看吧。别一天到晚unconditional地支持一个人了。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/1675.html
润涛阎2019-08-03 02:42:30回复悄悄话回复 ‘nightrider’ 的评论 :

在科学上,一万句赞扬也堵不上一个疑问的窟窿:“发表过的生化数据”从哪里来的?”

他试图解释图5“把细菌木糖载体开口朝外的结构图” + “人体葡萄糖载体开口朝里的机构图” = “人体葡萄糖载体的开口朝外了”

既:当驴唇与马嘴(不对,是驴唇与猫嘴)对上,就是驴嘴了。

任何有科学素养的人一看就明白我的两大质疑他回答不了。何况他根本就绕开“发表过的生化数据”是从哪里来的这关键剽窃疑问。他连碰都不敢碰。对回答科学上的疑问,读者没一个人会计较什么歌功颂德,而是回复质疑你剽窃的证据你回答了没有?你把两张不同载体(一个是人体葡萄糖一个是细菌木糖)的图用电脑拼在一起,只有开口朝里的人体葡萄糖载体就可以开口朝外了?那不是科学试验证明,那是电脑拼图。

我根本就没提她论文的贡献大小。就好比你把张果老倒骑毛驴的驴唇嫁接到吕布赤兔马的马嘴上,就说那是驴的嘴巴,不论如何引经据典地夸张果老的毛驴和吕布的赤兔马,都改变不了“驴唇对马嘴”的笑话。在科学史上,还没有任何人用两个不同物种的不同载体通过图片嫁接在一起就说那是其中一个的工作模型,这给人类科学史留下了非常好看的标本:当年无法得知人的大闹是怎么思考的,就把人的大脑跟蚂蚁的大脑图片嫁接就可以了。

nightrider2019-08-03 01:27:22回复悄悄话Is Swiperthefox SuperFox in the Nature comment section http://disq.us/p/23h9586?

Would 润涛阎 care to respond to SuperFox’s comment under Nieng Yan’s Nature article?
lostman2019-08-03 00:00:13回复悄悄话关于这件事老阎写了有10篇以上了,还是等等有点苗头再写吧
ft2019-08-02 21:58:42回复悄悄话Swiperthefox, 你总算记住”抓要点”这个关键词了。脑子最像一锅粥的当数你并列第一。并列第二第三的还大有人在。你怎么会蠢到去nature网站跟贴试验。笑到腹痛。不管你在哪打工,good luck to you:)
ft2019-08-02 21:49:10回复悄悄话老阎被小颜的粉丝逼的不得已写质疑信给nature。昨天直呼老阎没本事给nature写信,等把老阎信的链接打开后,又开始埋汰老阎自己贴上的。小颜的粉丝们,千万不要再给小颜帮倒忙啊。
Wtp0032019-08-02 21:48:53回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
少打个字”不”
连当事人都找不到辫解的理由
Wtp0032019-08-02 21:47:33回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
给你个赞。

连当事人都找到辫解的理由 因为非常清楚问题的要点在那。不知道听说过一个词没有;无知者无畏。
Wtp0032019-08-02 21:39:23回复悄悄话回复 ‘入怀’ 的评论 :
一边是求真精神另一边就是糊搅;什么碰瓷,蛋白不一样,结晶技术多现进,60年代就有类似模型了等等等等,在这说起来都是铁嘴钢牙真理在握,真有信心到公认的专家地盘上去显摆显摆。先不预设立场就想想为什么二个月了连当事人都不露个面。
SwiperTheFox2019-08-02 21:28:48回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

Seems to me you jumped the gun again:)

以后说话之前,请先调查清楚
Wtp0032019-08-02 21:23:52回复悄悄话回复 ‘Fanreninus’ 的评论 :
英文不好“不仅没有说服力,而且让人笑话”。
英文好的只在这挺颜不敢去Nature那更让人笑话。若敢去Nature那用你们自以为是的理由像什么二个蛋白一看就不一样,case closed.倒不会让人笑话,因为都惊奇死了。不信,试试。
入怀2019-08-02 21:09:54回复悄悄话支持涛哥的求真精神。
ft2019-08-02 20:59:36回复悄悄话Fanreninus,你太无聊。稍有点智商的人看评论都知道怎么抓主题。有几个想你那样杀鸡用牛刀。
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Fanreninus 发表评论于 2019-08-02 20:41:08
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/1741.html
大家在去Nature.com做评论之前先看看这个博文学习一下如何用英文写评论吧。光说自己是RTY的fan去那给他unconditional support是不够的,不仅没有说服力,而且让人笑话!:)
Fanreninus2019-08-02 20:41:08回复悄悄话http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/1741.html
大家在去Nature.com做评论之前先看看这个博文学习一下如何用英文写评论吧。光说自己是RTY的fan去那给他unconditional support是不够的,不仅没有说服力,而且让人笑话!:)
leisure2019-08-02 19:54:33回复悄悄话ans 2019-08-02 19:14:02 回复 悄悄话 老阎又加上一篇,就看阎与阎粉在nature上尽情表演哈哈

不过老阎你写的太温柔太羞羞答答了,建议你直接把你在wxc这写的放到nature上:小颜剽窃我老阎的!这样才会引起注意 🙂

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就写个评论而已,你至于这么上蹿下跳吗?博主文章题目里都说了颜宁剽窃实锤了,也没见颜宁的三个微博,两个博客里有个回应,难道你不该替她着急吗?
ans2019-08-02 19:14:02回复悄悄话老阎又加上一篇,就看阎与阎粉在nature上尽情表演哈哈

不过老阎你写的太温柔太羞羞答答了,建议你直接把你在wxc这写的放到nature上:小颜剽窃我老阎的!这样才会引起注意 🙂
时不时来看看2019-08-02 18:30:43回复悄悄话Nature如何处理评论是有点意思的事,过些时候看看那个Test贴会怎么处理。

博主发信发博就一个事实:颜宁剽窃。

喜欢也好不喜欢也好,这些都挂在Nature和文学城,至少有一篇在知乎。从5月1日到现在刚4个月,大戏才开幕。
SwiperTheFox2019-08-02 17:58:20回复悄悄话回复 ‘ans’ 的评论 :

哈哈哈哈! “As a fan of ,… unconditional support…..” 以为是中国好声音啊,一点也不掩饰对科学的无知. 简直是对阎最有力的rebuttal.
冥王天蝎2019-08-02 16:51:12回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :
这就是xxxxx.com和yyyyy.org的区别。
com = commercial businesses
org = non-profit organizations or organizations of a non-commercial character
ans2019-08-02 16:45:18回复悄悄话哈哈有闫粉上nature挺闫了
SwiperTheFox2019-08-02 15:41:00回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 :

我有这个感觉很久了,就是学数理与生命科学的思维方式是不一样的。

数学物理一个公式证完就完了, 一个实验证伪就差不多证了, 生化虽然原则上证伪,但实际上很多是需要大量的证据。(preponderous evidence). 一般不是一篇文章搞定的。

这一思维差别也造成了(就我的观察)学数理的挺阎的较多的现象。
zhonghuaren2019-08-02 15:34:34回复悄悄话看了老阎的Nature Comment、老阎为何不将原文加图贴到这里?图不要重编号、用原论文CellFig.1, PNASfig, NatureFig.更好读
Wtp0032019-08-02 15:20:21回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :
长见识了。风气在变,好坏不论也算与时俱进吧。
wodedongxi2019-08-02 14:57:32回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 : 专业不一样, 我这专业也对表述的要求很高. 你自己看看nature网站上对自己的介绍, nature要求研究 新、重要、大家都关注、与时代同步、优雅、惊人! 这些都是主观的、没法量化的、有很大操作空间的形容词.

Nature is a weekly international journal publishing the finest peer-reviewed research in all fields of science and technology on the basis of its originality, importance, interdisciplinary interest, timeliness, accessibility, elegance and surprising conclusions.
梁慎勤2019-08-02 14:52:04回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :

我是做数理类科研的,从来没有意识到可以oversell。读博士的时候,总的一个感觉是导师会把一些大词改小,把文章改地谦虚一点,可能就是怕审稿人觉得我们自我吹嘘。可能不同专业的风气有所不同。
wodedongxi2019-08-02 14:50:29回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 : 一: 是的这事不新鲜. 二: NATURE送外审的文章只占投稿量的15-20%. 可以说绝大部分投稿是编辑desk reject的. 文章本身大家基本还是很规矩的, 最夸张的是cover letter, 因为cover letter的内容不刊登, 而且编辑很多要读cover letter. 我觉得彦宁的文章如果编辑事先知道了有引用不完整的嫌疑, 只会提醒她改, 而不会据. 因为彦宁这个课题组已经建立了很好的track record. 当学者做到一个地步的时候, 就是客大欺店了, nature和science有可能会争一篇稿子, 都是可能的. 我们需要打破对NS的迷信, 毕竟绝大多数的诺奖发现都不是发表在NS上的.
Nekono_882019-08-02 14:47:11回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 你去把你的高见,论点贴上去试试?看看编辑怎么处理你。
SwiperTheFox2019-08-02 14:44:45回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

我是删了,看你真的想看,就又贴回去了。 不信你自己试试。

别以为所有人都跟阎润涛一样信口胡吹(做了455个突变)
Wtp0032019-08-02 14:44:33回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
又贴回去也不通知我一声:)
好,就等着周一看大作了
Wtp0032019-08-02 14:42:35回复悄悄话回复 ‘Nekono_88’ 的评论 :
”真以为阿猫阿狗都可以去贴comment”。
不是以为而是宣称已经贴了,我说没看到上面只有老闫的一个comment.他说又删了:)
SwiperTheFox2019-08-02 14:37:33回复悄悄话回复 ‘Nekono_88’ 的评论 :

什么意思? 我后来又把test贴回去了–现在还贴在那儿呢。不信你自己去看–如果你有access的话。
======================================================================
他今天已经够出丑了。真以为阿猫阿狗都可以去贴comment。

Wtp0032019-08-02 14:35:49回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :
多谢科普了。若没理解错下面的话二个意思;
1.被老闫指质小颜干的事不新鲜,常有人做。
2.被老闫指质小颜干的事是不对的事,若被发现了文章都可能发不了。

“学者本身在写文章的时候, 尤其是投到CNS, PNAS这种杂志, 往往夸张的表述研究的创新性、突破性. 现实是如果不这么oversell, 文章可能送审都困难. 为了表述研究的创新性, 学者经常刻意忽视已有的研究, 如果被编辑发现了, 很可能立刻就据了”
Nekono_882019-08-02 14:33:28回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 : 新闻界,在发表重要报道之前是要请被采访对象过目稿件的,尤其是比较专业的话题,以免出现任何偏差。当然,我可以负责任地说,SwiperTheFox从来就没有这样的经验。所以不知者无罪,放他一马吧,他今天已经够出丑了。真以为阿猫阿狗都可以去贴comment。
ans2019-08-02 14:28:52回复悄悄话你就别给自己找退路了。等着学术界给你真相吧,只怕真相出来了可别找借口说整个学术界都愚蠢地瞎了眼,就你是哥白尼布鲁诺

润涛阎 发表评论于 2019-08-02 13:32:13
科学是探索真理的。拿输赢的利益看待科学,那科学就失去了它的最大特征。那位诺贝尔奖得主是自己决定把那位印度学生的论文全部撤稿的,又不是杂志干的。韩春雨的论文也是韩春雨自己撤稿的。再说了,我绝对反对什么撤稿之类的话题,因为历史就是历史,就好比当年我一听华主席决定给毛主席修纪念堂时我坚决认可,因为那更加提醒后人别忘记毛主席,也就会找历史资料他到底干了什么。这对历史的研究有正面作用。那些天天盯着自然杂志如何谁输谁赢的,都不是真正喜欢科学的人,只不过把弱肉强食谁强就巴结谁的群羊效应继续放在科学上。科学论文发表了,就留给后人,不论什么内容,都对后人的评论与探索新的科学有好处。

科学的最高价值不在于利益,而在于真相。帮她洗地的,去读她的图5是怎么把开口朝下的人体葡萄糖载体变形到开口朝上的;她的“发表过的生化数据”在哪里给出的这些真相。这是科学精神,与利益好不相干。是谁说的也好不相干。哪怕全世界的科学家都认可哥白尼布鲁诺是错的,也丝毫影响不了地球围绕太阳转的事实迟早会被接受。
wodedongxi2019-08-02 14:26:54回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 : 回复 ‘梁慎勤’ 的评论 : 不知道你是不是做科研的, 如果是的话, 你应该明白这个问题真的太常见了. 这个在学术界我们叫oversell, 学者本身在写文章的时候, 尤其是投到CNS, PNAS这种杂志, 往往夸张的表述研究的创新性、突破性. 现实是如果不这么oversell, 文章可能送审都困难. 为了表述研究的创新性, 学者经常刻意忽视已有的研究, 如果被编辑发现了, 很可能立刻就据了, 但是很多时候, 编辑并不具备专业知识作出这个判断. 尤其是CNS, PNAS这种杂志, 追求的是general audience, 追求的是读者惊叹的WOW, 所以文章的reviewer 很可能是大同行而不是小同行, 也不具备足够的专业知识, 如果这样的话, 文章也就发表了. 但是到这个时候, 绝大部分的学者还是很规矩的, 没有胡说八道. 真正到了媒体那里, 就开始胡说八道了, 我自己的研究被媒体报道后, 有时候我都想揍这个记者一顿, 中外记者都一样, 新闻就是为了追求关注度.
Wtp0032019-08-02 14:25:46回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
“颜宁引用的一文:Iancu 2013年就结晶了一个细菌葡萄糖转运蛋白”
不错,挺有力的证据。建议您也给nature写信同时强烈要求撤下老闫的碰瓷言论。你不是说你可以加comment 吗?正好赶上周未,估计您再忙也比不上小颜,下周一就等着看你的大作了。
SwiperTheFox2019-08-02 14:23:18回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

当然也包括颜宁2012年结晶 XylE一文
=======================================
颜宁引用的一文:Iancu 2013年就结晶了一个细菌葡萄糖转运蛋白,而且有阎润涛说成“剽窃”的图5 (Iancu 图7)
Wtp0032019-08-02 14:19:32回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :
您消停些吧。整篇文章都是采访小颜出来的。那些专用术语记者可编不出来。小颜不说第一首次记者那来的idea?
SwiperTheFox2019-08-02 14:19:25回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

颜宁引用的一文:Iancu 2013年就结晶了一个细菌葡萄糖转运蛋白,而且有阎润涛说成“剽窃”的图5 (Iancu 图7)

Wtp0032019-08-02 14:15:45回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 : 有意思的发现。更有意思的见下
”但此前研究仅止步于细菌的葡萄糖跨膜转运。…”颜宁说。

这不就是指的老闫的工作吧?说漏嘴了?
SwiperTheFox2019-08-02 14:12:39回复悄悄话回复 ‘梁慎勤’ 的评论 :

先说:记者写的文章, 不能都算在颜宁的头上。

其次, 这个“其”是指Glut1, 指人体糖蛋白。 如果我们说某人初步揭示糖蛋白转运机制,不会造成“这个人初步揭示了蛋白转运机制”的印象。 同理,这句话应该给人“初步揭示人体糖蛋白转运机制”的的印象。

最后一段还特别强调了: ** “但此前研究仅止步于细菌的葡萄糖跨膜转运”,** 颜宁团队从2009年开始人体GLUT1的研究,此次成功捕获GLUT1的晶体结构,对于理解其他具有重要生理功能的糖转运蛋白的转运机理提供了重要的分子基础。

–也就是颜宁的突出贡献在人体糖蛋白。
梁慎勤2019-08-02 14:12:28回复悄悄话Youtube上有颜宁在2016年9月10日的《开讲啦》的视频。从6:40至6:50左右,颜说:“…..也就是我的葡萄糖转运蛋白……”。注意这里的“我的”,这给人的印象也是颜对葡萄糖转运蛋白具有某种所有权。其动画演示了转运蛋白的运行机制,给人的印象也是他们可能首先发现了这种机制。所以,就算是做科普,也还是要尽量用词准确,不能有意无意地夸大自己的贡献,否则一旦被人追问,就要尴尬了。

视频链接如下:https://www.youtube.com/watch?v=upTBjY-TuUg
梁慎勤2019-08-02 13:55:16回复悄悄话在《 光明日报 》(2014年06月06日第01版)有一篇题为《我科学家首次破译人体能量转运通道》的文章,其第一句如下:“本报北京6月5日电(记者邓晖)清华大学5日宣布,由该校医学院教授颜宁领衔的年轻科研团队在世界上首次解析了人源葡萄糖转运蛋白GLUT1的晶体结构,初步揭示其工作机制以及相关疾病的致病机理。”这句话给我的印象是颜宁团队初步揭示了葡萄糖转运蛋白工作机制。而从润涛阎的博文和大量的留言中, 我的印象是润涛阎和他的导师首先揭示了葡萄糖转运蛋白工作机制,否则润涛阎也不会为他的灵光一现式的发现而感到兴奋。如果我上述的印象是正确的话,我只能说要大力提高报道科学发现的文章的质量,否则很容易夸大科学家的发现。学术文章要实事求是,报道学术成果的新闻也应当实事求是。而作为被报道的对象,如果看到自己的学术成果被夸大了,其实也应该致信报社要求更正,力求实事求是,否则最后可能会给人一种不实事求是喜欢自我吹嘘的感觉。

文章链接如下:http://epaper.gmw.cn/gmrb/html/2014-06/06/nw.D110000gmrb_20140606_5-01.htm
润涛阎2019-08-02 13:32:13回复悄悄话科学是探索真理的。拿输赢的利益看待科学,那科学就失去了它的最大特征。那位诺贝尔奖得主是自己决定把那位印度学生的论文全部撤稿的,又不是杂志干的。韩春雨的论文也是韩春雨自己撤稿的。再说了,我绝对反对什么撤稿之类的话题,因为历史就是历史,就好比当年我一听华主席决定给毛主席修纪念堂时我坚决认可,因为那更加提醒后人别忘记毛主席,也就会找历史资料他到底干了什么。这对历史的研究有正面作用。那些天天盯着自然杂志如何谁输谁赢的,都不是真正喜欢科学的人,只不过把弱肉强食谁强就巴结谁的群羊效应继续放在科学上。科学论文发表了,就留给后人,不论什么内容,都对后人的评论与探索新的科学有好处。

科学的最高价值不在于利益,而在于真相。帮她洗地的,去读她的图5是怎么把开口朝下的人体葡萄糖载体变形到开口朝上的;她的“发表过的生化数据”在哪里给出的这些真相。这是科学精神,与利益好不相干。是谁说的也好不相干。哪怕全世界的科学家都认可哥白尼布鲁诺是错的,也丝毫影响不了地球围绕太阳转的事实迟早会被接受。

Wtp0032019-08-02 13:12:40回复悄悄话对几个月前不知道膜蛋白是何物,现在写评论一句话二个蛋白不同,case closed, 是否应该放弃立场重新考虑下。为什么真正的专家大拿并没简单的一句话就打发了老闫而是在与老闫交流了几次后放在Nature网站上让大家评论?而还认为这是碰瓷现在不批老闫而是应该批黑后台Nature.
Nekono_882019-08-02 13:08:25回复悄悄话回复 ‘ans’ 的评论 : 学界的回复会很快到来,起早的事,你要等的不耐烦,你就先发自己的comment好了。
ans2019-08-02 12:59:40回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 所以说,如果学界同意你是小阎剽窃的话一定会回复你,一定会质疑小颜的。 如果没人理你,你知道是什么意思吧? 先说清楚了,不要以后再找借口什么过了期限,整个学界都被小颜收买了。。。

而且你需要交代清楚了:你到底是指控小颜剽窃你的模型, 还是没引用你的文章?别退缩啊

 

润涛阎 2019-08-02 12:37:49 回复 悄悄话 一辈子碰上几个造假的一点都不新鲜。

在美国的一位印度学生,导师是诺贝尔奖获得者,造假好几篇被发现。发现的人是发现论文的跑胶照片是倒过来的才能得到那样的效果。跑胶的特征就是:样品在电泳里也有扩散的特征,也就是说,越往下带谱越宽,而他发表的论文带宽只能是倒过来才能解释。这是常识,因为刚发表就被人发现了造假,立刻给杂志写信,杂志编辑一看当即就明白了。这位诺贝尔奖得主就决定把这个印度人在他实验室发表的论文全部撤稿,在美国报纸科技版都登出来了。这事大概有七八年了吧?我当时就觉得好玩而已,没在意他搞的是什么东西。造假把跑胶的照片倒过来,也太胆大了点。
润涛阎2019-08-02 12:59:16回复悄悄话回复 ‘ft’ 的评论 :

我根本就没想要跟她过不去啊,我写故事,好表扬感谢她呢。没想到帮她洗地的逼我去写信给自然杂志,公开骂我不敢写信。我才不得不写信的。帮她洗地的,就不看看她论文的图5是怎么来的?那是细菌在木糖载体跟人体的葡萄糖载体的两张图拼在一起的,就说人体葡萄糖载体可以把开口朝外了。在文章里讲这些结构图与发表过的生化数据加在一起获得的图5结论。又不给出“发表过的生化数据”是哪里来的。

未来的同行们会如何评价这科学态度?

我不需要杂志做什么啊。我只是告诉实情而已。我没任何要求。我的信全文照登。就是介绍事实是怎样的。其实是想给审稿人看的,因为我猜测审稿人是晶体领域里的对生化这方面不了解。这当然只是猜测,详情不知。我也不知道科学杂志还有评论一说。以前真的没注意过这事。
ft2019-08-02 12:47:36回复悄悄话回复ans评论,原来你在学术界做事。不清楚你是否有才,你的评论爆露你无德。
ft2019-08-02 12:42:55回复悄悄话老阎,看了你的叙述,nature能把你的质疑贴在那里已经很不错了。让它留在那里,迟早会被同行专家评论的。
学术剽窃和造假不同于其它行业。那里是一个教育摇篮,怎样的风气会影响到无数学苗。
润涛阎2019-08-02 12:37:49回复悄悄话一辈子碰上几个造假的一点都不新鲜。

在美国的一位印度学生,导师是诺贝尔奖获得者,造假好几篇被发现。发现的人是发现论文的跑胶照片是倒过来的才能得到那样的效果。跑胶的特征就是:样品在电泳里也有扩散的特征,也就是说,越往下带谱越宽,而他发表的论文带宽只能是倒过来才能解释。这是常识,因为刚发表就被人发现了造假,立刻给杂志写信,杂志编辑一看当即就明白了。这位诺贝尔奖得主就决定把这个印度人在他实验室发表的论文全部撤稿,在美国报纸科技版都登出来了。这事大概有七八年了吧?我当时就觉得好玩而已,没在意他搞的是什么东西。造假把跑胶的照片倒过来,也太胆大了点。
Nekono_882019-08-02 12:36:46回复悄悄话回复 ‘ans’ 的评论 : 大阎怎么可能跟你混一起?
ans2019-08-02 12:25:18回复悄悄话看来老阎你混的学术界跟我们混的不是一个啊,你这是wxc的学术吧,剽窃造假都无所谓呵呵

润涛阎 发表评论于 2019-08-02 12:15:49
讲一个《科学》杂志的故事。霍普金斯医学院的一位大教授在《科学》发表了一篇重磅大作,被一位哈佛年轻女教授发现论文里的问题,那是两三年后她当上助理教授后给《科学》杂志写信揭穿论文的错误。杂志回复说这是历史故事了,杂志什么都做不了。她就想写一篇综述文章,《科学》杂志说可以,但需要经过同样的审查程序。结果发现她写的全部内容都是批判那篇论文的,就不去审了。她到处发,哪个杂志也不愿意跟科学死拼。她后来就真的发出来了,是在专业杂志。她的文章把霍普金斯大教授的论文一条条批判,把造假的方法都猜测了一遍。

大约二十年后,这女教授在顶级杂志发表了一篇论文,几年后被同行重复时发现造假。在一次年会上,有十几篇论文指责女教授造假的事,大会不给他们演讲机会防止引发混战,都给了poster,而且放在一起。那天乌泱乌泱的读者去看热闹,我也去看了。发现霍普金斯那位老教授也在,那女教授竟然也去看了。二人见面时我刚好在那里,因为那些Poster都在一起。她自己主动到他眼前伸手握手。他的脸色红透了那种,嘴巴在动,可就是啥都说不出。我在旁边真想拿出我的加农相机拍下来。然后配图:“你也有今天?你个浓眉大眼的朱时茂也叛变了!” 老教授跟她握手后二人一句话都没讲。我猜想当年在《科学》发表那篇论文后的老教授也遇到了此时的尴尬局面吧?我那时还在中国呢,就是猜想应该是这样子的。我刚才查了,那老教授不在世了,那女教授还在。

再说一个在《细胞》发表论文的华人同胞的尴尬。那是在科罗拉多的大山里的小型专业会议上,那位华人同胞也去了。会议上她发言后立刻引发“动乱”,因为质疑她在《细胞》杂志上造假的论文者排队很长很长到走廊里的麦克风那里等着发言质疑她。主持人就说时间没有了,下一个演讲。然而,Poster有指名道姓揭发她造假的四张,她也去看了,因为会议人数少,在大山里开会,等于根据时间安排大家不去看也得去看。那几个人就拉着她辩论她造假的来龙去脉是否是这样的是否是那样的,造假的过程。她脸色通红,就想离开。我在旁边不知道如何能帮上她快速离开吧,就说我们去外面看看,拉着她离开了。因为论文发表几年后才被逐步在重复时发现造假,杂志也没办法了。我刚才查了,那论文还在呢。也没有评论。这位华人不是来自大陆。
ans2019-08-02 12:22:26回复悄悄话看来老阎你混的学术界跟我们混的不是一个啊

润涛阎 发表评论于 2019-08-02 12:15:49
讲一个《科学》杂志的故事。霍普金斯医学院的一位大教授在《科学》发表了一篇重磅大作,被一位哈佛年轻女教授发现论文里的问题,那是两三年后她当上助理教授后给《科学》杂志写信揭穿论文的错误。杂志回复说这是历史故事了,杂志什么都做不了。她就想写一篇综述文章,《科学》杂志说可以,但需要经过同样的审查程序。结果发现她写的全部内容都是批判那篇论文的,就不去审了。她到处发,哪个杂志也不愿意跟科学死拼。她后来就真的发出来了,是在专业杂志。她的文章把霍普金斯大教授的论文一条条批判,把造假的方法都猜测了一遍。

大约二十年后,这女教授在顶级杂志发表了一篇论文,几年后被同行重复时发现造假。在一次年会上,有十几篇论文指责女教授造假的事,大会不给他们演讲机会防止引发混战,都给了poster,而且放在一起。那天乌泱乌泱的读者去看热闹,我也去看了。发现霍普金斯那位老教授也在,那女教授竟然也去看了。二人见面时我刚好在那里,因为那些Poster都在一起。她自己主动到他眼前伸手握手。他的脸色红透了那种,嘴巴在动,可就是啥都说不出。我在旁边真想拿出我的加农相机拍下来。然后配图:“你也有今天?你个浓眉大眼的朱时茂也叛变了!” 老教授跟她握手后二人一句话都没讲。我猜想当年在《科学》发表那篇论文后的老教授也遇到了此时的尴尬局面吧?我那时还在中国呢,就是猜想应该是这样子的。我刚才查了,那老教授不在世了,那女教授还在。

再说一个在《细胞》发表论文的华人同胞的尴尬。那是在科罗拉多的大山里的小型专业会议上,那位华人同胞也去了。会议上她发言后立刻引发“动乱”,因为质疑她在《细胞》杂志上造假的论文者排队很长很长到走廊里的麦克风那里等着发言质疑她。主持人就说时间没有了,下一个演讲。然而,Poster有指名道姓揭发她造假的四张,她也去看了,因为会议人数少,在大山里开会,等于根据时间安排大家不去看也得去看。那几个人就拉着她辩论她造假的来龙去脉是否是这样的是否是那样的,造假的过程。她脸色通红,就想离开。我在旁边不知道如何能帮上她快速离开吧,就说我们去外面看看,拉着她离开了。因为论文发表几年后才被逐步在重复时发现造假,杂志也没办法了。我刚才查了,那论文还在呢。也没有评论。这位华人不是来自大陆。
润涛阎2019-08-02 12:15:49回复悄悄话讲一个《科学》杂志的故事。霍普金斯医学院的一位大教授在《科学》发表了一篇重磅大作,被一位哈佛年轻女教授发现论文里的问题,那是两三年后她当上助理教授后给《科学》杂志写信揭穿论文的错误。杂志回复说这是历史故事了,杂志什么都做不了。她就想写一篇综述文章,《科学》杂志说可以,但需要经过同样的审查程序。结果发现她写的全部内容都是批判那篇论文的,就不去审了。她到处发,哪个杂志也不愿意跟科学死拼。她后来就真的发出来了,是在专业杂志。她的文章把霍普金斯大教授的论文一条条批判,把造假的方法都猜测了一遍。

大约二十年后,这女教授在顶级杂志发表了一篇论文,几年后被同行重复时发现造假。在一次年会上,有十几篇论文指责女教授造假的事,大会不给他们演讲机会防止引发混战,都给了poster,而且放在一起。那天乌泱乌泱的读者去看热闹,我也去看了。发现霍普金斯那位老教授也在,那女教授竟然也去看了。二人见面时我刚好在那里,因为那些Poster都在一起。她自己主动到他眼前伸手握手。他的脸色红透了那种,嘴巴在动,可就是啥都说不出。我在旁边真想拿出我的加农相机拍下来。然后配图:“你也有今天?你个浓眉大眼的朱时茂也叛变了!” 老教授跟她握手后二人一句话都没讲。我猜想当年在《科学》发表那篇论文后的老教授也遇到了此时的尴尬局面吧?我那时还在中国呢,就是猜想应该是这样子的。我刚才查了,那老教授不在世了,那女教授还在。

再说一个在《细胞》发表论文的华人同胞的尴尬。那是在科罗拉多的大山里的小型专业会议上,那位华人同胞也去了。会议上她发言后立刻引发“动乱”,因为质疑她在《细胞》杂志上造假的论文者排队很长很长到走廊里的麦克风那里等着发言质疑她。主持人就说时间没有了,下一个演讲。然而,Poster有指名道姓揭发她造假的四张,她也去看了,因为会议人数少,在大山里开会,等于根据时间安排大家不去看也得去看。那几个人就拉着她辩论她造假的来龙去脉是否是这样的是否是那样的,造假的过程。她脸色通红,就想离开。我在旁边不知道如何能帮上她快速离开吧,就说我们去外面看看,拉着她离开了。因为论文发表几年后才被逐步在重复时发现造假,杂志也没办法了。我刚才查了,那论文还在呢。也没有评论。这位华人不是来自大陆。
Wtp0032019-08-02 12:14:56回复悄悄话基本上可以这么说小颜自己宣传的世界第一成果,在世界科学界数一数二的杂志上且被官方在讨论后认可的情况下被质疑有剽窃行为。
已经有的在社交网站上的回复瓷啊砖的够不够?
Nekono_882019-08-02 12:11:02回复悄悄话回复 ‘北佛风光’ 的评论 : 哈哈,你真以为随便一个阿猫阿狗都可以去贴comment?

请看:
润涛阎 2019-08-02 10:14:13

我都不知道有评论一说,是自然杂志帮我贴上去的,告诉我图片不能贴,因为那需要跟Cell、PNAS要版权,就把我发给他们的图片删掉了,其它原文贴上去的。是否随便贴评论,我没问过。

Wtp0032019-08-02 12:09:14回复悄悄话大家都focus on 老闫稍稍从小颜角度考虑一下。
小颜有时间发微博做宣传她的世界第一成果,现在被认可在官方网站被质疑“copied), 保持沉默是好选择吗?
Wtp0032019-08-02 12:06:07回复悄悄话回复 ‘北佛风光’ 的评论 :
说的有道理。既然巳被杂志认可作为小颜方按常理应该怎么办?信里的结论可是

”If this is the case, It is apparent that they could have copied the Yan/Maloney topological model in the 2014 Nature paper.”

小颜有时间发微博做宣传她的世界第一成果,现在被认可在官方网站被质疑“copied), 若永远保持沉默意昧着?
北佛风光2019-08-02 12:02:17回复悄悄话回复 ‘Nekono_88’ 的评论 : 请注意一下阎博主在Nature 发的评论是 “Edited”:

Runtao Yan ? 2 months ago ? edited
Dear Nature,

Nature 不会允许把它的评论栏变成垃圾场, 很多毫无意义的跟帖评论都会被删除, 只不过Nature 小编还没有腾出手来删除这些跟帖。
Nekono_882019-08-02 12:01:03回复悄悄话回复 ‘ans’ 的评论 : 我没觉得SwiperTheFox丢人显眼,他完全是为了探明真相,才去试的。我觉得应该鼓励。
ans2019-08-02 11:57:48回复悄悄话回复 ‘Nekono_88’ 的评论 : 谁愿意丢人显眼谁去,让世界学术界见识见识闫粉水军的厉害,别辜负了吃瓜群众呵呵
Nekono_882019-08-02 11:55:46回复悄悄话回复 ‘JessAB’ 的评论 : 你把Nature Community Guidelines贴上来,是不是意思说Nature的编辑认为大阎没有违反任何规定,所以把他的comment贴了出来?
ans2019-08-02 11:55:12回复悄悄话回复 ‘Nekono_88’ 的评论 : 谁愿意丢人显眼谁去,别辜负了吃瓜群众
北佛风光2019-08-02 11:55:07回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 看了阎博主在Nature 2014 颜文后面发的评论, Nature 编辑能同意收录你的长篇评论, 说明Nature 编辑知道你是葡萄糖载体工作模型方面的专家, 对你的看法很重视. 尽管Nature 对于你的评论不做评判, 能收录你的评论立此存照已经很不错了。

你和颜之争,是专家之间的学术争议, 正确的途径是通过学术机构做个评判, 通过Nature 或Pinceton 都是正确可行的途径。 大家劝你通过学术机构评判不应该在文学城里连续发文争辩, 不是在为颜洗地而是给你的正确建议。 你在城里发文说是科普, 引来几位民科和你缠斗不休有啥意思?
Nekono_882019-08-02 11:50:42回复悄悄话回复 ‘ans’ 的评论 : 鉴于你的愤愤不平,我建议你去学学SwiperTheFox,到NATURE去,在大阎comment后面再加一条你的comment。SwiperTheFox已经把路都探好了,刚试着发了个test 的跟贴,可以贴上。 证实是随便贴的。不用气的手发抖,一个回帖发两遍。
ran1682019-08-02 11:49:41回复悄悄话建议阎老重写评论,自己附上“自然”。在这博坛里的支持阎老维权的评论亦跟随附上。如评论较多,”自然”的编辑们不会不重视的。
JessAB2019-08-02 11:42:15回复悄悄话Nature Community Guidelines:
9. No libel or other abuse
You must not make or encourage comments which are:
? defamatory, false or misleading;
? insulting, threatening or abusive;
? obscene or of a sexual nature;
? offensive, racist, sexist, homophobic or discriminatory against any religions or other groups.
ans2019-08-02 11:32:46回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 老闫你搞搞清楚。你是指控小颜剽窃。这在学术界是非同小可的事情,绝不可能有期限之说。一个月前剽窃是剽窃,100年前剽窃也是剽窃。如果人家认可你的指控,无论如何都会回复你的。不过,没人理你的话,你最好也像骂小颜傲慢懒理你一样去骂自然和所有相关领域的科学家教授们 🙂

润涛阎 2019-08-02 10:55:36 回复 悄悄话 回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :

不论是三个月还是六个月,我这都5年了啊。她的论文是2014年,我知道的时候还不清楚有时限一说呢。就是知道了,那是2015或2016年的事了。她在电视上讲的时候早就过期限了,何况我都不知道有期限的事。到了2019年才写信给自然,而且是帮她洗地的逼我去写的,否则也不会写信,被杂志贴在评论里。从时间上看这也算是破天荒了吧?这我就不知道了。《科学》只给三个月?那如果她是发表在《科学》杂志,这么多年了,贴评论那是不可能的了。其它杂志的情况我就更不了解了。
ans2019-08-02 11:32:45回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 老闫你搞搞清楚。你是指控小颜剽窃。这在学术界是非同小可的事情,绝不可能有期限之说。一个月前剽窃是剽窃,100年前剽窃也是剽窃。如果人家认可你的指控,无论如何都会回复你的。不过,没人理你的话,你最好也像骂小颜傲慢懒理你一样去骂自然和所有相关领域的科学家教授们 🙂

润涛阎 2019-08-02 10:55:36 回复 悄悄话 回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :

不论是三个月还是六个月,我这都5年了啊。她的论文是2014年,我知道的时候还不清楚有时限一说呢。就是知道了,那是2015或2016年的事了。她在电视上讲的时候早就过期限了,何况我都不知道有期限的事。到了2019年才写信给自然,而且是帮她洗地的逼我去写的,否则也不会写信,被杂志贴在评论里。从时间上看这也算是破天荒了吧?这我就不知道了。《科学》只给三个月?那如果她是发表在《科学》杂志,这么多年了,贴评论那是不可能的了。其它杂志的情况我就更不了解了。
Nekono_882019-08-02 11:31:07回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 大阎,看看这位可爱的网友很快就证实是随便贴的。
对他这种一丝不苟,追求真相的精神,我们要大加表扬和提倡。
*********************************
SwiperTheFox 2019-08-02 09:25:34
回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

我刚试着发了个test 的跟贴,可以贴上。 证实是随便贴的。
冥王天蝎2019-08-02 11:20:10回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :
“Timely”额外之意其实就是留有余地,时间可长可短,视具体情况和内容的有趣性等酌情考虑。如果能说服编辑,即可通过。
润涛阎2019-08-02 10:55:36回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :

不论是三个月还是六个月,我这都5年了啊。她的论文是2014年,我知道的时候还不清楚有时限一说呢。就是知道了,那是2015或2016年的事了。她在电视上讲的时候早就过期限了,何况我都不知道有期限的事。到了2019年才写信给自然,而且是帮她洗地的逼我去写的,否则也不会写信,被杂志贴在评论里。从时间上看这也算是破天荒了吧?这我就不知道了。《科学》只给三个月?那如果她是发表在《科学》杂志,这么多年了,贴评论那是不可能的了。其它杂志的情况我就更不了解了。
润涛阎2019-08-02 10:45:35回复悄悄话关于我写给《自然》的信如此柔和,是因为我认为她的稿件全部是X光衍射的,那审稿人就应该是该领域的。我只是猜测。只要审稿人了解了我们搞生化的文章,就明白了真相,我没必要尖刻指出她论文的两大缺陷,他们自己就明白了。当《自然》杂志高级编辑写信告诉我决定把我给自然杂志的电邮贴到评论里告诉我不能贴图时,我坚持了一下,他说因为版权不能贴,说也没必要贴图,读她论文的去读我两篇论文就看到图片了。我就说那就这样吧。我后来又写信给他谈及此事,没效果也是预期的。就这样留给历史了。如果我当初知道本来是想让审稿人看的其结局是贴在评论里,那我的写法就不一样了。这是明摆着的事,看到贴出来的评论,我也不好意思提出修改了。人家高级编辑必然很忙的。这也不是什么大事,都是历史故事了,何况内行学者会自己做出判断的。外行人也不去读她的论文。
心戚然22019-08-02 10:39:43回复悄悄话看着模型感觉葡萄糖载体是变化的。不应该是一种模式。当有离子通过时,一前一后两种模型结合起来看就像葡萄糖是选择性透过膜,把所需的离子输送进细胞里一样。以晶体照片来分析葡萄糖输送离子的模型,好比拿死人研究活人。如果可能,应该直接观察输送过程而不是结晶测试。
wodedongxi2019-08-02 10:37:58回复悄悄话回复 ‘冥王天蝎’ 的评论 : 我仔细看了看, nature用了timely这个模糊的字眼, 没有说具体的时限, “Matters Arising are exceptionally interesting and timely scientific comments and clarifications on original research papers published in Nature. ” 但是我所了解的子刊确有半年这个规则, 也许是个潜规则. 最重要的是以引用不到位为原因的rejoinder是不考虑的, 因为引用到位不到位是reviewer的责任, 编辑部没有能力做这个判断. 最终这个发现的credit归属是有社会来公论的, 编辑部也没有能力左右.

science倒是很明确, 3个月过了就不考虑了, “Letters (up to 300 words) discuss material published in Science in the last 3 months or issues of general interest.”
ft2019-08-02 10:34:18回复悄悄话难道以理以据质疑叫insulating吗?这帽子够黑的。
达姆TU2019-08-02 10:32:34回复悄悄话借老阎宝地转一篇文章,来自知乎:

本人美国生命科学在读博士生,大学排名world top 20,专业排名top 20,总有资格从专业角度分析一下结构生物学的工作了吧?之所以写排名前20,是因为这样范围稍微大一些,免得有人猜出来。毕竟学术圈很小,本人以后还想继续在这个圈子里发展。我身边有很多做结构生物学的组,用的就是冷冻电镜 (也有NMR,X-Ray) ,可以算的上是圈内人了。

与国内的结构生物学家不同,我所知道的美国的PI几乎没有人只解结构的,更没有人不停地换不同的蛋白去解结构的,他们往往专注于一个蛋白或者同一个家族的蛋白,深入研究这些蛋白发挥功能的机理。所以,解析蛋白的结构只是研究工作的第一步,后续的工作还有很多很多。对于一个被认为比较重要的蛋白,只要得到它的结构就几乎肯定可以发一篇CNS,但是后续的工作,尤其是往哪个方向去做往往挑战性很大,完全研究清楚一个蛋白可能要耗去一个人毕生的精力。如此一来,如果比CNS的数量,美国的很多PI都没法跟颜宁11g比的。也正是因为11g和颜宁换了很多很多蛋白(或者改改条件),才有了如此数量庞大的CNS。

接下来我讲讲解析蛋白结构的大概流程。首先是需要得到这个蛋白的cDNA序列,接着选择合适的表达系统表达蛋白,然后是长晶体(这步现在也可以没有了),拿到晶体就可以送到专门的core去解析了。后续的工作都是由专业人员帮忙做的,至少在我们这里我们是不需要关注结构是怎么算出来的。相信看到这里有些人已经明白了,对于不同的蛋白,流程基本是一样的 (1. 蛋白表达纯化;2. 准备电镜Sample; 3. 做电镜;4. 处理数据;5. 发文章),需要改的就是实验条件,当然膜蛋白会麻烦不少。据我所知(听说啊,并不是百分百确定),在颜宁和11g的组里,学生都是流水线作业的,学生只做自己那部分的工作,甚至都不用读什么文献,只要照着protocol做,不同的蛋白改改条件、不停地试就可以了,概括起来就是:费那劲看文献干嘛?直接干不就完了?这样的好处自然是效率很高,对老板来说是好的,可对于学生而言就不那么好了。因为phd阶段重点要训练的是critical thinking,需要读很多文献,最终的目标是把学生培养成independent researcher,而不是熟练的technician。虽然11g和颜宁都是在资本主义的大本营美国接受的教育,但到自己当了PI之后,还是充分发挥了社会主义制度集中力量办大事的优越性,集中力量解结构,而不是像很多美国PI那样,让学生接受全面系统的科学训练。真正的科学家,除了发发paper,另一个更重要的任务,就是要给人类培养新的下一代的科学家。很遗憾,在这方面,施一公和颜宁基本做到了一将功成万骨枯。

也许有人会问,美国人难道看不出来这种精明的科研策略么?我的观察啊,他们还真看不出来!美国学界精英层大都出身良好,内心单纯善良,把人都往好处想,所以他们其实“傻乎乎”的,对于我们中国人隐藏在内心深处的许多心机完全看不透。只有中国人最懂中国人。

感兴趣的人可以看看11g和颜宁老师文章的title。把蛋白的名字换一换,就是另一篇文章了,想必申请经费的时候也是不需要动脑子的。考虑到美国的人工成本(养一个phd平均一年要5万美金),可以负责任地说,颜宁老师和11g取胜的关键在于中国对结构生物学不计成本地投入和中国大陆廉价且吃苦耐劳的博士生。

无论颜宁老师还是施一公老师,都是非常优秀的科学家。但是,他们不是大科学家。也远没有达到国内很多根本不懂怎么评价科学工作的媒体宣传的那个高度。时间会证明一切的。

最后分享一个故事,我曾经问过身边的一个美国PI,为什么只盯着一个蛋白研究,解完结构再换下一个蛋白,这样不就可以有很多CNS了么?她吃惊地对我说:“还可以这样?” 看的出来,那份吃惊是发自内心的。

对于颜宁老师当选外籍院士,我不做评价。

转一个答友的评论:“我记得施一公颜宁上过央视的《大家》和《开讲啦》,其实他俩最应该上的是一部叫《大国工匠》的纪录片。论工艺,绝对冠绝地球。” 把我都给逗笑了。

施老师颜老师喜欢背靠背发文章,可惜咱们国家不能制造冷冻电镜,要不然还能背靠背地去纪录片《大国重器》里客串一把。

有人觉得我是在否认yn的贡献甚至歪曲为我认为她没有贡献,她不该当选院士。我真的没有。“科学巨匠”怎么就贬低他们了?

说羡慕嫉妒酸的,麻烦先搞清楚嫉妒产生的条件。我和11g颜宁不是做同一工作的同行,甚至都不是同一代人,不存在任何竞争关系。我有酸的理由和必要么?要酸也是酸我身边跟着天牛、早早就发CNS的同学,对吧?

其实我想说明的概括起来就是:解析蛋白结构且只解析蛋白结构,是一项复杂的简单工作,是一件体力劳动远多于脑力劳动、重复性极高且成功率不低的技术工作。既然选择了这样的工作,就不要再把自己包装成具有深邃思考的科学大家。

一句话概括施老师颜老师的 Research:基于电镜技术的热门蛋白质三维结构的解析工作。

科学大家可能会有很多CNS,但有很多CNS的,不一定就是大科学家。细分到生命科学领域,如果一个PI有很多CNS,一般都是非常非常厉害的;但如果是做结构生物学的,那就要看看再说了。

我们的媒体喜欢造神,民众乐于拜神。归根结底,还是双膝骨骼缺钙,喜欢跪地仰望强人。

一问三知2019-08-02 10:27:15回复悄悄话再说那个图5。那是GLUT1工作原理的假想的, 示意图。不需要复杂的生化数据。所以,文章中划掉“and published biochemical data”,没有任何问题。也就是说,“已发表的生化数据”这句话有点画蛇添足。其实她们可以把这个working model放在前言部分,说我们将做晶体结构来test我们的working model。然后,发现内开口构象。Good story! 图5的示意图甚至不需要她们自已的结果。
ft2019-08-02 10:26:06回复悄悄话我也不认识阎和颜,今对事发表个人看法。

估计老阎不会得到任何回复,时间太长了。我在最开始的跟贴说过,让时间来说话吧。但是质疑还是会在那里,不会消失的。
冥王天蝎2019-08-02 10:15:11回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 :
《Nature》不清楚。《Physical Review Letters》(这也是个世界最顶级物理学杂志,无数诺贝尔奖级别的工作最初就发表在这个杂志)是可以长时间允许评论的。例如,我们团队在2010年刊登了对一篇2007年的文章的Comment。该评论目前被他引大约40次,这在本研究方向引用率算是比较高的了。
润涛阎2019-08-02 10:14:13回复悄悄话我都不知道有评论一说,是自然杂志帮我贴上去的,告诉我图片不能贴,因为那需要跟Cell、PNAS要版权,就把我发给他们的图片删掉了,其它原文贴上去的。是否随便贴评论,我没问过。
JessAB2019-08-02 10:09:04回复悄悄话I think it is not appropriate for others to write comments on this matter at Nature’s website.

Hope R. Yan can stop insulting Nieng.
润涛阎2019-08-02 09:57:49回复悄悄话她发表论文的时候从题目到摘要都是讲衍射的,我不在那个领域就不会去读内容,也就发现不了她的图5。是她在电视上讲出来后,又传到文学城,我才知道她的论文图。那是2015年还是2016年的事了。我也不知道杂志的质疑期限的事。杂志不为我给规则,这没什么可说的。我写信也没用,也是可以预期的。那留给历史就好。历史发展有其自身的规律。
SwiperTheFox2019-08-02 09:55:30回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

I message was verbatim “test”. did not contain any comment.
SwiperTheFox2019-08-02 09:53:22回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

yes I deleted. It should show “deleted”
Wtp0032019-08-02 09:51:00回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

“我刚试着发了个test 的跟贴,可以贴上。 证实是随便贴的。”

Where is your comment, I just checked only one comment there. don’t tell us you deleted it.
雨女2019-08-02 09:46:36回复悄悄话回复 ‘一问三知’ 的评论 : +1
一问三知2019-08-02 09:40:37回复悄悄话本人两个Yan都不认识,即不是谁的粉也不是谁的黑。两三天前注意到这个话题,关心了一下而已。觉得老阎需要想好要什么最后结果。要Nature或小颜撤稿可能性不大。那篇论文说到底是关于晶体结构的, Fig. 5的working model只是讨论部分的假设而已。要小颜道歉吗?小颜回复了,但是没道歉。要让大家都被说服也不容易。再在这上面花太多精力好像不太值得。觉得自己的文章没有被引用,气不过,可以理解。但是,这种情况不是个别,也不罕见。
润涛阎2019-08-02 09:32:41回复悄悄话回复 ‘wodedongxi’ 的评论 :

期刊对剽窃以及任何misconduct质疑的时间限制是有道理的。已经成为历史的,就留给历史评判。
ft2019-08-02 09:30:02回复悄悄话回复润涛阎的评论,说得对。她完全可以说: on the basis of … and published biochemical data 是笔误,在published 前面应该有个the 并给出参考文献索引,然后在references 里面加上数据来源。这件事就圆满结束。
这个数据来源必须列在参考文献里面,因为它举足轻重是模型的基础。

根据她的原句英文,这些数据是她们团队发表的。真是天壤之别。

论文最后真有个Correspondence to Nieng Yan。你是否可以把你给nature的信再给她寄一次,寄给她是可以的。

我昨天回Swiperthefox 时没有看到Correspondence to Nieng Yan。在此向Swiperthefox 道歉,直接写信给小颜是可以的。
雨女2019-08-02 09:29:57回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 : 你何必呢。
SwiperTheFox2019-08-02 09:25:34回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 :

我刚试着发了个test 的跟贴,可以贴上。 证实是随便贴的。
wodedongxi2019-08-02 09:08:12回复悄悄话回复 ‘Wtp003’ 的评论 : 这不可能是博主写的吧, 语法不说了, 写的太干撇了. 哪怕就是博主写的, 就算发给nature, 刊登的可能性无限度接近于零. 我是某nature子刊的编委成员, 这种质疑类的文章的在不同的nature刊物里或者叫rejoinder 或 matters arising, 但是这种文章需要投稿时间在原文章发表的一定期限内, 大概半年. 而且涉及的问题应该是: 实验设计错误、数据解读有误等等更技术性的问题. 博主提出的引用不到位肯定不会被考虑的. 规则就是这样.
Wtp0032019-08-02 09:07:49回复悄悄话回复 ‘SwiperTheFox’ 的评论 :

News and Comment
These sections are written and commissioned by Nature’s editors. They do not contain unsolicited material. Information for use by Nature for these sections can be sent via e-mail, with the title of the section in the subject line. Please provide full address and contact details.
https://www.nature.com/nature/for-authors/other-subs

“谢谢提供信息。 明白了,老阎自己的跟贴, 不是杂志筛选的评论。”
时不时来看看2019-08-02 08:41:05回复悄悄话估计下面该找老阎英语语法的茬了:)
无论如何找,也无法掩盖颜宁剽窃的事实
ft2019-08-02 08:37:35回复悄悄话回复ans, 自己好好看看你下面的评论然后对你说的话走走脑子。实话说,你说的这些和之前说老阎在小颜眼里什么都不是一类的话真丢人。懒得驳你了。

****************
ans 发表评论于 2019-08-01 21:48:10
那你怎么解释是西方人选小颜当了美国科学院院士;西方人评审小颜的文章发表在顶级专业期刊上?注意,不是一篇两篇,也不是十几篇,而是几十篇如果不是上百篇的话。怎么解释西方人没有捧你的文章呢?相反只有wxc你才能找到粉吧。
SwiperTheFox2019-08-02 08:26:38回复悄悄话回复 ‘一问三知’ 的评论 :

谢谢提供信息。 明白了,老阎自己的跟贴, 不是杂志筛选的评论。
Wtp0032019-08-02 08:25:10回复悄悄话Runtao Yan ? 2 months ago ? edited
Dear Nature,
I would like to provide evidences to show that the mechanism and the topological model of glucose transporter was not first identified by Dr. Nieng Yan’s team reported in this Nature paper (2014,Nature 510:121). Rather,Yan&Maloney; had reported the findings published in Cell (1993, Cell 75:37 ) and PNAS (1995, PNAS 92:5973). The Nature paper did not mention the Yan&Maloney; model at all, nor in references.
1. The two teams studied the same family transporters, belong to MFS family or uniporter-symporter-antiporter family, (Microbiol Mol Bio Rev. 1998, 62:1-34) and two glucose transporters share the same 12 transmembrane helix structure.

2. Evidence 1: the glucose transporter working model….

3. Evidence 2. The detailed topological model….

4. Yan/Maloney model is the earliest experimentally identified sugar transporter working model….

5.5. Is it possible that the topological working model could be only identified by using active protein, not by crystal protein?….

Summary;
Principally and logically, If they could not figure out the glucose transporter working model based on the structure in the 2012 Nature paper, they should not figure out the model based on the similar structure in the 2014 Nature paper either. If this is the case, It is apparent that they could have copied the Yan/Maloney topological model in the 2014 Nature paper.

一问三知2019-08-02 08:21:49回复悄悄话SwiperTheFox 发表评论于 2019-08-02 07:38:09
希望我没有理解错:Nature发表了老阎给nature的信?  请问,有题目, 有链接吗?是小颜的文章?

链接在这里。老阎的Comment在最下面。发表两个多月了。https://www.nature.com/articles/nature13306
Wtp0032019-08-02 08:14:28回复悄悄话回复 ‘ans’ 的评论 :
“老闫把你写的信拿出来给大家看看。玩闹的东西贴了这么多,没理由不给大家看正经的东西吧。贴出来鼓舞一下闫粉的士气 ”

Link below, not sure public can access it. it is long letter. just paste firs part;

https://www.nature.com/articles/nature13306
Runtao Yan ? 2 months ago ? edited
Dear Nature,
I would like to provide evidences to show that the mechanism and the topological model of glucose transporter was not first identified by Dr. Nieng Yan’s team reported in this Nature paper (2014,Nature 510:121). Rather,Yan&Maloney; had reported the findings published in Cell (1993, Cell 75:37 ) and PNAS (1995, PNAS 92:5973). The Nature paper did not mention the Yan&Maloney; model at all, nor in references.
1. The two teams studied the same family transporters,…….
润涛阎2019-08-02 08:02:29回复悄悄话科普文章是知识的传播,质疑是让大家对真理的追求高于名利。科学无法在中国诞生,中国创新的瓶颈不是技术设备不行,最大的瓶颈是:利益远远高于真理。创新需要的是默默无闻的基础研究,那跟眼前利益甚至谁胜谁负没有关系。探索真理、对知识的渴望、对新技术新发明的挑战乐在其中的天然爱好,才是中国知识分子们普遍缺乏的核心内容。

当然,对那些拿科学精神当玩物的所谓科学家,给出警告,是对科学本身的负责。如果我们只限于如何争名求利而违背科学精神,那对未来科学求知者们来说就是坏的榜样。

我一直就没停止写科普,因为那是不容易干的事,大众的知识参差不齐,写科普文章往往费力不讨好。可我还是写了不少。如果网上没出来顶着马甲帮她洗地的,我连介绍她论文内容的兴趣都没有。她又不是爱因斯坦牛顿,提到她还是表扬她来着。没想到竟然碰到了无知的帮她洗地而胡言乱语,我只好写她的故事了。看不透她文章关键内容的高级黑们不知道颜宁会多么恨他们呢。

真理还怕辩论不成???

你如果用嫁接两张图的方法就能证明开口朝里的就真的能朝外了,那你还提“发表过的生化数据”干嘛?读者以为那发表过的生化数据就是你自己搞出来的,而事实上不是,你这本身就是蒙人啊。这与是不是润涛阎发表过的无关,其他人就可以随便被你利用了而不给出credit?

碰瓷也没啥不好,搞得盲目迷信你的人也追求你论文的真相了。大部分也慢慢地哑口无言了,因为他们逐步搞清楚了你论文的真相了。你不说碰瓷不就啥事没有了吗?我都退休了,跟你又素不相识,也感谢你来着,对你提出点警告也是对你未来负责。你想想看,纸最终包不住火对不对?就一句道歉感谢的话不就完事了?何必用碰瓷这样的话对待表扬你的人?我退休了的老人跟你年轻人有什么可争的?你的高级黑建议打官司,那太好了啊。你给出“published biochemical data”证明Glut1的开口的确是变形了的文章是你在哪里发表的才能上法庭啊,这与是否是我们在霍普金斯发表的论文没关系,任何人发表的都不行,只能是你自己发表的而且还必须是你在《自然》2014年那篇论文里所有的作者发表过的才行,否则在法庭上哪怕原来你的团队发表那论文的人中有一人在2014年的论文里没有,你照样是侵权了那人的知识产权。你明白不?还上法庭呢!你的团体每次发表文章的人员都是一个不差吗?何况你的团队就没发表过证明葡萄糖载体Glut1 开口变形的生化数据论文。即使发表过,你没给出参考文献,就是对那篇发表论文里在这篇作者里没有的人的司法侵权。
Keyo2019-08-02 07:55:49回复悄悄话支持博主科普。网友中不管是支持阎的还是为颜洗地的,都在为科普做贡献。那些只为反阎而反阎的胡言乱语也是娱乐大众的一部分。

其实不用担心这件事只是在城里热,还有博主陷入“困境”啥的。博主的出发点不是这些。
冥王天蝎2019-08-02 07:41:36回复悄悄话说几句这几天刚发生的审稿故事。几周前我接受了欧洲杂志《应用表面科学》的邀请审了一篇稿子。作者来自法国。审稿过程中,我发现此稿件内容跟最近他们的另一篇刚投到美国《物理快报》的稿件内容有关键部分的重合。对这种情况,我通知了编辑,并最后决定了拒稿。一稿两投,浪费人类资源,也是件很恶心的作为。
ans2019-08-02 07:38:29回复悄悄话老闫把你写的信拿出来给大家看看。玩闹的东西贴了这么多,没理由不给大家看正经的东西吧。贴出来鼓舞一下闫粉的士气

有用马甲在网上帮颜宁洗地的建议润涛阎去找《自然》杂志揭发颜宁剽窃一事。我写信了,也给当初在媒体上赞扬颜宁在2014年论文的大教授们写信了。就是问他们颜宁论文里的内容,他们能否帮她找到反驳的理由。如果能找到,告诉我。我还在等回音。
SwiperTheFox2019-08-02 07:38:09回复悄悄话希望我没有理解错:Nature发表了老阎给nature的信?  请问,有题目, 有链接吗?是小颜的文章?

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一问三知 2019-08-02 06:14:39 回复 悄悄话
老阎两个月前写给杂志社的信就在小颜的文章的后面。没有任何评论。这事可能就在城里热!!!
Wtp0032019-08-02 07:17:54回复悄悄话回复 ‘一问三知’ 的评论 :
“老阎两个月前写给杂志社的信就在小颜的文章的后面。没有任何评论”

Nature 杂志社 did good thing, Now 小颜同学 no excuse not to response or she can simply say “碰瓷”?!
一问三知2019-08-02 06:14:39回复悄悄话老阎两个月前写给杂志社的信就在小颜的文章的后面。没有任何评论。这事可能就在城里热!!!
ft2019-08-02 05:22:26回复悄悄话认同网友说的理越变越明。老阎可以考虑遍野无尘的建议,写一篇与颜宁商榷的文章寄给杂志社,杂志社会转给专业评委或颜宁,或同时转给二者的。即使它不刊登你的文章,也应该单独给你回复的。杂志社和颜宁如果能回复不但无损于颜宁的声誉,而且还让人能看到她对科研的一丝不苟。这样沉默下去反而让人更增加质疑。
如果你之前给自然杂志社写的稿子包含了这些商榷的内容,那就继续等待回音。
有人说你在坛子里人文方面的博影响远大于对小颜质疑一事。我倒认为如果小颜始终不回复,这质疑的系列博已经转化成人文博了。学者和教授的ethics是对社会大众甚至家庭负责。回应对她的质疑是这些责任的一部分。
枕寒流2019-08-02 03:17:26回复悄悄话读老阎文章可知其逻辑严密,眼光长远。该做的事估计已经按部就班地做了。有空时顺便在城里科普一下,答疑解惑。支持老阎为科学界的公义,质疑小颜。
Nekono_882019-08-01 22:27:07回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 大阎,你是钓鱼执法呀,胜券在握的情况下,你还捂着。让高级黑们粪涌而上,顶风都能臭上十万八千里。你忒不厚道了。
冥王天蝎2019-08-01 22:20:14回复悄悄话一方面,博主讲的西方哲人不等于西方人;另一方面,发表在国际著名杂志上的论文被读者投诉之后被撤稿的例子比比皆是。

不论东方还是西方审稿人,都会有失误的时候,尤其是当稿件中的叙述故意含混不清甚至造假的时候。出现这种情况在正常不过了,并且审稿人一般不会对这种情况负责。这是因为,我能给你审稿已经就是义务劳动了,是你编辑信的着我来求我才送给我审稿的。

另外一种情况就是,审稿人本身就是作者的熟人或者利益相关方,这种情况也是业界众所周知的。如果是这种情况,那就更容易理解为什么稿件既能接受且作者的工作又能被吹捧几句了。就这样,以讹传讹,给作者弄个美国院士之类的虚衔也不是没有可能的。当然,我这么说不一定是指颜宁,我说的是科学界一直存在的问题。
Nekono_882019-08-01 22:16:50回复悄悄话回复 ‘润涛阎’ 的评论 : 大阎,真正碰瓷粪涌向前,粪不顾生冲上来了。这才是碰瓷的最高境界。不过是真臭。
ans2019-08-01 21:48:10回复悄悄话那你怎么解释是西方人选小颜当了美国科学院院士;西方人评审小颜的文章发表在顶级专业期刊上?注意,不是一篇两篇,也不是十几篇,而是几十篇如果不是上百篇的话。怎么解释西方人没有捧你的文章呢?相反只有wxc你才能找到粉吧。

润涛阎 发表评论于 2019-08-01 20:57:58
还是那句话:

不能令反对你的人心里诚服,那就表明你的科普能力不够。绝大多数人都是群羊效应,看后台。然而,科学有其独特的地方,那就是真相的力量是无穷的。绝大多数人会逐步从强权即真理中走出来,认同真理是无法战胜的。

西方哲人认可:Truth is thruth and thruth naver fails.
cawan2019-08-01 21:27:18回复悄悄话支持老阎! 不过也要看开点啊。出来混的。。。走着瞧吧。
sensei3212019-08-01 21:21:12回复悄悄话五谷不分:之所以小颜能蒙混过关,就因为Nature给她审稿的人全是傻子,或者她买通了Nature的编辑和审稿人。还有其它解释吗?
Fanreninus2019-08-01 20:58:59回复悄悄话恭喜大阎又出新闻,虽然没有新意,也可以让大家热闹热闹,我也来凑凑,借下宝地贴张小字报! :)
http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/671.html
润涛阎2019-08-01 20:57:58回复悄悄话还是那句话:

不能令反对你的人心里诚服,那就表明你的科普能力不够。绝大多数人都是群羊效应,看后台。然而,科学有其独特的地方,那就是真相的力量是无穷的。绝大多数人会逐步从强权即真理中走出来,认同真理是无法战胜的。

西方哲人认可:Truth is thruth and thruth naver fails.
paris_echo2019-08-01 20:17:00回复悄悄话老阎,香港要戒严了,就在下周

消息从贵贵那里传出来的,貌似真的
时不时来看看2019-08-01 19:02:26回复悄悄话这个问题颜宁是无法科普的,用别人的东西冒充自己的来科普,等于先要把黑洗白,这是不可能完成的任务。
山丘-2019-08-01 19:00:53回复悄悄话回复 ‘遍野无尘’ 的评论 : 人家小颜很接地气的 有微博会帖些小鲜肉的照片 有非常多的粉丝还是网红呢..所以并非是高高在上的科学家 有做网红的时间 就没有几分钟回答一下前辈的质疑?
时不时来看看2019-08-01 18:55:30回复悄悄话博主把这个问题讲得越透彻,对科普越有利。凡是反对博主科普这个问题的人,不是气急败坏就是别有用心。这些人别忘了,文学城人少,能看懂中文的人可不少。

Wtp0032019-08-01 18:53:35回复悄悄话“你似乎应该写篇文章,或者发表于nature, 或者其他有影响的期刊上。 ”
不错的建议。不知道有没有讨论膜蛋白的网站或group,中英文都行,英文的更好
HBW2019-08-01 18:50:15回复悄悄话回复 ‘五谷不分’ 的评论 :
“人生能得几回搏”“时不我待”。上就上了。
遍野无尘2019-08-01 18:33:01回复悄悄话你整天在文学城上说道,小颜想回答你,也是不可能。人家科学家来这小地方太那个。
因为文学城没有专业气氛,场合不对呀,特别是其他行家不会来这里参加争论(老美看都看不懂)。
打官司要去法院,学术争论要在期刊上公开,武术功夫要在比赛场论高低。如果一个大夫给你误诊了,在家里村里说事没有用的,只能找其他大夫重复诊断。我不明白,你为什么不写文章在期刊(特别是nature)公开(刊登)讨论此事?如果nature不登你的文章,可以找其他期刊呀。
遍野无尘2019-08-01 18:19:02回复悄悄话既然公开了这个分歧, 就应当有个结果。或者是你碰瓷,或者是她剽窃(工作模型/原理)。
这场争论,必须有几个行家涉入,才能见分晓,不仅仅需要或限于 nature 的回答。
有时候,科研文献中,一个数据的不正确(一个实验条件的不确切),当事作者可以更正,其他人也可以质疑。 这样原作者才会回答(或者致谢)。

文学城的范围有限,很多是唠嗑的大妈,和退休的大爷。你似乎应该写篇文章,或者发表于nature, 或者其他有影响的期刊上。
五谷不分2019-08-01 18:13:59回复悄悄话讲得很清楚。那么请问为何小颜同学以为这样就能蒙混过关呢?
榕城狮城2019-08-01 18:11:11回复悄悄话精彩。
不准害人2019-08-01 17:30:53回复悄悄话假的,一定要打到底!

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